4fnn

Crystal structure of the complex of CPGRP-S with stearic acid at 2.2 A RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidoglycan recognition protein 1

物种未注明

UniProt Q9GK12

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 STEARIC ACID × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PGRP1_CAMDR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–171; UniProt 23–193 作者链 B; PDB构建体 1–171; UniProt 23–193 作者链 C; PDB构建体 1–171; UniProt 23–193 作者链 D; PDB构建体 1–171; UniProt 23–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4fnn
沉积日期 deposition_date2012-06-20
结构标题 titleCrystal structure of the complex of CPGRP-S with stearic acid at 2.2 A RESOLUTION
关键词 keywordsPeptidoglycan Binding, Immune response, secreted, antimicrobial, PGRP, Antibiotic, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4fnn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4fnn__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4fnn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)29.78 Å
Rg(电子密度)28.87 Å
总 Rg29.58 Å
原子数5364
残基数684
排除体积93972 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4fnn__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4fnna_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family familyd.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
结构域编号 domain_idd4fnnb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family familyd.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
结构域编号 domain_idd4fnnc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family familyd.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
结构域编号 domain_idd4fnnd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family familyd.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4fnnA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidoglycan recognition protein-like
结构域编号 domain_id4fnnB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidoglycan recognition protein-like
结构域编号 domain_id4fnnC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidoglycan recognition protein-like
结构域编号 domain_id4fnnD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidoglycan recognition protein-like
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7. 引用文献 (1)