4fma

EspG structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 223.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EspG protein

Escherichia coli

UniProt Q5WMC0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
10 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
11 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 47–397 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
12 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
13 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 47–397 链 C; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
14 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 47–397 链 F; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
15 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 47–397 链 K; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
16 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 47–397 链 I; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
17 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 47–397 链 L; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
18 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 47–397 链 J; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
7 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 47–397 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
8 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239
9 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 47–397 未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2.5 M sodium formate, 0.1 M Bis-Tis propane (pH 7.0), and 0.2 M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5WMC0_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 B; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 C; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 D; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 E; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 F; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 G; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 H; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 I; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 J; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 K; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397 作者链 L; PDB构建体 1–351; UniProt 47–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4fma

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4fma
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4fma
沉积日期 deposition_date2012-06-16
结构标题 titleEspG structure
关键词 keywordsalpha and beta fold, Rab1 GAP, Rab1 GTPase, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier64.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.94
零角强度 I(0) i03205660000.00
分子量 molecular_weight457420.0 kDa
排除体积 excluded_volume565050 ų
包络体积 envelope_volume899690 ų
水化壳体积 shell_volume119170 ų
包络直径 envelope_diameter207.4
壳层 Rg shell_rg63.01
包络 Rg envelope_rg61.81
形状 Rg shape_rg63.94
总 Rg total_rg63.91
总原子数 total_atoms32039
残基数 n_residues4153
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax223.6
Rg (实空间) rg_real63.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.17
I(0) (实空间) i0_real3.2060e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.5890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal64.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3207000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8851
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary74.5
偏度 Skewness skewness0.166
峰度 Kurtosis kurtosis-0.566
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha95550000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.933

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id4fmaA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaJ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4fmaL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — EspG protein, N-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)