4fqf

Crystal structure of a thionitrate intermediate of human aldehyde dehydrogenase-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt P05091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–517 链 B; UniProt 18–517 链 C; UniProt 18–517 链 D; UniProt 18–517 片段:unp residues 18-517 2NO NITROGEN DIOXIDE × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 URE UREA × 6 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;293 K;100 mM bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane (Bis-TRIS), 25% PEG 3350, 60 mM urea; 13.3 mM magnesium chloride, 8.9 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), 4.4 mM NAD+, 45.8 mM glucose, crystals have been soaked with glyceryl trinitrate (GTN), pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.28 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALDH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–500; UniProt 18–517 作者链 B; PDB构建体 1–500; UniProt 18–517 作者链 C; PDB构建体 1–500; UniProt 18–517 作者链 D; PDB构建体 1–500; UniProt 18–517

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4fqf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4fqf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4fqf
沉积日期 deposition_date2012-06-25
结构标题 titleCrystal structure of a thionitrate intermediate of human aldehyde dehydrogenase-2
关键词 keywordsRossmann Fold, oxidoreductase, aldehydes, esters, organic nitrates, NAD, oxidoreductase-intermediate complex; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.94
零角强度 I(0) i0716254000.00
分子量 molecular_weight218260.0 kDa
排除体积 excluded_volume272610 ų
包络体积 envelope_volume319080 ų
水化壳体积 shell_volume69606 ų
包络直径 envelope_diameter114.2
壳层 Rg shell_rg45.32
包络 Rg envelope_rg35.98
形状 Rg shape_rg35.92
总 Rg total_rg36.51
总原子数 total_atoms15358
残基数 n_residues1967
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.8
Rg (实空间) rg_real36.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real7.1630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal716400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9022
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary
偏度 Skewness skewness0.063
峰度 Kurtosis kurtosis-0.583
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha172400000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4fqfa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamilyc.82.1 — ALDH-like
家族 Family familyc.82.1.1 — ALDH-like
结构域编号 domain_idd4fqfb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamilyc.82.1 — ALDH-like
家族 Family familyc.82.1.1 — ALDH-like
结构域编号 domain_idd4fqfc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamilyc.82.1 — ALDH-like
家族 Family familyc.82.1.1 — ALDH-like
结构域编号 domain_idd4fqfd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamilyc.82.1 — ALDH-like
家族 Family familyc.82.1.1 — ALDH-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4fqfA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4fqfA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id4fqfB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4fqfB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id4fqfC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4fqfC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id4fqfD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4fqfD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)