SAXSdb — 4g55

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clathrin heavy chain 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–364	片段：N-TERMINAL DOMAIN	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 ACT ACETATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 VH2 N-[5-[(4-BROMOPHENYL)METHYL]-4-HYDROXY-1,3-THIAZOL-2-YL]NAPHTHALENE-1-SULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.69 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4G55	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2XZG Clathrin Terminal Domain Complexed with Pitstop 1 提交 2010-11-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–364（364 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-364	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 VH1 2-(4-AMINOBENZYL)-1,3-DIOXO-2,3-DIHYDRO-1H-BENZO[DE]ISOQUINOLINE-5-SULFONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, PH 8.0.	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
6E4L The structure of the N-terminal domain of human clathrin heavy chain 1 (nTD) in complex with ES9 提交 2018-07-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–364（364 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 3 HRS 5-bromo-N-(4-nitrophenyl)thiophene-2-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
6QNN CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-E, REFSEQ RESIDUES 661-726, N-TERMINAL 'GPLG' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；20% PEG 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.03 Å R-free 0.284
6QNP CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-D, REFSEQ RESIDUES 653-719, N-TERMINAL 'GPLGS' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；12% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
6QNP CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-D, REFSEQ RESIDUES 653-719, N-TERMINAL 'GPLGS' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；12% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
6QNP CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-D, REFSEQ RESIDUES 653-719, N-TERMINAL 'GPLGS' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；12% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
6QNP CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-D, REFSEQ RESIDUES 653-719, N-TERMINAL 'GPLGS' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；12% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
7BN1 Clathrin heavy chain N-terminal domain complexed with peptide from Protein mu-NS of Reovirus type 1 提交 2021-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–364（364 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；30% PEG 550 MME; PEG 20K, 0.12M Monosaccharides (D-Glucose; D-Mannose; D-Galactose; L-Fucose; D-Xylose; N-Acetyl-D-Glucosamine) and 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH-7.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.215
7BN1 Clathrin heavy chain N-terminal domain complexed with peptide from Protein mu-NS of Reovirus type 1 提交 2021-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–364（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；30% PEG 550 MME; PEG 20K, 0.12M Monosaccharides (D-Glucose; D-Mannose; D-Galactose; L-Fucose; D-Xylose; N-Acetyl-D-Glucosamine) and 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH-7.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.215
7BN2 Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus 提交 2021-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 1–364（364 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；30% PEG 550 MME; PEG 20K and 0.1M NPS buffer system NaN03; Na2HPO4; (NH4)2SO4, pH-6.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.219
7BN2 Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus 提交 2021-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 BBB 1–364（364 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；30% PEG 550 MME; PEG 20K and 0.1M NPS buffer system NaN03; Na2HPO4; (NH4)2SO4, pH-6.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.219
7ZX4 Clathrin N-terminal domain in complex with a HURP phospho-peptide 提交 2022-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–364（364 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；50 mM Tris pH 7.5, 30 % PEG 6000	分辨率 2.08 Å R-free 0.249
7ZX4 Clathrin N-terminal domain in complex with a HURP phospho-peptide 提交 2022-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–364（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；50 mM Tris pH 7.5, 30 % PEG 6000	分辨率 2.08 Å R-free 0.249
9C0Y Clathrin terminal domain complexed with Pitstop 2c 提交 2024-05-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–364（364 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 2 A1ATR N-{(5Z)-4-oxo-5-[(2-phenoxyphenyl)methylidene]-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl}naphthalene-2-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature	分辨率 1.40 Å R-free 0.206
9C0Z Clathrin terminal domain complexed with pitstop 2d 提交 2024-05-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–364（363 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 A1ATQ ~{N}-[4-oxidanylidene-5-[(2-phenoxyphenyl)methylidene]-1,3-thiazol-2-yl]naphthalene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.51 Å R-free 0.186

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLH1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–369； UniProt 1–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4g55
沉积日期 deposition_date	2012-07-17
结构标题 title	Clathrin terminal domain complexed with pitstop 2
关键词 keywords	Beta-Propeller, Endocytosis; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.80 Å
零角强度 I(0) i0	29008000.00
分子量 molecular_weight	41580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52181 Å³
包络体积 envelope_volume	60912 Å³
水化壳体积 shell_volume	24061 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.74 Å
包络 Rg envelope_rg	20.95 Å
形状 Rg shape_rg	20.77 Å
总 Rg total_rg	21.79 Å
总原子数 total_atoms	2905
残基数 n_residues	358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.135
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.470
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8509000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Clathrin heavy chain 1
分子量 formula_weight	41061.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3378

GSPEFMAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVIALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDAKQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGNQPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNRKGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEELF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	N-[5-[(4-BROMOPHENYL)METHYL]-4-HYDROXY-1,3-THIAZOL-2-YL]NAPHTHALENE-1-SULFONAMIDE
分子量 formula_weight	475.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	407

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4g55a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.6 — Clathrin heavy-chain terminal domain
家族 Family family	b.69.6.1 — Clathrin heavy-chain terminal domain

结构域编号 domain_id	d4g55a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4g55a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4g55A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Clathrin heavy-chain terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.899 Å
晶胞边长 b length_b	74.019 Å
晶胞边长 c length_c	82.118 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	33.740 Å
R 因子 r_factor	0.1743
R_work r_work	0.1721
R_free r_free	0.2146

fit	/app/data/saxs_computation/g5/4g55/4g55.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g5/4g55/4g55.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g5/4g55/4g55.dat

Clathrin terminal domain complexed with pitstop 2