SAXSdb — 4gf3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative yopH targeting protein

Yersinia pestis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tyrosine-protein phosphatase yopH × 1 （P15273） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7BTX0_YERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

Tyrosine-protein phosphatase yopH

Yersinia enterocolitica

UniProt P15273

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative yopH targeting protein × 1 （Q7BTX0） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YOPH_YEREN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–43； UniProt 21–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gf3
沉积日期 deposition_date	2012-08-02
结构标题 title	Structure of a SycH-YopH Chaperone-Effector Complex
关键词 keywords	T3SS chaperone, Chaperone-Chaperone Effector complex; Chaperone/Chaperone Effector
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4gf3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4gf3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4gf3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.50 Å
Rg（电子密度）	15.15 Å
总 Rg	16.32 Å
原子数	1171
残基数	151
排除体积	20928 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4gf3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative yopH targeting protein
分子量 formula_weight	15779.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1357

MRTYSSLLEEFATELGLEEIETNELGHGAVTIDKIWVVHLAPINEKELVAFMRAGILTGQSQLYDILRKNLFSPLSGVIRCALDKDDHWLLWSQLNINDTSGTQLASVLTSLVDKAVTLSCEPTMKKEEDDHRPSSSHLLV

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pestis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	632

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase yopH
分子量 formula_weight	4499.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GDCTGKLRGNVAANKETTFQGLTIASGARESEKVFAQTVLSHV

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia enterocolitica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	630

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	186

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4gf3a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4gf3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	70.525 Å
晶胞边长 b length_b	70.525 Å
晶胞边长 c length_c	71.517 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	31.540 Å
R 因子 r_factor	0.1827
R_work r_work	0.1796
R_free r_free	0.2448

Structure of a SycH-YopH Chaperone-Effector Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative yopH targeting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tyrosine-protein phosphatase yopH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gf3__assembly_1__model_1

4gf3__assembly_1__model_1 | I(q)

4gf3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a SycH-YopH Chaperone-Effector Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative yopH targeting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tyrosine-protein phosphatase yopH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gf3__assembly_1__model_1

4gf3__assembly_1__model_1 | I(q)

4gf3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)