SAXSdb — 4f0a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-8

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 3	Protein Wnt-8 × 1 （P28026） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 PALMITOLEIC ACID × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FZD8_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–123； UniProt 28–150

Protein Wnt-8

Xenopus laevis

UniProt P28026

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 3	Frizzled-8 × 1 （Q61091） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 PALMITOLEIC ACID × 1 ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WNT8_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–316； UniProt 23–338

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4f0a
沉积日期 deposition_date	2012-05-03
结构标题 title	Crystal structure of XWnt8 in complex with the cysteine-rich domain of Frizzled 8
关键词 keywords	Wnt signaling, Ligand-receptor complex, Wnt, Frizzled, Fatty acid acylation, Glycosylation, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4f0a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4f0a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4f0a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.32 Å
Rg（电子密度）	26.91 Å
总 Rg	27.64 Å
原子数	3334
残基数	412
排除体积	58742 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4f0a__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Frizzled-8
分子量 formula_weight	15061.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3334

ASAKELACQEITVPLCKGIGYNYTYMPNQFNHDTQDEAGLEVHQFWPLVEIQCSPDLKFFLCSMYTPICLEDYKKPLPPCRSVCERAKAGCAPLMRQYGFAWPDRMRCDRLPEQGNPDTLCMDAAALEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein Wnt-8
分子量 formula_weight	35185.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AWSVNNFLMTGPKAYLTYSASVAVGAQNGIEECKYQFAWERWNCPESTLQLATHNGLRSATRETSFVHAISSAGVMYTLTRNCSMGDFDNCGCDDSRNGRIGGRGWVWGGCSDNAEFGERISKLFVDGLETGQDARALMNLHNNEAGRLAVKETMKRTCKCHGISGSCSIQTCWLQLAEFRDIGNHLKIKHDQALKLEMDKRKMRSGNSADNRGAIADAFSSVAGSELIFLEDSPDYCLKNISLGLQGTEGRECLQSGKNLSQWERRSCKRLCTDCGLRVEEKKTEIISSCNCKFHWCCTVKCEQCKQVVIKHFCA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	clawed frog,common platanna,platanna
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITOLEIC ACID
分子量 formula_weight	254.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4f0aA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2000 — Frizzled cysteine-rich domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Frizzled cysteine-rich domain

结构域编号 domain_id	4f0aB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2460 — Endo-n-acetylneuraminidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Wnt (Wingless and Int-1), C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	110.070 Å
晶胞边长 b length_b	110.070 Å
晶胞边长 c length_c	82.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	28.640 Å
R 因子 r_factor	0.2051
R_work r_work	0.2035
R_free r_free	0.2345

Crystal structure of XWnt8 in complex with the cysteine-rich domain of Frizzled 8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein Wnt-8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4f0a__assembly_1__model_1

4f0a__assembly_1__model_1 | I(q)

4f0a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of XWnt8 in complex with the cysteine-rich domain of Frizzled 8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Wnt-8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4f0a__assembly_1__model_1

4f0a__assembly_1__model_1 | I(q)

4f0a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)