4esv

A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 6 DNA 1	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CALCIUM ION × 11 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 6 DNA 1	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3' × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CALCIUM ION × 3 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9X4C9_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 B； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 C； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 D； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 E； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 F； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 G； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 H； PDB构建体 1–445； UniProt 1–454 作者链 I； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 J； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 K； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 L； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4esv
沉积日期 deposition_date	2012-04-23
结构标题 title	A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates
关键词 keywords	RecA Fold, Helicase, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4esv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4esv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4esv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.98 Å
Rg（电子密度）	44.77 Å
总 Rg	44.90 Å
原子数	20294
残基数	2566
排除体积	360430 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4esv__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4esv__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3'
分子量 formula_weight	4213.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	V
原子数 atom_count	40296

TTTTTTTTTTTTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	3909.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W

TTTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Replicative helicase
分子量 formula_weight	50699.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

MSELFSERIPPQSIEAEQAVLGAVFLDPAALVPASEILIPEDFYRAAHQKIFHAMLRVADRGEPVDLVTVTAELAASEQLEEIGGVSYLSELADAVPTAANVEYYARIVEEKSVLRRLIRTATSIAQDGYTREDEIDVLLDEADRKIMEVSQRKHSGAFKNIKDILVQTYDNIEMLHNRDGEITGIPTGFTELDRMTSGFQRSDLIIVAARPSVGKTAFALNIAQNVATKTNENVAIFSLEMSAQQLVMRMLCAEGNINAQNLRTGKLTPEDWGKLTMAMGSLSNAGIYIDDTPSIRVSDIRAKCRRLKQESGLGMIVIDYLQLIQGSGRSKENRQQEVSEISRSLKALARELEVPVIALSQLSRSVEQRQDKRPMMSDIRESGSIEQDADIVAFLYRDDYYNKDSENKNIIEIIIAKQRNGPVGTVQLAFIKEYNKFVNLERRFDEAQIPPGA

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	4esvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4esvL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	4esvL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	149.124 Å
晶胞边长 b length_b	180.321 Å
晶胞边长 c length_c	279.128 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	47.920 Å
R 因子 r_factor	0.2450
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2890

A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4esv__assembly_1__model_1

4esv__assembly_1__model_1 | I(q)

4esv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4esv__assembly_1__model_1

4esv__assembly_1__model_1 | I(q)

4esv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)