4esv

A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 213.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–454 链 B； UniProt 1–454 链 C； UniProt 1–454 链 D； UniProt 1–454 链 E； UniProt 1–454 链 F； UniProt 1–454	未记录	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 11 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；4-7% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 3.20 Å R-free 0.289
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–454 链 H； UniProt 1–454 链 I； UniProt 1–454 链 J； UniProt 1–454 链 K； UniProt 1–454 链 L； UniProt 1–454	未记录	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 MES* 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；4-7% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 3.20 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ESV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2R6A Crystal Form BH1 提交 2007-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–454（454 aa）链 B 1–454（454 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；1.0M Lithium Sulfate, 5% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.297
2R6C Crystal Form BH2 提交 2007-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–454（454 aa）链 B 1–454（454 aa）链 C 1–454（454 aa）链 D 1–454（454 aa）链 E 1–454（454 aa）链 F 1–454（454 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；0.5M Sodium Succinate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 4.00 Å R-free 0.344
2R6D Crystal Form B1 提交 2007-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–454（454 aa）链 B 1–454（454 aa）链 C 1–454（454 aa）链 D 1–454（454 aa）链 E 1–454（454 aa）链 F 1–454（454 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；1.0M Ammonium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.70 Å R-free 0.322
2R6E Crystal Form B2 提交 2007-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–454（454 aa）链 B 1–454（454 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；2.5M Sodium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 5.02 Å R-free 0.397
4M4W Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex 提交 2013-08-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–454（454 aa）链 B 1–454（454 aa）链 C 1–454（454 aa）链 D 1–454（454 aa）链 E 1–454（454 aa）链 F 1–454（454 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；290 K；11-13% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 50 mM TRIS, pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 6.10 Å R-free 0.392

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9X4C9_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 B； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 C； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 D； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 E； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 F； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 G； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 H； PDB构建体 1–445； UniProt 1–454 作者链 I； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 J； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 K； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 L； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4esv
沉积日期 deposition_date	2012-04-23
结构标题 title	A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates
关键词 keywords	RecA Fold, Helicase, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	75.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.85 Å
零角强度 I(0) i0	4828710000.00
分子量 molecular_weight	575470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	715270 Å³
包络体积 envelope_volume	1167000 Å³
水化壳体积 shell_volume	128320 Å³
包络直径 envelope_diameter	248.1 Å
壳层 Rg shell_rg	74.72 Å
包络 Rg envelope_rg	72.00 Å
形状 Rg shape_rg	75.85 Å
总 Rg total_rg	75.84 Å
总原子数 total_atoms	40283
残基数 n_residues	5099
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	213.3 Å
Rg (实空间) rg_real	75.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8250e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	74.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4813000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8069
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.979
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0037
最高正则化参数 α highest_alpha	388300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.873; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3'
分子量 formula_weight	4213.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	V
原子数 atom_count	40296

TTTTTTTTTTTTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	3909.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W

TTTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Replicative helicase
分子量 formula_weight	50699.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

MSELFSERIPPQSIEAEQAVLGAVFLDPAALVPASEILIPEDFYRAAHQKIFHAMLRVADRGEPVDLVTVTAELAASEQLEEIGGVSYLSELADAVPTAANVEYYARIVEEKSVLRRLIRTATSIAQDGYTREDEIDVLLDEADRKIMEVSQRKHSGAFKNIKDILVQTYDNIEMLHNRDGEITGIPTGFTELDRMTSGFQRSDLIIVAARPSVGKTAFALNIAQNVATKTNENVAIFSLEMSAQQLVMRMLCAEGNINAQNLRTGKLTPEDWGKLTMAMGSLSNAGIYIDDTPSIRVSDIRAKCRRLKQESGLGMIVIDYLQLIQGSGRSKENRQQEVSEISRSLKALARELEVPVIALSQLSRSVEQRQDKRPMMSDIRESGSIEQDADIVAFLYRDDYYNKDSENKNIIEIIIAKQRNGPVGTVQLAFIKEYNKFVNLERRFDEAQIPPGA

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	4esvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	149.124 Å
晶胞边长 b length_b	180.321 Å
晶胞边长 c length_c	279.128 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	47.920 Å
R 因子 r_factor	0.2450
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2890

fit	/app/data/saxs_computation/es/4esv/4esv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/es/4esv/4esv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/es/4esv/4esv.dat

A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)