4ey8

Crystal structure of recombinant human acetylcholinesterase in complex with fasciculin-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholinesterase

Homo sapiens

UniProt P22303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 33–574 片段:UNP Residues 33-574 Fasciculin-2 × 1 (P0C1Z0) ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SO4 SULFATE ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;283 K;1.6 to 2.0M ammonium sulphate, 0.1M HEPES pH 7.5 - 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K 分辨率 2.60 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 77 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–542; UniProt 33–574

Fasciculin-2

物种未注明

UniProt P0C1Z0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–61 未记录 Acetylcholinesterase × 1 (P22303) ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SO4 SULFATE ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;283 K;1.6 to 2.0M ammonium sulphate, 0.1M HEPES pH 7.5 - 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K 分辨率 2.60 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TXFA2_DENAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–61; UniProt 1–61

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ey8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ey8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ey8
沉积日期 deposition_date2012-05-01
结构标题 titleCrystal structure of recombinant human acetylcholinesterase in complex with fasciculin-2
关键词 keywordsacetylcholinesterase, hydrolase, fasciculin 2, snake venom toxin, inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.69
零角强度 I(0) i073702200.00
分子量 molecular_weight66368.0 kDa
排除体积 excluded_volume82648 ų
包络体积 envelope_volume97106 ų
水化壳体积 shell_volume32818 ų
包络直径 envelope_diameter81.0
壳层 Rg shell_rg32.12
包络 Rg envelope_rg23.91
形状 Rg shape_rg23.62
总 Rg total_rg24.79
总原子数 total_atoms4675
残基数 n_residues591
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.1
Rg (实空间) rg_real24.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real7.3700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7255
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.8
偏度 Skewness skewness0.109
峰度 Kurtosis kurtosis-0.480
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15160000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.967

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4ey8a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like
结构域编号 domain_idd4ey8b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.1 — Snake venom toxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4ey8A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id4ey8B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)