4f6t

The crystal structure of the molybdenum storage protein (MoSto) from Azotobacter vinelandii loaded with various polyoxometalates

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum storage protein subunit beta

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Molybdenum storage protein subunit alpha × 3 （P84308） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) × 6 PHOSPHATE ION × 6 MAGNESIUM ION × 6 MO(6)-O(26) Cluster × 3 MOLYBDENUM ATOM × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MOSB_AZOVD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–268； UniProt 3–270

Molybdenum storage protein subunit alpha

物种未注明

UniProt P84308

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Molybdenum storage protein subunit beta × 3 （P84253） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) × 6 PHOSPHATE ION × 6 MAGNESIUM ION × 6 MO(6)-O(26) Cluster × 3 MOLYBDENUM ATOM × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MOSA_AZOVD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–244； UniProt 33–276

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4f6t
沉积日期 deposition_date	2012-05-15
结构标题 title	The crystal structure of the molybdenum storage protein (MoSto) from Azotobacter vinelandii loaded with various polyoxometalates
关键词 keywords	;molybdenum storage, ATP hydrolyzation, hexamer, polyoxometalate, POM, Rossmanfold like, ATP Hydrolysis, Molybdate, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4f6t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4f6t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4f6t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.91 Å
Rg（电子密度）	31.87 Å
总 Rg	31.37 Å
原子数	11916
残基数	1536
排除体积	211970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4f6t__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Molybdenum storage protein subunit beta
分子量 formula_weight	28176.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4609

NSTAELEELLMQRSLTDPQLQAAAAAAADFRILPDATVIKIGGQSVIDRGRAAVYPLVDEIVAARKNHKLLIGTGAGTRARHLYSIAAGLGLPAGVLAQLGSSVADQNAAMLGQLLAKHGIPVVGGAGLSAVPLSLAEVNAVVFSGMPPYKLWMRPAAEGVIPPYRTDAGCFLLAEQFGCKQMIFVKDEDGLYTANPKTSKDATFIPRISVDEMKAKGLHDSILEFPVLDLLQSAQHVREVQVVNGLVPGNLTRALAGEHVGTIITAS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Molybdenum storage protein subunit alpha
分子量 formula_weight	25824.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

RPIRLLPWLQVVKIGGRVMDRGADAILPLVEELRKLLPEHRLLILTGAGVRARHVFSVGLDLGLPVGSLAPLAASEAGQNGHILAAMLASEGVSYVEHPTVADQLAIHLSATRAVVGSAFPPYHHHEFPGSRIPPHRADTGAFLLADAFGAAGLTIVENVDGIYTADPNGPDRGQARFLPETSATDLAKSEGPLPVDRALLDVMATARHIERVQVVNGLVPGRLTAALRGEHVGTLIRTGVRPA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI)
分子量 formula_weight	1215.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MO(6)-O(26) Cluster
分子量 formula_weight	1007.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM ATOM
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	524

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4f6ta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4f6tb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4f6tA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	4f6tB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

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晶胞边长 a length_a	115.740 Å
晶胞边长 b length_b	115.740 Å
晶胞边长 c length_c	233.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	46.000 Å
R 因子 r_factor	0.1421
R_work r_work	0.1394
R_free r_free	0.1733

The crystal structure of the molybdenum storage protein (MoSto) from Azotobacter vinelandii loaded with various polyoxometalates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum storage protein subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Molybdenum storage protein subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4f6t__assembly_1__model_1

4f6t__assembly_1__model_1 | I(q)

4f6t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of the molybdenum storage protein (MoSto) from Azotobacter vinelandii loaded with various polyoxometalates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum storage protein subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Molybdenum storage protein subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4f6t__assembly_1__model_1

4f6t__assembly_1__model_1 | I(q)

4f6t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)