SAXSdb — 4g9p

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	IRON/SULFUR CLUSTER × 2 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 CHLORIDE ION × 4 POTASSIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ISPG_THET2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–406； UniProt 1–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4g9p
沉积日期 deposition_date	2012-07-24
结构标题 title	Structure of the GcpE-MEcPP (IspG) complex from Thermus thermophilus
关键词 keywords	Oxidoreductase, isoprenoid biosynthesis, non mevalonate pathway, iron-sulphur-cluster, TIM-barrel, MEcPP; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4g9p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4g9p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4g9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.88 Å
Rg（电子密度）	28.01 Å
总 Rg	28.69 Å
原子数	12730
残基数	810
排除体积	112980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4g9p__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
分子量 formula_weight	44281.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.7.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6938

MEGMRRPTPTVYVGRVPIGGAHPIAVQSMTNTPTRDVEATTAQVLELHRAGSEIVRLTVNDEEAAKAVPEIKRRLLAEGVEVPLVGDFHFNGHLLLRKYPKMAEALDKFRINPGTLGRGRHKDEHFAEMIRIAMDLGKPVRIGANWGSLDPALLTELMDRNASRPEPKSAHEVVLEALVESAVRAYEAALEMGLGEDKLVLSAKVSKARDLVWVYRELARRTQAPLHLGLTEAGMGVKGIVASAAALAPLLLEGIGDTIRVSLTPSPKEPRTKEVEVAQEILQALGLRAFAPEVTSCPGCGRTTSTFFQELAEEVSRRLKERLPEWRARYPGVEELKVAVMGCVVNGPGESKHAHIGISLPGAGEEPKAPVYADGKLLTILKGEGIAEEFLRLVEDYVKTRFAPKA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	278.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	455

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4g9pA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	4g9pA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	413 — Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	63.650 Å
晶胞边长 b length_b	63.650 Å
晶胞边长 c length_c	442.270 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	46.782 Å
R 因子 r_factor	0.1779
R_work r_work	0.1767
R_free r_free	0.2025

Structure of the GcpE-MEcPP (IspG) complex from Thermus thermophilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4g9p__assembly_1__model_1

4g9p__assembly_1__model_1 | I(q)

4g9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the GcpE-MEcPP (IspG) complex from Thermus thermophilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4g9p__assembly_1__model_1

4g9p__assembly_1__model_1 | I(q)

4g9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)