4fzb

Structure of thymidylate synthase ThyX complexed to a new inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable thymidylate synthase

Paramecium bursaria Chlorella virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 2-hydroxy-3-(4-methoxybenzyl)naphthalene-1,4-dione × 4 DIMETHYL SULFOXIDE × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 2-hydroxy-3-(4-methoxybenzyl)naphthalene-1,4-dione × 4 DIMETHYL SULFOXIDE × 4 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 2-hydroxy-3-(4-methoxybenzyl)naphthalene-1,4-dione × 4 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 2-hydroxy-3-(4-methoxybenzyl)naphthalene-1,4-dione × 4 DIMETHYL SULFOXIDE × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THYX_PBCV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 B； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 C； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 D； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 E； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 F； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 G； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 H； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 I； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 J； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 K； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 L； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 M； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 N； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 O； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216 作者链 P； PDB构建体 7–221； UniProt 2–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4fzb
沉积日期 deposition_date	2012-07-06
结构标题 title	Structure of thymidylate synthase ThyX complexed to a new inhibitor
关键词 keywords	Homotetramer, FAD-dependent Thymidylate synthase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4fzb__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4fzb__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4fzb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.81 Å
Rg（电子密度）	27.18 Å
总 Rg	27.99 Å
原子数	6607
残基数	779
排除体积	117030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4fzb__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4fzb__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4fzb__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4fzb__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable thymidylate synthase
分子量 formula_weight	26212.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.148
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	26503

MASMTGSAKLISVTKPVVEGVNTAEELIAYAARVSNPENQINNKTASGLLKYCIRHKHWSIFETAFMTLELKTSRGIAAQVLRHRSFHFQEFSQRYASVMETPPPHQARFQDHKNRQNSLDTVPEDDQTWWATEQEKLYAQSMELYNKALEKGIAKECARFILPLSTPTTIYMSGTIRDWIHYIELRTSNGTQREHIDLANACKEIFIKEFPSIAKALDWVHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Paramecium bursaria Chlorella virus 1
通用名 common_name	PBCV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10506
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-hydroxy-3-(4-methoxybenzyl)naphthalene-1,4-dione
分子量 formula_weight	294.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id	4fzbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbN02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbO02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

结构域编号 domain_id	4fzbP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4fzbP02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3070 —

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晶胞边长 a length_a	69.975 Å
晶胞边长 b length_b	120.585 Å
晶胞边长 c length_c	128.249 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.65 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.18 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	34.210 Å
R 因子 r_factor	0.2132
R_work r_work	0.2106
R_free r_free	0.2613

Structure of thymidylate synthase ThyX complexed to a new inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable thymidylate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fzb__assembly_2__model_1

4fzb__assembly_2__model_1 | I(q)

4fzb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of thymidylate synthase ThyX complexed to a new inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable thymidylate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fzb__assembly_2__model_1

4fzb__assembly_2__model_1 | I(q)

4fzb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)