SAXSdb — 4goo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA adenine methylase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][2-(1-benzothiophen-3-yl)ethyl]amino}-5'-deoxyadenosine × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][2-(1-benzothiophen-3-yl)ethyl]amino}-5'-deoxyadenosine × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][2-(1-benzothiophen-3-yl)ethyl]amino}-5'-deoxyadenosine × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][2-(1-benzothiophen-3-yl)ethyl]amino}-5'-deoxyadenosine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DMA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 E； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 F； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4goo
沉积日期 deposition_date	2012-08-20
结构标题 title	Crystal Structure of E. coli DNA Adenine Methyltransferase in Complex with Benzothiophene Aza-SAM
关键词 keywords	Transferase, methylation; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4goo__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4goo__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4goo__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.94 Å
Rg（电子密度）	18.85 Å
总 Rg	19.93 Å
原子数	2053
残基数	244
排除体积	36419 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4goo__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4goo__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4goo__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4goo__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA adenine methylase
分子量 formula_weight	32143.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F
原子数 atom_count	6154

MKKNRAFLKWAGGKYPLLDDIKRHLPKGECLVEPFVGAGSVFLNTDFSRYILADINSDLISLYNIVKMRTDEYVQAARELFVPETNCAEVYYQFREEFNKSQDPFRRAVLFLYLNRYGYNGLCRYNLRGEFNVPFGRYKKPYFPEAELYHFAEKAQNAFFYCESYADSMARADDASVVYCDPPYAPLSATANFTAYHTNSFTLEQQAHLAEIAEGLVERHIPVLISNHDTMLTREWYQRAKLHVVKVRRSISSNGGTRKKVDELLALYKPGVVSPAKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][2-(1-benzothiophen-3-yl)ethyl]amino}-5'-deoxyadenosine
分子量 formula_weight	527.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4good_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

结构域编号 domain_id	d4gooe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

结构域编号 domain_id	d4goof_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.28 — N6 adenine-specific DNA methylase, DAM

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4gooD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	4gooD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

结构域编号 domain_id	4gooE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	4gooE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

结构域编号 domain_id	4gooF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	4gooF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1020 — Adenine-specific Methyltransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2

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晶胞边长 a length_a	161.460 Å
晶胞边长 b length_b	161.460 Å
晶胞边长 c length_c	95.214 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.060 Å
R 因子 r_factor	0.2124
R_work r_work	0.2109
R_free r_free	0.2414

Crystal Structure of E. coli DNA Adenine Methyltransferase in Complex with Benzothiophene Aza-SAM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA adenine methylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4goo__assembly_3__model_1

4goo__assembly_3__model_1 | I(q)

4goo__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of E. coli DNA Adenine Methyltransferase in Complex with Benzothiophene Aza-SAM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA adenine methylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4goo__assembly_3__model_1

4goo__assembly_3__model_1 | I(q)

4goo__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)