SAXSdb — 4fyd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit A

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPAPGPCPGPTPGTPGPTPAPCPCPCPCPTPGPCPCPCPGPCPCPG)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(CPGPGPCPGPGPGPCPAPG)-D(PGP*G)-3') ; × 1 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPAPGPCPGPTPGTPGPTPAPCPCPCPCPTPGPCPCPCPGPCPCPG)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(CPGPGPCPGPGPGPCPAPG)-D(PGP*G)-3') ; × 1 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–910； UniProt 349–1258 作者链 B； PDB构建体 1–910； UniProt 349–1258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4fyd
沉积日期 deposition_date	2012-07-04
结构标题 title	Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA and dGTP
关键词 keywords	DNA polymerase, DNA replication, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4fyd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4fyd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4fyd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.93 Å
Rg（电子密度）	30.43 Å
总 Rg	31.00 Å
原子数	14554
残基数	876
排除体积	129940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4fyd__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4fyd__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase alpha catalytic subunit A
分子量 formula_weight	103401.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	R508A, N509A, D998N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	29108

TDTFQMFWLDYCEVNNTLILFGKVKLKDDNCVSAMVQINGLCRELFFLPREGKTPTDIHEEIIPLLMDKYGLDNIRAKPQKMKYSFELPDIPSESDYLKVLLPYQTPKSSRDTIPSDLSSDTFYHVFGGNSNIFESFVIQNRIMGPCWLDIKGADFNSIAAASHCAVEVSVDKPQNITPTTTKTMPNLRCLSLSIQTLMNPKENKQEIVSITLSAYRNISLDSPIPENIKPDDLCTLVRPPQSTSFPLGLAALAKQKLPGRVRLFNNEKAMLSCFCAMLKVEDPDVIIGHRLQNVYLDVLAHRMHDLNIPTFSSIGRRLRRTWPEKFGRGNSNMNHFFISDICSGRLICDIANEMGQSLTPKCQSWDLSEMYQVTCEKEHKPLDIDYQNPQYQNDVNSMTMALQENITNCMISAEVSYRIQLLTLTKQLTNLAGNAWAQTLGGTRAGRNEYILLHEFSRNGFIVPDKEGNRSRAQKQRQNEENADAPVNSKKAKYQGGLVFEPEKGLHKNYVLVMDFNSLYPSIIQEFNICFTTVDRNKEDIDELPSVPPSEVDQGVLPRLLANLVDRRREVKKVMKTETDPHKRVQCDIRQQALKLTANSMYGCLGYVNSRFYAKPLAMLVTNKGREILMNTRQLAESMNLLVVYGDTNSVMIDTGCDNYADAIKIGLGFKRLVNERYRLLEIDIDNVFKKLLLHAKKKYAALTVNLDKNGNGTTVLEVKGLDMKRREFCPLSRDVSIHVLNTILSDKDPEEALQEVYDYLEDIRIKVETNNIRIDKYKINMKLSKDPKAYPGGKNMPAVQVALRMRKAGRVVKAGSVITFVITKQDEIDNAADTPALSVAERAHALNEVMIKSNNLIPDPQYYLEKQIFAPVERLLERIDSFNVVRLSEALGLDSKKYFRREGGNNNG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPAPGPCPGPTPGTPGPTPAPCPCPCPCPTPGPCPCPCPGPCPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	7627.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

TGAGCGTGTGTACCCCTGCCCGCCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(CPGPGPCPGPGPGPCPAPG)-D(PGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3929.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	E,F

CGGCGGGCAGGG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4fydA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	730 —

结构域编号 domain_id	4fydA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	4fydA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4fydA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — B family DNA polymerase, thumb domain

结构域编号 domain_id	4fydB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	730 —

结构域编号 domain_id	4fydB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	4fydB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4fydB05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — B family DNA polymerase, thumb domain

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晶胞边长 a length_a	111.689 Å
晶胞边长 b length_b	145.686 Å
晶胞边长 c length_c	197.199 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.801 Å
R 因子 r_factor	0.2116
R_work r_work	0.2098
R_free r_free	0.2467

Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA and dGTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fyd__assembly_1__model_1

4fyd__assembly_1__model_1 | I(q)

4fyd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA and dGTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fyd__assembly_1__model_1

4fyd__assembly_1__model_1 | I(q)

4fyd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)