SAXSdb — 4f42

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 334–418	片段：death domain, UNP RESIDUES 334-418	MNB 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7.0, 1.2M sodium citrate tribasic dehydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.38 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4F42	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NGR DEATH DOMAIN OF P75 LOW AFFINITY NEUROTROPHIN RECEPTOR, RESIDUES 334-418, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-01-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 334–418（85 aa）片段：DEATH DOMAIN, RESIDUES 281 - 425	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；301 K	分辨率未提供
1SG1 Crystal Structure of the Receptor-Ligand Complex between Nerve Growth Factor and the Common Neurotrophin Receptor p75 提交 2004-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 30–190（161 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；295 K；PEG 1000, isoproponal, sodium chloride, citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.269
2MIC NMR structure of p75 transmembrane domain in DPC micelles 提交 2013-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–284（40 aa）片段：UNP residues 245-284 链 B 245–284（40 aa）片段：UNP residues 245-284	突变：C36S (chain A), C136S (chain B) 突变：C36S (chain A), C136S (chain B)	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.9；318 K；压力 ambient NMR样品组成 1.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p75-TM-wt, 95 mM [U-98% 2H] DPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MJO NMR structure of p75 transmembrane domain C257A mutant in DPC micelles 提交 2014-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–284（40 aa）片段：UNP residues 245-284 链 B 245–284（40 aa）片段：UNP residues 245-284	突变：C14A, C36S chain A, C114A, C136S chain B 突变：C14A, C36S chain A, C114A, C136S chain B	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.9；318 K；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p75-TM-C257A, 30 mM [U-98% 2H] DPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3BUK Crystal Structure of the Neurotrophin-3 and p75NTR Symmetrical Complex 提交 2008-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 29–189（161 aa）片段：ectodomain 链 D 29–189（161 aa）片段：ectodomain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；290 K；0.9M Lithium Sulfate, 0.05M Na Citrate, 0.7M Ammonium Sulfate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
3IJ2 Ligand-receptor structure 提交 2009-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 33–193（161 aa）片段：UNP RESIDUES 30-190 链 Y 33–193（161 aa）片段：UNP RESIDUES 30-190	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.75 Å R-free 0.274
4F44 Neurotrophin p75NTR intracellular domain 提交 2012-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 334–418（85 aa）片段：death domain 链 B 334–418（85 aa）片段：death domain	未记录	MNB 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 1.4M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.280

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNR16_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–86； UniProt 334–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4f42
沉积日期 deposition_date	2012-05-09
结构标题 title	Neurotrophin p75NTR intracellular domain
关键词 keywords	death domain, signalling transduction, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.00 Å
零角强度 I(0) i0	2183250.00
分子量 molecular_weight	9667.0 kDa
排除体积 excluded_volume	11916 Å³
包络体积 envelope_volume	13226 Å³
水化壳体积 shell_volume	9581 Å³
包络直径 envelope_diameter	40.4 Å
壳层 Rg shell_rg	17.51 Å
包络 Rg envelope_rg	12.22 Å
形状 Rg shape_rg	11.98 Å
总 Rg total_rg	13.37 Å
总原子数 total_atoms	679
残基数 n_residues	84
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	42.4 Å
Rg (实空间) rg_real	13.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1830e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2980e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2183000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8806
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.014
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.326
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	351000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.975

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
分子量 formula_weight	10631.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	700

MGNLYSSLPLTKREEVEKLLNGDTWRHLAGELGYQPEHIDSFTHEACPVRALLASWGAQDSATLDALLAALRRIQRADIVESLCSELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID
分子量 formula_weight	199.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4f42a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4f42A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	53.440 Å
晶胞边长 b length_b	53.440 Å
晶胞边长 c length_c	78.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.380 Å
最低分辨率 resolution_low	19.600 Å
R 因子 r_factor	0.2205
R_work r_work	0.2186
R_free r_free	0.2597

fit	/app/data/saxs_computation/f4/4f42/4f42.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f4/4f42/4f42.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f4/4f42/4f42.dat

Neurotrophin p75NTR intracellular domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction