SAXSdb — 4fs3

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI

Staphylococcus aureus subsp. aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;[[(2R,3S,4R,5R)-5-(3-aminocarbonyl-4H-pyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ; × 4 N-methyl-N-[(3-methyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]-3-(7-oxo-5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-3-yl)propanamide × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FABI_STAAR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4fs3
沉积日期 deposition_date	2012-06-26
结构标题 title	Crystal structure of Staphylococcus aureus enoyl-ACP reductase in complex with NADP and AFN-1252
关键词 keywords	Rossmann Fold, short chain dehydrogenase, NADPH binding, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4fs3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4fs3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4fs3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.77 Å
Rg（电子密度）	28.70 Å
总 Rg	29.55 Å
原子数	8188
残基数	1024
排除体积	144530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4fs3__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
分子量 formula_weight	28024.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.1.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2341

MLNLENKTYVIMGIANKRSIAFGVAKVLDQLGAKLVFTYRKERSRKELEKLLEQLNQPEAHLYQIDVQSDEEVINGFEQIGKDVGNIDGVYHSIAFANMEDLRGRFSETSREGFLLAQDISSYSLTIVAHEAKKLMPEGGSIVATTYLGGEFAVQNYNVMGVAKASLEANVKYLALDLGPDNIRVNAISAGPIRTLSAKGVGGFNTILKEIKERAPLKRNVDQVEVGKTAAYLLSDLSSGVTGENIHVDSGFHAIK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	282458
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[[(2R,3S,4R,5R)-5-(3-aminocarbonyl-4H-pyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-methyl-N-[(3-methyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]-3-(7-oxo-5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-3-yl)propanamide
分子量 formula_weight	377.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4fs3a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4fs3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

▶

晶胞边长 a length_a	126.269 Å
晶胞边长 b length_b	126.269 Å
晶胞边长 c length_c	80.913 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1730
R_work r_work	0.1714
R_free r_free	0.2033

Crystal structure of Staphylococcus aureus enoyl-ACP reductase in complex with NADP and AFN-1252

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fs3__assembly_1__model_1

4fs3__assembly_1__model_1 | I(q)

4fs3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Staphylococcus aureus enoyl-ACP reductase in complex with NADP and AFN-1252

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fs3__assembly_1__model_1

4fs3__assembly_1__model_1 | I(q)

4fs3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)