4f1e

The Crystal Structure of a Human MitoNEET mutant with Asp 67 replaced by a Gly

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CISD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 H； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 I； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 J； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 K； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 L； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 M； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 N； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 O； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 P； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 Q； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108 作者链 R； PDB构建体 1–76； UniProt 33–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4f1e
沉积日期 deposition_date	2012-05-06
结构标题 title	The Crystal Structure of a Human MitoNEET mutant with Asp 67 replaced by a Gly
关键词 keywords	ZINC Finger CDGSH-Type domain 1, mitochondrial outer membrane, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4f1e__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4f1e__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4f1e__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.74 Å
Rg（电子密度）	13.73 Å
总 Rg	14.75 Å
原子数	1019
残基数	130
排除体积	18179 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4f1e__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4f1e__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4f1e__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4f1e__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4f1e__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4f1e__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`4f1e__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`4f1e__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`4f1e__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	8890.3 kDa
突变 mutation	D67G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	9244

RFYVKDHRNKAMINLHIQKDNPKIVHAFDMEDLGGKAVYCRCWRSKKFPFCDGAHTKHNEETGDNVGPLIIKKKET

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	89

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d4f1ea_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1eb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1ec_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1ed_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1ee_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1ef_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1eg_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1eh_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1ei_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1ej_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1ek_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1el_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1em_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1en_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1eo_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1ep_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1eq_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

结构域编号 domain_id	d4f1er_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.97 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
超家族 Superfamily superfamily	g.97.1 — Iron-sulfur cluster-binding zinc finger CDGSH type
家族 Family family	g.97.1.1 — Outer mitochondrial membrane protein mitoNEET-like

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	4f1eA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

结构域编号 domain_id	4f1eR01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type

▶

晶胞边长 a length_a	56.396 Å
晶胞边长 b length_b	110.855 Å
晶胞边长 c length_c	207.294 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	49.540 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1933
R_free r_free	0.2272

The Crystal Structure of a Human MitoNEET mutant with Asp 67 replaced by a Gly

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4f1e__assembly_7__model_1

4f1e__assembly_7__model_1 | I(q)

4f1e__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

The Crystal Structure of a Human MitoNEET mutant with Asp 67 replaced by a Gly

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4f1e__assembly_7__model_1

4f1e__assembly_7__model_1 | I(q)

4f1e__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)