SAXSdb — 4fyd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit A

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 349–1258	片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258 突变：R508A, N509A, D998N	;DNA (5'-D(TPGPAPGPCPGPTPGTPGPTPAPCPCPCPCPTPGPCPCPCPGPCPCPG)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(CPGPGPCPGPGPGPCPAPG)-D(PGPG)-3') ; × 1 DGT* 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；291 K；0.2M MgAc2, 10% PEG8000, microbatch, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.247
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 349–1258	片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258 突变：R508A, N509A, D998N	;DNA (5'-D(TPGPAPGPCPGPTPGTPGPTPAPCPCPCPCPTPGPCPCPCPGPCPCPG)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(CPGPGPCPGPGPGPCPAPG)-D(PGPG)-3') ; × 1 DGT* 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；291 K；0.2M MgAc2, 10% PEG8000, microbatch, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4FYD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FLO Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit 提交 2008-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1263–1468（206 aa）片段：Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468	未记录	SO4 SULFATE ION × 19 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
3FLO Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit 提交 2008-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1263–1468（206 aa）片段：Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468	未记录	SO4 SULFATE ION × 15 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
3FLO Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit 提交 2008-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1263–1468（206 aa）片段：Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468	未记录	SO4 SULFATE ION × 16 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
3FLO Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit 提交 2008-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1263–1468（206 aa）片段：Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468	未记录	SO4 SULFATE ION × 15 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
3OIQ Crystal structure of yeast telomere protein Cdc13 OB1 and the catalytic subunit of DNA polymerase alpha Pol1 提交 2010-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 215–250（36 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；23% PEG3350, 0.2M Magnisium formate, 0.1M Tris-HCl, 5mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.273
4B08 Yeast DNA polymerase alpha, Selenomethionine protein 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 349–1258（910 aa）片段：POLYMERASE DOMAIN, RESIDUES 349-1258	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.4；0.1 M BICINE PH 8.0-9.4, 6-10% PEG 8000	分辨率 2.67 Å R-free 0.234
4C93 Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Pol alpha. 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 137–149（13 aa）片段：CTF4-BINDING MOTIF, RESIDUES 137-149 链 E 137–149（13 aa）片段：CTF4-BINDING MOTIF, RESIDUES 137-149	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.2, 7-9% PEG 8000	分辨率 2.69 Å R-free 0.210
4FVM Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha 提交 2012-06-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 349–1258（910 aa）片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；291 K；0.1M Bicine, 6% PEG8000, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
4FXD Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA 提交 2012-07-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 349–1258（910 aa）片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M Bicine, 12% PEG3350, 10 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
4FXD Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA 提交 2012-07-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 349–1258（910 aa）片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M Bicine, 12% PEG3350, 10 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
8B9A S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha primase. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 J 1–1468（1468 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9B S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 J 1–1468（1468 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9C S. cerevisiae pol alpha - replisome complex 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 J 1–1468（1468 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–910； UniProt 349–1258 作者链 B； PDB构建体 1–910； UniProt 349–1258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4fyd
沉积日期 deposition_date	2012-07-04
结构标题 title	Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA and dGTP
关键词 keywords	DNA polymerase, DNA replication, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.45 Å
零角强度 I(0) i0	730591000.00
分子量 molecular_weight	211370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	259890 Å³
包络体积 envelope_volume	363290 Å³
水化壳体积 shell_volume	68149 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.0 Å
壳层 Rg shell_rg	49.88 Å
包络 Rg envelope_rg	42.54 Å
形状 Rg shape_rg	43.46 Å
总 Rg total_rg	43.69 Å
总原子数 total_atoms	29108
残基数 n_residues	1752
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.6 Å
Rg (实空间) rg_real	42.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3450e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	730600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8921
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.283
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.583
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	100100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.910

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase alpha catalytic subunit A
分子量 formula_weight	103401.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	R508A, N509A, D998N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	29108

TDTFQMFWLDYCEVNNTLILFGKVKLKDDNCVSAMVQINGLCRELFFLPREGKTPTDIHEEIIPLLMDKYGLDNIRAKPQKMKYSFELPDIPSESDYLKVLLPYQTPKSSRDTIPSDLSSDTFYHVFGGNSNIFESFVIQNRIMGPCWLDIKGADFNSIAAASHCAVEVSVDKPQNITPTTTKTMPNLRCLSLSIQTLMNPKENKQEIVSITLSAYRNISLDSPIPENIKPDDLCTLVRPPQSTSFPLGLAALAKQKLPGRVRLFNNEKAMLSCFCAMLKVEDPDVIIGHRLQNVYLDVLAHRMHDLNIPTFSSIGRRLRRTWPEKFGRGNSNMNHFFISDICSGRLICDIANEMGQSLTPKCQSWDLSEMYQVTCEKEHKPLDIDYQNPQYQNDVNSMTMALQENITNCMISAEVSYRIQLLTLTKQLTNLAGNAWAQTLGGTRAGRNEYILLHEFSRNGFIVPDKEGNRSRAQKQRQNEENADAPVNSKKAKYQGGLVFEPEKGLHKNYVLVMDFNSLYPSIIQEFNICFTTVDRNKEDIDELPSVPPSEVDQGVLPRLLANLVDRRREVKKVMKTETDPHKRVQCDIRQQALKLTANSMYGCLGYVNSRFYAKPLAMLVTNKGREILMNTRQLAESMNLLVVYGDTNSVMIDTGCDNYADAIKIGLGFKRLVNERYRLLEIDIDNVFKKLLLHAKKKYAALTVNLDKNGNGTTVLEVKGLDMKRREFCPLSRDVSIHVLNTILSDKDPEEALQEVYDYLEDIRIKVETNNIRIDKYKINMKLSKDPKAYPGGKNMPAVQVALRMRKAGRVVKAGSVITFVITKQDEIDNAADTPALSVAERAHALNEVMIKSNNLIPDPQYYLEKQIFAPVERLLERIDSFNVVRLSEALGLDSKKYFRREGGNNNG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPAPGPCPGPTPGTPGPTPAPCPCPCPCPTPGPCPCPCPGPCPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	7627.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

TGAGCGTGTGTACCCCTGCCCGCCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(CPGPGPCPGPGPGPCPAPG)-D(PGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3929.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	E,F

CGGCGGGCAGGG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4fydA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	730 —

结构域编号 domain_id	4fydA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	4fydA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4fydA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — B family DNA polymerase, thumb domain

结构域编号 domain_id	4fydB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	730 —

结构域编号 domain_id	4fydB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	4fydB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4fydB05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — B family DNA polymerase, thumb domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.689 Å
晶胞边长 b length_b	145.686 Å
晶胞边长 c length_c	197.199 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.801 Å
R 因子 r_factor	0.2116
R_work r_work	0.2098
R_free r_free	0.2467

fit	/app/data/saxs_computation/fy/4fyd/4fyd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fy/4fyd/4fyd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fy/4fyd/4fyd.dat

Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA and dGTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)