SAXSdb — 4gk5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase zeta catalytic subunit × 1 （O60673） DNA repair protein REV1 × 1 （Q9UBZ9） DNA polymerase kappa × 1 （Q9UBT6）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase zeta catalytic subunit × 1 （O60673） DNA repair protein REV1 × 1 （Q9UBZ9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MD2L2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–227； UniProt 1–211 作者链 B； PDB构建体 17–227； UniProt 1–211

DNA polymerase zeta catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt O60673

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 1 （Q9UI95） DNA repair protein REV1 × 1 （Q9UBZ9） DNA polymerase kappa × 1 （Q9UBT6）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 1 （Q9UI95） DNA repair protein REV1 × 1 （Q9UBZ9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLZ_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–52； UniProt 1847–1898 作者链 D； PDB构建体 1–52； UniProt 1847–1898

DNA repair protein REV1

Homo sapiens

UniProt Q9UBZ9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 1 （Q9UI95） DNA polymerase zeta catalytic subunit × 1 （O60673） DNA polymerase kappa × 1 （Q9UBT6）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 1 （Q9UI95） DNA polymerase zeta catalytic subunit × 1 （O60673）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	REV1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–136； UniProt 1117–1251 作者链 F； PDB构建体 2–136； UniProt 1117–1251

DNA polymerase kappa

物种未注明

UniProt Q9UBT6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 1 （Q9UI95） DNA polymerase zeta catalytic subunit × 1 （O60673） DNA repair protein REV1 × 1 （Q9UBZ9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–10； UniProt 564–573

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gk5
沉积日期 deposition_date	2012-08-10
结构标题 title	Crystal structure of human Rev3-Rev7-Rev1-Polkappa complex
关键词 keywords	;translesion polymerases complex, four-helix bundle, beta-hairpin domain, anti-parallel sheets, translesion DNA synthesis, polymerase switch, none, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4gk5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4gk5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4gk5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.25 Å
Rg（电子密度）	21.26 Å
总 Rg	22.16 Å
原子数	2605
残基数	322
排除体积	47163 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4gk5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4gk5__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
分子量 formula_weight	26960.0 kDa
突变 mutation	R124A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5058

MGSSHHHHHHSQDPNSMTTLTRQDLNFGQVVADVLCEFLEVAVHLILYVREVYPVGIFQKRKKYNVPVQMSCHPELNQYIQDTLHCVKPLLEKNDVEKVVVVILDKEHRPVEKFVFEITQPPLLSISSDSLLSHVEQLLAAFILKISVCDAVLDHNPPGCTFTVLVHTREAATRNMEKIQVIKDFPWILADEQDVHMHDPRLIPLKTMTSDILKMQLYVEERAHKGSGSGSGSGSGSH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase zeta catalytic subunit
分子量 formula_weight	5632.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MLTPTPDSSPRSTSSPSQSKNGSFTPRTANILKPLMSPPSREEIMATLLDHD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA repair protein REV1
分子量 formula_weight	15179.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MLKHEGPPAEKPLEELSASTSGVPGLSSLQSDPAGCVRPPAPNLAGAVEFNDVKTLLREWITTISDPMEEDILQVVKYCTDLIEEKDLEKLDLVIKYMKRLMQQSVESVWNMAFDFILDNVQVVLQQTYGSTLKVT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA polymerase kappa
分子量 formula_weight	1275.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

KKSFFDKKRS

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4gk5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	4gk5B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	4gk5E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 — DNA repair protein Rev1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4gk5F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1280 — DNA repair protein Rev1, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	119.998 Å
晶胞边长 b length_b	72.762 Å
晶胞边长 c length_c	104.653 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.210 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2341
R_work r_work	0.2315
R_free r_free	0.2810

Crystal structure of human Rev3-Rev7-Rev1-Polkappa complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase zeta catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA repair protein REV1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase kappa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gk5__assembly_1__model_1

4gk5__assembly_1__model_1 | I(q)

4gk5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human Rev3-Rev7-Rev1-Polkappa complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase zeta catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair protein REV1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase kappa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gk5__assembly_1__model_1

4gk5__assembly_1__model_1 | I(q)

4gk5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)