4fl4

Scaffoldin conformation and dynamics revealed by a ternary complex from the Clostridium thermocellum cellulosome

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoside hydrolase family 9

Clostridium thermocellum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Scaffolding dockerin binding protein A × 1 （P71143） Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （C7HJU1） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 13 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Scaffolding dockerin binding protein A × 1 （P71143） Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （C7HJU1） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 18 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Scaffolding dockerin binding protein A × 1 （P71143） Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （C7HJU1） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 13 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Scaffolding dockerin binding protein A × 1 （P71143） Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （C7HJU1） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 14 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D1NID1_CLOTM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 23–88； UniProt 584–649 作者链 D； PDB构建体 23–88； UniProt 584–649 作者链 G； PDB构建体 23–88； UniProt 584–649 作者链 J； PDB构建体 23–88； UniProt 584–649

Scaffolding dockerin binding protein A

Clostridium thermocellum

UniProt P71143

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glycoside hydrolase family 9 × 1 （D1NID1） Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （C7HJU1） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 13 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glycoside hydrolase family 9 × 1 （D1NID1） Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （C7HJU1） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 18 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glycoside hydrolase family 9 × 1 （D1NID1） Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （C7HJU1） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 13 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glycoside hydrolase family 9 × 1 （D1NID1） Cellulosome anchoring protein cohesin region × 1 （C7HJU1） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 14 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P71143_CLOTM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 14–187； UniProt 27–200 作者链 E； PDB构建体 14–187； UniProt 27–200 作者链 H； PDB构建体 14–187； UniProt 27–200 作者链 K； PDB构建体 14–187； UniProt 27–200

Cellulosome anchoring protein cohesin region

Clostridium thermocellum

UniProt C7HJU1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glycoside hydrolase family 9 × 1 （D1NID1） Scaffolding dockerin binding protein A × 1 （P71143） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 13 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glycoside hydrolase family 9 × 1 （D1NID1） Scaffolding dockerin binding protein A × 1 （P71143） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 18 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glycoside hydrolase family 9 × 1 （D1NID1） Scaffolding dockerin binding protein A × 1 （P71143） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 13 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glycoside hydrolase family 9 × 1 （D1NID1） Scaffolding dockerin binding protein A × 1 （P71143） CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 14 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C7HJU1_CLOTM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–313； UniProt 9–320 作者链 F； PDB构建体 2–313； UniProt 9–320 作者链 I； PDB构建体 2–313； UniProt 9–320 作者链 L； PDB构建体 2–313； UniProt 9–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4fl4
沉积日期 deposition_date	2012-06-14
结构标题 title	Scaffoldin conformation and dynamics revealed by a ternary complex from the Clostridium thermocellum cellulosome
关键词 keywords	;Structural Genomics, Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative, BSGI, cohesin, dockerin, X module, cell surface, hydrolase, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4fl4__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4fl4__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4fl4__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.88 Å
Rg（电子密度）	44.57 Å
总 Rg	44.49 Å
原子数	4033
残基数	536
排除体积	71602 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4fl4__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4fl4__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4fl4__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4fl4__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycoside hydrolase family 9
分子量 formula_weight	9948.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	16313

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMGDVNDDGKVNSTDLTLLKRYVLKAVSTLPSSKAEKNADVNRDGRVNSSDVTILSRYLIRVIEKLPI

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium thermocellum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1515
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Scaffolding dockerin binding protein A
分子量 formula_weight	20550.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MRGSHHHHHHTDLRADKASSIELKFDRNKGEVGDILIGTVRINNIKNFAGFQVNIVYDPKVLMAVDPETGKEFTSSTFPPGRTVLKNNAYGPIQIADNDPEKGILNFALAYSYIAGYKETGVAEESGIIAKIGFKILQKKSTAVKFQDTLSMPGAISGTQLFDWDGEVITGYEVIQPDVLSLGDEPF

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium thermocellum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1515
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cellulosome anchoring protein cohesin region
分子量 formula_weight	34659.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

MPTITPNKLTLKIGRAEGRPGDTVEIPVNLYGVPQKGIASGDFVVSYDPNVLEIIEIEPGELIVDPNPTKSFDTAVYPDRKMIVFLFAEDSGTGAYAITEDGVFATIVAKVKEGAPEGFSAIEISEFGAFADNDLVEVETDLINGGVLVTNKPVIEGYKVSGYILPDFSFDATVAPLVKAGFKVEIVGTELYAVTDANGYFEITGVPANASGYTLKISRATYLDRVIANVVVTGDTSVSTSQAPIMMWVGDIVKDNSINLLDVAEVIRCFNATKGSANYVEELDINRNGAINMQDIMIVHKHFGATSSDYDAQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium thermocellum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1515
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	58

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4fl4a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.139 — Type I dockerin domain
超家族 Superfamily superfamily	a.139.1 — Type I dockerin domain
家族 Family family	a.139.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4fl4a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4fl4b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.2 — Carbohydrate-binding domain
家族 Family family	b.2.2.2 — Cellulose-binding domain family III

结构域编号 domain_id	d4fl4d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.139 — Type I dockerin domain
超家族 Superfamily superfamily	a.139.1 — Type I dockerin domain
家族 Family family	a.139.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4fl4d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4fl4e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.2 — Carbohydrate-binding domain
家族 Family family	b.2.2.2 — Cellulose-binding domain family III

结构域编号 domain_id	d4fl4g1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.139 — Type I dockerin domain
超家族 Superfamily superfamily	a.139.1 — Type I dockerin domain
家族 Family family	a.139.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4fl4g2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4fl4h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.2 — Carbohydrate-binding domain
家族 Family family	b.2.2.2 — Cellulose-binding domain family III

结构域编号 domain_id	d4fl4j1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.139 — Type I dockerin domain
超家族 Superfamily superfamily	a.139.1 — Type I dockerin domain
家族 Family family	a.139.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4fl4j2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4fl4k_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.2 — Carbohydrate-binding domain
家族 Family family	b.2.2.2 — Cellulose-binding domain family III

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	4fl4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dockerin domain

结构域编号 domain_id	4fl4B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	4fl4C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	4fl4C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1120 — Carboxypeptidase-like, regulatory domain

结构域编号 domain_id	4fl4C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dockerin domain

结构域编号 domain_id	4fl4D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dockerin domain

结构域编号 domain_id	4fl4E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	4fl4F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	4fl4F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4130 —

结构域编号 domain_id	4fl4G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dockerin domain

结构域编号 domain_id	4fl4H00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	4fl4I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	4fl4I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1120 — Carboxypeptidase-like, regulatory domain

结构域编号 domain_id	4fl4I03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dockerin domain

结构域编号 domain_id	4fl4J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — Type 1 dockerin domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dockerin domain

结构域编号 domain_id	4fl4K00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	4fl4L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 —

结构域编号 domain_id	4fl4L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4130 —

▶

晶胞边长 a length_a	119.374 Å
晶胞边长 b length_b	186.305 Å
晶胞边长 c length_c	191.165 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.947 Å
R 因子 r_factor	0.1932
R_work r_work	0.1909
R_free r_free	0.2363

Scaffoldin conformation and dynamics revealed by a ternary complex from the Clostridium thermocellum cellulosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoside hydrolase family 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Scaffolding dockerin binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cellulosome anchoring protein cohesin region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fl4__assembly_4__model_1

4fl4__assembly_4__model_1 | I(q)

4fl4__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Scaffoldin conformation and dynamics revealed by a ternary complex from the Clostridium thermocellum cellulosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoside hydrolase family 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Scaffolding dockerin binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cellulosome anchoring protein cohesin region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fl4__assembly_4__model_1

4fl4__assembly_4__model_1 | I(q)

4fl4__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)