SAXSdb — 4ez4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 6B

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1155–1293 链 A； UniProt 1321–1641	片段：UNP residues 1155-1641	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.2；293 K；11% methanol, 6% MPD, 5% PEG 4K, 5% Glycerol, HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.99 Å R-free 0.250
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1155–1293 链 B； UniProt 1321–1641	片段：UNP residues 1155-1641	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.2；293 K；11% methanol, 6% MPD, 5% PEG 4K, 5% Glycerol, HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.99 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4EZ4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4EYU The free structure of the mouse C-terminal domain of KDM6B 提交 2012-05-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1155–1293（139 aa）片段：UNP residues 1155-1641 链 A 1321–1641（321 aa）片段：UNP residues 1155-1641	未记录	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；298 K；11% methanol, 6% MPD, 5% PEG 4K, 5% GLYCEROL, HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
4EYU The free structure of the mouse C-terminal domain of KDM6B 提交 2012-05-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1155–1293（139 aa）片段：UNP residues 1155-1641 链 B 1321–1641（321 aa）片段：UNP residues 1155-1641	未记录	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；298 K；11% methanol, 6% MPD, 5% PEG 4K, 5% GLYCEROL, HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
4EZH the crystal structure of KDM6B bound with H3K27me3 peptide 提交 2012-05-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1155–1293（139 aa）片段：UNP residues 1155-1641 链 A 1321–1641（321 aa）片段：UNP residues 1155-1641	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；293 K；11% methanol, 6% MPD, 5% PEG 4K, 5% Glycerol, HEPES 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.52 Å R-free 0.254
4EZH the crystal structure of KDM6B bound with H3K27me3 peptide 提交 2012-05-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1155–1293（139 aa）片段：UNP residues 1155-1641 链 B 1321–1641（321 aa）片段：UNP residues 1155-1641	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；293 K；11% methanol, 6% MPD, 5% PEG 4K, 5% Glycerol, HEPES 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.52 Å R-free 0.254
9NQU KDM6B-nucleosome structure stabilized by H3K27C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2025-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 K 1130–1641（512 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.16 Å

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDM6B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–139； UniProt 1155–1293 作者链 A； PDB构建体 166–486； UniProt 1321–1641 作者链 B； PDB构建体 1–139； UniProt 1155–1293 作者链 B； PDB构建体 166–486； UniProt 1321–1641

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ez4
沉积日期 deposition_date	2012-05-02
结构标题 title	free KDM6B structure
关键词 keywords	mjd3/KDM6B, JmjC domain, histone demethylase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.35 Å
零角强度 I(0) i0	166933000.00
分子量 molecular_weight	102500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127950 Å³
包络体积 envelope_volume	161220 Å³
水化壳体积 shell_volume	42216 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.97 Å
包络 Rg envelope_rg	31.23 Å
形状 Rg shape_rg	31.34 Å
总 Rg total_rg	32.00 Å
总原子数 total_atoms	7226
残基数 n_residues	895
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	166900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9060
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.217
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.899

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific demethylase 6B
分子量 formula_weight	54886.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.112
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7268

ESYLSPAQSVKPKINTEEKLPREKLNPPTPSIYLESKRDAFSPVLLQFCTDPRNPITVIRGLAGSLRLNLGLFSTKTLVEASGEHTVEVRTQVQQPSDENWDLTGTRQIWPCESSRSHTTIAKYAQYQASSFQESLQEELEVLFQGPTKAARKSAPATGGGSSGSHHIIKFGTNIDLSDAKRWKPQLQELLKLPAFMRVTSTGNMLSHVGHTILGMNTVQLYMKVPGSRTPGHQENNNFCSVNINIGPGDCEWFAVHEHYWETISAFCDRHGVDYLTGSWWPILDDLYASNIPVYRFVQRPGDLVWINAGTVHWVQATGWCNNIAWNVGPLTAYQYQLALERYEWNEVKNVKSIVPMIHVSWNVARTVKISDPDLFKMIKFCLLQSMKHCQVQRESLVRAGKKIAYQGRVKDEPAYYCNECDVEVFNILFVTSENGSRNTYLVHCEGCARRRSAGLQGVVVLEQYRTEELAQAYDAFTLAPASTSR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-OXALYLGLYCINE
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4ez4A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	4ez4A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1370 —

结构域编号 domain_id	4ez4A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4ez4B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	4ez4B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1370 —

结构域编号 domain_id	4ez4B03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.660 Å
晶胞边长 b length_b	123.707 Å
晶胞边长 c length_c	82.043 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	49.730 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/ez/4ez4/4ez4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ez/4ez4/4ez4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ez/4ez4/4ez4.dat

free KDM6B structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 6B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction