4fas

Complex crystal structure of hydroxylamine oxidoreductase and NE1300 from Nitrosomonas europaea

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hydroxylamine oxidoreductase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	NE1300 × 3 （Q82V11） HEME C × 21 ;{3,3'-[(9S)-8,13-diethenyl-3,7,12,17-tetramethyl-9,10-dihydroporphyrin-2,18-diyl-kappa~4~N~21~,N~22~,N~23~,N~24~]dipropanoato(2-)}iron ; × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 17 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 1,2-ETHANEDIOL × 15 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 NITRATE ION × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HAO_NITEU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–546； UniProt 25–570 作者链 B； PDB构建体 1–546； UniProt 25–570 作者链 C； PDB构建体 1–546； UniProt 25–570

NE1300

物种未注明

UniProt Q82V11

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Hydroxylamine oxidoreductase × 3 （Q50925） HEME C × 21 ;{3,3'-[(9S)-8,13-diethenyl-3,7,12,17-tetramethyl-9,10-dihydroporphyrin-2,18-diyl-kappa~4~N~21~,N~22~,N~23~,N~24~]dipropanoato(2-)}iron ; × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 17 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 1,2-ETHANEDIOL × 15 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 NITRATE ION × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q82V11_NITEU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 23–91 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 23–91 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 23–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4fas
沉积日期 deposition_date	2012-05-22
结构标题 title	Complex crystal structure of hydroxylamine oxidoreductase and NE1300 from Nitrosomonas europaea
关键词 keywords	Hydroxylamine oxidation, Heme c binding, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4fas__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4fas__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4fas__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.72 Å
Rg（电子密度）	33.94 Å
总 Rg	34.67 Å
原子数	14404
残基数	1653
排除体积	255070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4fas__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hydroxylamine oxidoreductase
分子量 formula_weight	61720.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.3.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	15197

DISTVPDETYDALKLDRGKATPKETYEALVKRYKDPAHGAGKGTMGDYWEPIAISIYMDPNTFYKPPVSPKEVAERKDCVECHSDETPVWVRAWKRSTHANLDKIRNLKSDDPLYYKKGKLEEVENNLRSMGKLGEKETLKEVGCIDCHVDVNKKDKADHTKDIRMPTADTCGTCHLREFAERESERDTMVWPNGQWPAGRPSHALDYTANIETTVWAAMPQREVAEGCTMCHTNQNKCDNCHTRHEFSAAESRKPEACATCHSGVDHNNWEAYTMSKHGKLAEMNRDKWNWEVRLKDAFSKGGQNAPTCAACHMEYEGEYTHNITRKTRWANYPFVPGIAENITSDWSEARLDSWVLTCTQCHSERFARSYLDLMDKGTLEGLAKYQEANAIVHKMYEDGTLTGQKTNRPNPPEPEKPGFGIFTQLFWSKGNNPASLELKVLEMAENNLAKMHVGLAHVNPGGWTYTEGWGPMNRAYVEIQDEYTKMQELSALQARVNKLEGKQTSLLDLKGTGEKISLGGLGGGMLLAGALALIGWRKRKQTRA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NE1300
分子量 formula_weight	7460.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

SGNLESSLAPISAKDMLDYLACKDKKPTDVVKSHTEVENGKIVRVKCGDIVALVQKAREQSGDAWQGGY

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;{3,3'-[(9S)-8,13-diethenyl-3,7,12,17-tetramethyl-9,10-dihydroporphyrin-2,18-diyl-kappa~4~N~21~,N~22~,N~23~,N~24~]dipropanoato(2-)}iron ;
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	785

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4fasa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

结构域编号 domain_id	d4fasb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

结构域编号 domain_id	d4fasc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	4fasA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	780 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4fasA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	850 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4fasB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	780 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4fasB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	850 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4fasC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	780 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4fasC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	850 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4fasD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	4fasE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	4fasF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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晶胞边长 a length_a	140.731 Å
晶胞边长 b length_b	142.618 Å
晶胞边长 c length_c	107.376 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	42.890 Å
R 因子 r_factor	0.1670
R_work r_work	0.1649
R_free r_free	0.2058

Complex crystal structure of hydroxylamine oxidoreductase and NE1300 from Nitrosomonas europaea

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hydroxylamine oxidoreductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NE1300

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fas__assembly_1__model_1

4fas__assembly_1__model_1 | I(q)

4fas__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex crystal structure of hydroxylamine oxidoreductase and NE1300 from Nitrosomonas europaea

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hydroxylamine oxidoreductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NE1300

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fas__assembly_1__model_1

4fas__assembly_1__model_1 | I(q)

4fas__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)