SAXSdb — 4gf9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidoglycan recognition protein 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	STEARIC ACID × 1 ;(R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE ; × 1 GLYCEROL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGRP1_CAMDR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–171； UniProt 23–193 作者链 B； PDB构建体 1–171； UniProt 23–193 作者链 C； PDB构建体 1–171； UniProt 23–193 作者链 D； PDB构建体 1–171； UniProt 23–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gf9
沉积日期 deposition_date	2012-08-03
结构标题 title	Structural insights into the dual strategy of recognition of peptidoglycan recognition protein, PGRP-S: ternary complex of PGRP-S with LPS and fatty acid
关键词 keywords	Peptidoglycan Binding, Immune response, secreted, antimicrobial, PGRP, Antibiotic, Antimicrobial Protein; ANTIBIOTIC, Antimicrobial Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4gf9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4gf9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4gf9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.84 Å
Rg（电子密度）	28.87 Å
总 Rg	29.56 Å
原子数	5418
残基数	684
排除体积	95101 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4gf9__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peptidoglycan recognition protein 1
分子量 formula_weight	19011.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5673

EDPPACGSIVPRREWRALASECRERLTRPVRYVVVSHTAGSHCDTPASCAQQAQNVQSYHVRNLGWCDVGYNFLIGEDGLVYEGRGWNIKGAHAGPTWNPISIGISFMGNYMNRVPPPRALRAAQNLLACGVALGALRSNYEVKGHRDVQPTLSPGDRLYEIIQTWSHYRA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	STEARIC ACID
分子量 formula_weight	284.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE ;
分子量 formula_weight	711.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	255

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4gf9a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family family	d.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

结构域编号 domain_id	d4gf9b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family family	d.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

结构域编号 domain_id	d4gf9c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family family	d.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

结构域编号 domain_id	d4gf9d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family family	d.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4gf9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

结构域编号 domain_id	4gf9B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

结构域编号 domain_id	4gf9C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

结构域编号 domain_id	4gf9D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

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晶胞边长 a length_a	89.620 Å
晶胞边长 b length_b	101.880 Å
晶胞边长 c length_c	163.313 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.010 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2650

Structural insights into the dual strategy of recognition of peptidoglycan recognition protein, PGRP-S: ternary complex of PGRP-S with LPS and fatty acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidoglycan recognition protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gf9__assembly_1__model_1

4gf9__assembly_1__model_1 | I(q)

4gf9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural insights into the dual strategy of recognition of peptidoglycan recognition protein, PGRP-S: ternary complex of PGRP-S with LPS and fatty acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidoglycan recognition protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gf9__assembly_1__model_1

4gf9__assembly_1__model_1 | I(q)

4gf9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)