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4gi3

Crystal structure of Greglin in complex with subtilisin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KerA

物种未注明

UniProt Q9FDF2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 37–310 未记录 Greglin × 1 （P85064） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.68M sodium citrate, 0.36M sodium formate, 0.066M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4GI3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4HX2 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with Bacillus licheniformis subtilisin 提交 2012-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 37–310（274 aa） 片段：Mature protease
链 C 37–310（274 aa） 片段：Mature protease
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 1AX (2R,2'R)-3,3'-oxydipropane-1,2-diol × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3 K POTASSIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M cacodylate, 0.2 M zinc acetate dihydrate, 10% (v/v) 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.217
6DWQ Subtilisin serine protease modified with the protease inhibitor cyanobenzylsulfonylfluoride 提交 2018-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 37–310（274 aa） 片段：residues 37-310
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 NO3 NITRATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；26% PEG 3350, 0.350 M NH4NO3
分辨率 1.27 Å R-free 0.148

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9FDF2_BACLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–275； UniProt 37–310

Greglin

物种未注明

UniProt P85064

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–83 未记录 KerA × 1 （Q9FDF2） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.68M sodium citrate, 0.36M sodium formate, 0.066M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPI_SCHGR
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gi3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gi3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gi3
沉积日期 deposition_date2012-08-08
结构标题 titleCrystal structure of Greglin in complex with subtilisin
关键词 keywordsKazal type inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.57 Å
零角强度 I(0) i020669100.00
分子量 molecular_weight33659.0 kDa
排除体积 excluded_volume41720 ų
包络体积 envelope_volume46540 ų
水化壳体积 shell_volume20653 ų
包络直径 envelope_diameter68.7 Å
壳层 Rg shell_rg25.38 Å
包络 Rg envelope_rg18.94 Å
形状 Rg shape_rg18.57 Å
总 Rg total_rg19.49 Å
总原子数 total_atoms2361
残基数 n_residues331
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.1 Å
Rg (实空间) rg_real19.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20670000.0000
解质量估计 total_estimate0.8473
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.3 Å
偏度 Skewness skewness0.262
峰度 Kurtosis kurtosis-0.182
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7134000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.676; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4gi3a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family familyc.41.1.1 — Subtilases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4gi3A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Peptidase S8/S53 domain
结构域编号 domain_id4gi3C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)