SAXSdb — 4f5x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP2 protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	Intermediate capsid protein VP6 × 780 （A7J3A1） RNA-directed RNA polymerase × 60 （O37061） ZINC ION × 300	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Intermediate capsid protein VP6 × 13 （A7J3A1） RNA-directed RNA polymerase × 1 （O37061） ZINC ION × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	Intermediate capsid protein VP6 × 65 （A7J3A1） RNA-directed RNA polymerase × 5 （O37061） ZINC ION × 25	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	Intermediate capsid protein VP6 × 78 （A7J3A1） RNA-directed RNA polymerase × 6 （O37061） ZINC ION × 30	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Intermediate capsid protein VP6 × 13 （A7J3A1） RNA-directed RNA polymerase × 1 （O37061） ZINC ION × 5	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	Intermediate capsid protein VP6 × 780 （A7J3A1） RNA-directed RNA polymerase × 60 （O37061） ZINC ION × 300	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H9N1A6_9REOV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–880； UniProt 1–880 作者链 B； PDB构建体 1–880； UniProt 1–880

Intermediate capsid protein VP6

物种未注明

UniProt A7J3A1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	VP2 protein × 120 （H9N1A6） RNA-directed RNA polymerase × 60 （O37061） ZINC ION × 300	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	VP2 protein × 2 （H9N1A6） RNA-directed RNA polymerase × 1 （O37061） ZINC ION × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	VP2 protein × 10 （H9N1A6） RNA-directed RNA polymerase × 5 （O37061） ZINC ION × 25	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	VP2 protein × 12 （H9N1A6） RNA-directed RNA polymerase × 6 （O37061） ZINC ION × 30	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	VP2 protein × 2 （H9N1A6） RNA-directed RNA polymerase × 1 （O37061） ZINC ION × 5	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	VP2 protein × 120 （H9N1A6） RNA-directed RNA polymerase × 60 （O37061） ZINC ION × 300	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP6_ROTBN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 D； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 E； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 F； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 G； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 H； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 I； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 J； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 K； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 L； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 M； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 N； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 O； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

RNA-directed RNA polymerase

物种未注明

UniProt O37061

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	VP2 protein × 120 （H9N1A6） Intermediate capsid protein VP6 × 780 （A7J3A1） ZINC ION × 300	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	VP2 protein × 2 （H9N1A6） Intermediate capsid protein VP6 × 13 （A7J3A1） ZINC ION × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	VP2 protein × 10 （H9N1A6） Intermediate capsid protein VP6 × 65 （A7J3A1） ZINC ION × 25	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	VP2 protein × 12 （H9N1A6） Intermediate capsid protein VP6 × 78 （A7J3A1） ZINC ION × 30	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	VP2 protein × 2 （H9N1A6） Intermediate capsid protein VP6 × 13 （A7J3A1） ZINC ION × 5	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	VP2 protein × 120 （H9N1A6） Intermediate capsid protein VP6 × 780 （A7J3A1） ZINC ION × 300	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RDRP_ROTSP
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–1089； UniProt 1–1089

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4f5x
沉积日期 deposition_date	2012-05-13
结构标题 title	Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles
关键词 keywords	beta-jellyroll, polymerase, transcriptase, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4f5x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4f5x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4f5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	284.20 Å
总 Rg	283.90 Å
原子数	3720840
残基数	463620
排除体积	66194000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4f5x__assembly_1__model_1`	960-MERIC （960）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4f5x__assembly_2__model_1`	hexadecameric （16）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`4f5x__assembly_3__model_1`	80-meric （80）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`4f5x__assembly_4__model_1`	96-meric （96）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`4f5x__assembly_5__model_1`	hexadecameric （16）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`4f5x__assembly_6__model_1`	960-meric （960）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VP2 protein
分子量 formula_weight	102595.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	62014

MAYRKRGARREANINNNDRMQEKDDEKQDQNNRMQLSDKVLSKKEEVVTDSQEEIKIADEVKKSTKEESKQLLEVLKTKEEHQKEIQYEILQKTIPTFEPKESILKKLEDIKPEQAKKQTKLFRIFEPRQLPIYRANGEKELRNRWYWKLKKDTLPDGDYDVREYFLNLYDQVLTEMPDYLLLKDMAVENKNSRDAGKVVDSETASICDAIFQDEETEGAVRRFIAEMRQRVQADRNVVNYPSILHPIDYAFNEYFLQHQLVEPLNNDIIFNYIPERIRNDVNYILNMDRNLPSTARYIRPNLLQDRLNLHDNFESLWDTITTSNYILARSVVPDLKELVSTEAQIQKMSQDLQLEALTIQSETQFLTGINSQAANDCFKTLIAAMLSQRTMSLDFVTTNYMSLISGMWLLTVVPNDMFIRESLVACQLAIVNTIIYPAFGMQRMHYRNGDPQTPFQIAEQQIQNFQVANWLHFVNNNQFRQVVIDGVLNQVLNDNIRNGHVINQLMEALMQLSRQQFPTMPVDYKRSIQRGILLLSNRLGQLVDLTRLLAYNYETLMACVTMNMQHVQTLTTEKLQLTSVTSLCMLIGNATVIPSPQTLFHYYNVNVNFHSNYNERINDAVAIITAANRLNLYQKKMKAIVEDFLKRLHIFDVARVPDDQMYRLRDRLRLLPVEVRRLDIFNLILMNMDQIERASDKIAQGVIIAYRDMQLERDEMYGYVNIARNLDGFQQINLEELMRTGDYAQITNMLLNNQPVALVGALPFVTDSSVISLIAKLDATVFAQIVKLRKVDTLKPILYKINSDSNDFYLVANYDWVPTSTTKVYKQVPQQFDFRNSMHMLTSNLTFTVYSDLLAFVSADTVEPINAVAFDNMRIMNEL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intermediate capsid protein VP6
分子量 formula_weight	44922.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O

MDVLYSLSKTLKDARDKIVEGTLYSNVSDLIQQFNQMIITMNGNEFQTGGIGNLPIRNWNFDFGLLGTTLLNLDANYVETARNTIDYFVDFVDNVCMDEMVRESQRNGIAPQSDSLRKLSGLKFKRINFDNSSEYIENWNLQNRRQRTGFTFHKPNIFPYSASFTLNRSQPAHDNLMGTMWLNAGSEIQVAGFDYSCAINAPANTQQFEHIVQLRRVLTTATITLLPDAERFSFPRVINSADGATTWYFNPVILRPNNVEVEFLLNGQIINTYQARFGTIIARNFDTIRLSFQLMRPPNMTPAVAALFPNAQPFEHHATVGLTLRIESAVCESVLADASETMLANVTSVRQEYAIPVGPVFPPGMNWTDLITNYSPSREDNLQRVFTVASIRSMLVK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase
分子量 formula_weight	125495.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MGKYNLILSEYLSFIYNSQSAVQIPIYYSSNSELENRCIEFHSKCLENSKNGLSLRKLFVEYNDVIENATLLSILSYSYDKYNAVERKLVKYAKGKPLEADLTVNELDYENNKMTSELFPTAEEYTDSLMDPAILTSLSSNLNAVMFWLEKHENDVAEKLKVYKRRLDLFTIVASTINKYGVPRHNAKYRYEYDVMKDKPYYLVTWANSSIEMLMSVFSHDDYLIAKELIVLSYSNRSTLAKLVSSPMSILVALVDINGTFITNEELELEFSNKYVRAIVPDQTFDELNQMLDNMRKAGLVDIPKMIQDWLVDRSIEKFPLMAKIYSWSFHVGFRKQKMLDAALDQLKTEYTENVDDEMYREYTMLIRDEVVKMLEEPVKHDDHLLRDSELAGLLSMSSASNGESRQLKFGRKTIFSTKKNMHVMDDMANERYTPGIIPPVNVDKPIPLGRRDVPGRRTRIIFILPYEYFIAQHAVVEKMLIYAKHTREYAEFYSQSNQLLSYGDVTRFLSNNTMVLYTDVSQWDSSQHNTQPFRKGIIMGLDILANMTNDAKVLQTLNLYKQTQINLMDSYVQIPDGNVIKKIQYGAVASGEKQTKAANSIANLALIKTVLSRISNKHSFATKIIRVDGDDNYAVLQFNTEVTKQMIQDVSNDVRETYARMNAKVKALVSTVGIEIAKRYIAGGKIFFRAGINLLNNEKRGQSTQWDQAAILYSNYIVNRLRGFETDREFILTKIMQMTSVAITGSLRLFPSERVLTTNSTFKVFDSEDFIIEYGTTVDEVYIQRAFMSLSSQKSGIADEIAASSTFKNYVTRLSEQLLFSKNNIVSRGIALTEKAKLNSYAPISLEKRRAQISALLTMLQKPVTFKSSKITINDILRDIKPFFTVSDAHLPIQYQKFMPTLPDNVQYIIQCIGSRTYQIEDDGSKSAISRLISKYSVYKPSIEELYKVISLHENEIQLYLISLGIPKIDADTYVGSKIYSRDKYRILESYVYNLLSINYGCYQLFDFNSPDLEKLIRIPFKGKIPAVTFILHLYAKLEVINYAIKNGSWISLFCNYPKSEMIKLWKKMWNITSLRSPYTNANFFQEP

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

▶

晶胞边长 a length_a	740.750 Å
晶胞边长 b length_b	1198.070 Å
晶胞边长 c length_c	1345.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3120

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2931
R_free r_free	0.2958

Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA-directed RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4f5x__assembly_1__model_1

4f5x__assembly_1__model_1 | I(q)

4f5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-directed RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4f5x__assembly_1__model_1

4f5x__assembly_1__model_1 | I(q)

4f5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)