SAXSdb — 4ekf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenain

Human adenovirus 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–204	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；293 K；0.3M sodium citrate, pH 5.6, 0.8 M sodium acetate, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 0.98 Å R-free 0.168

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4EKF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVP STRUCTURE OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PROTEINASE WITH ITS 11 AMINO ACID COFACTOR 提交 1996-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）片段：MAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
1NLN CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PROTEINASE WITH ITS 11 AMINO ACID COFACTOR AT 1.6 ANGSTROM RESOLUTION 提交 2003-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）片段：adenovirus proteinase	未记录	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；cacodylate, sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
4PID Crystal structure of human adenovirus 2 protease with a weak pyrimidine nitrile inhibitor 提交 2014-05-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 2UQ N-benzyl-2-[(Z)-iminomethyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.8 M sodium/potassium tartrate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.189
4PIE Crystal structure of human adenovirus 2 protease a substrate based nitrile inhibitor 提交 2014-05-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）	未记录	3FO N-{(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-[(methylsulfonyl)amino]acetyl}-L-phenylalanyl-N-[(2Z)-2-iminoethyl]glycinamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1mM peptide-nitrile inhibitor was added to the protein and incubated for 30 minutes. 0.8M lithium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6	分辨率 1.94 Å R-free 0.260
5FGY Structure of human adenovirus 2 protease with cofactor pVIC 提交 2015-12-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277.15 K；Grew over one week at 4 degrees Celsius in 0.1 M sodium citrate pH 6.4, 1.7 M sodium acetate, 1 mM DTT	分辨率 2.10 Å R-free 0.197

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADEN_ADE02
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ekf
沉积日期 deposition_date	2012-04-09
结构标题 title	Structure of the Inactive Adenovirus Proteinase at 0.98 Angstrom Resolution
关键词 keywords	alpha and beta protein (a+b), Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.98 Å
零角强度 I(0) i0	9023030.00
分子量 molecular_weight	21876.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27230 Å³
包络体积 envelope_volume	30294 Å³
水化壳体积 shell_volume	15798 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.1 Å
壳层 Rg shell_rg	22.11 Å
包络 Rg envelope_rg	16.36 Å
形状 Rg shape_rg	15.96 Å
总 Rg total_rg	17.06 Å
总原子数 total_atoms	2936
残基数 n_residues	191
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0230e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9023000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7850
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.182
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.322
角度范围 angular_range	— – 0.4650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2292000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.738; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Adenain
分子量 formula_weight	23146.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3223

MGSSEQELKAIVKDLGCGPYFLGTYDKRFPGFVSPHKLACAIVNTAGRETGGVHWMAFAWNPRSKTCYLFEPFGFSDQRLKQVYQFEYESLLRRSAIASSPDRCITLEKSTQSVQGPNSAACGLFCCMFLHAFANWPQTPMDHNPTMNLITGVPNSMLNSPQVQPTLRRNQEQLYSFLERHSPYFRSHSAQIRSATSFCHLKNM

来源 Source

来源生物 organism	Human adenovirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10515
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	258

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4ekfa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.7 — Adenain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4ekfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

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8. 引用文献 (8)

;Regulation of a Viral Proteinase by a Peptide and DNA in One-dimensional Space: III. ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF THE NASCENT FORM OF THE ADENOVIRUS PROTEINASE. ;

J.Biol.Chem. (2013)

PMID: 23043139 · DOI: 10.1074/jbc.M112.407429 PRIMARY

;Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. I. binding to DNA and to hexon of the precursor to protein VI, pVI, of human adenovirus. ;

J.Biol.Chem. (2012)

PMID: 23043136 · DOI: 10.1074/jbc.M112.377150

;Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. II. adenovirus proteinase is activated in an unusual one-dimensional biochemical reaction. ;

J.Biol.Chem. (2012)

PMID: 23043137 · DOI: 10.1074/jbc.M112.407312

;Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. IV. viral proteinase slides along DNA to locate and process its substrates. ;

J.Biol.Chem. (2012)

PMID: 23043138 · DOI: 10.1074/jbc.M112.407460

;Crystallographic structure at 1.6-A resolution of the human adenovirus proteinase in a covalent complex with its 11-amino-acid peptide cofactor: insights on a new fold. ;

Biochim.Biophys.Acta (2003)

PMID: 12758141

Adenovirus proteinase: crystallization and preliminary X-ray diffraction studies to atomic resolution.

Acta Crystallogr.,Sect.D (2002)

PMID: 12198302 · DOI: 10.1107/S0907444902008429

Crystal structure of the human adenovirus proteinase with its 11 amino acid cofactor.

Embo J. (1996)

PMID: 8617222 · DOI: 10.1107/S0907444902008429

Viral DNA and a viral peptide can act as cofactors of adenovirus virion proteinase activity.

Nature (1993)

PMID: 8423855 · DOI: 10.1038/361274a0

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晶胞边长 a length_a	36.270 Å
晶胞边长 b length_b	54.540 Å
晶胞边长 c length_c	42.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.980 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1350
R_work r_work	—
R_free r_free	0.1678

fit	/app/data/saxs_computation/ek/4ekf/4ekf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/4ekf/4ekf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/4ekf/4ekf.dat

Structure of the Inactive Adenovirus Proteinase at 0.98 Angstrom Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (8)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)