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4gt0

Structure of dengue virus serotype 1 sE containing stem to residue 421

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 149.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

Dengue virus 1

UniProt P17763

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 281–701 片段：sE(421), UNP residues 281-701 突变：W101H NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CD CADMIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.57 Å R-free 0.210
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 281–701 片段：sE(421), UNP residues 281-701 突变：W101H NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CD CADMIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.57 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4GT0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3L6P Crystal Structure of Dengue Virus 1 NS2B/NS3 protease 提交 2009-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1476–1661（186 aa） 片段：NS2B residues 1394-1440, NS3 PROTEASE residues 1476-1661
突变：deletion NS3 PROTEASE, residues 1486-1495 NI NICKEL (II) ION × 6 CD CADMIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；0.1M HEPES pH 7.5, 12% PEG 3350 and 0.005M each of NiCl2, CdCl2, MgCl2 and CoCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.284
3L6P Crystal Structure of Dengue Virus 1 NS2B/NS3 protease 提交 2009-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1476–1661（186 aa） 片段：NS2B residues 1394-1440, NS3 PROTEASE residues 1476-1661
突变：deletion NS3 PROTEASE, residues 1486-1495 NI NICKEL (II) ION × 12 CD CADMIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；0.1M HEPES pH 7.5, 12% PEG 3350 and 0.005M each of NiCl2, CdCl2, MgCl2 and CoCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.284
3LKW Crystal Structure of Dengue Virus 1 NS2B/NS3 protease active site mutant 提交 2010-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1476–1661（186 aa） 片段：NS2B residues 1394-1440, NS3 PROTEASE residues 1476-1661
突变：deletion NS3 PROTEASE, residues 1486-1495 CL CHLORIDE ION × 2 CD CADMIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 3350, 0.005M each NiCl2, CdCl2, MgCl2, CoCl2, 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.249
3LKW Crystal Structure of Dengue Virus 1 NS2B/NS3 protease active site mutant 提交 2010-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1476–1661（186 aa） 片段：NS2B residues 1394-1440, NS3 PROTEASE residues 1476-1661
突变：deletion NS3 PROTEASE, residues 1486-1495 CL CHLORIDE ION × 4 CD CADMIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 3350, 0.005M each NiCl2, CdCl2, MgCl2, CoCl2, 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.249
4FFZ Crystal Structure of DENV1-E111 fab fragment bound to DENV-1 DIII (Western Pacific-74 strain). 提交 2012-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 573–679（107 aa） 片段：UNP residues 573-679
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20% PEG 6000, 0.1M MES, 1% glycerol., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.80 Å R-free 0.278
4FFZ Crystal Structure of DENV1-E111 fab fragment bound to DENV-1 DIII (Western Pacific-74 strain). 提交 2012-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 573–679（107 aa） 片段：UNP residues 573-679
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20% PEG 6000, 0.1M MES, 1% glycerol., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.80 Å R-free 0.278
4GSX High resolution structure of dengue virus serotype 1 sE containing stem 提交 2012-08-28 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 281–691（411 aa） 片段：UNP residues 281-691
突变：W101H NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CD CADMIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.186
4GSX High resolution structure of dengue virus serotype 1 sE containing stem 提交 2012-08-28 构建体不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 281–691（411 aa） 片段：UNP residues 281-691
突变：W101H NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CD CADMIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.186
4OIG Dengue Virus Non-structural Protein NS1 提交 2014-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 947–1127（181 aa） 片段：UNP residues 947-1127
链 B 947–1127（181 aa） 片段：UNP residues 947-1127
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12mg/mL in 20% PEG 4K, 0.2 M magnesium sulfate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.69 Å R-free 0.268
4OIG Dengue Virus Non-structural Protein NS1 提交 2014-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 947–1127（181 aa） 片段：UNP residues 947-1127
链 E 947–1127（181 aa） 片段：UNP residues 947-1127
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12mg/mL in 20% PEG 4K, 0.2 M magnesium sulfate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.69 Å R-free 0.268
5VIC Crystal structure of anti-Zika antibody Z004 bound to DENV-1 Envelope protein DIII 提交 2017-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 578–676（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 30% w/v PEG 1500
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
8VPR Crystal structure of mouse Importin alpha in complex with Dengue 1 NS5 central NLS peptide 提交 2024-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2875–2890（16 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；0.75 M sodium citrate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.70 Å R-free 0.242

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_DEN1W
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 17–437； UniProt 281–701 作者链 B； PDB构建体 17–437； UniProt 281–701

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gt0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gt0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gt0
沉积日期 deposition_date2012-08-28
结构标题 titleStructure of dengue virus serotype 1 sE containing stem to residue 421
关键词 keywordsViral fusion protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.07 Å
零角强度 I(0) i0113470000.00
分子量 molecular_weight85732.0 kDa
排除体积 excluded_volume107190 ų
包络体积 envelope_volume155460 ų
水化壳体积 shell_volume34020 ų
包络直径 envelope_diameter153.8 Å
壳层 Rg shell_rg41.41 Å
包络 Rg envelope_rg41.60 Å
形状 Rg shape_rg42.02 Å
总 Rg total_rg42.22 Å
总原子数 total_atoms5977
残基数 n_residues780
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax149.9 Å
Rg (实空间) rg_real42.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.26 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal113400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7993
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.5 Å
偏度 Skewness skewness0.582
峰度 Kurtosis kurtosis-0.324
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6687000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.658; Smooth: 0.750
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4gt0a1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.10 — Viral glycoprotein, central and dimerisation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.10.1 — Viral glycoprotein, central and dimerisation domains
家族 Family familyf.10.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4gt0a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4gt0b1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.10 — Viral glycoprotein, central and dimerisation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.10.1 — Viral glycoprotein, central and dimerisation domains
家族 Family familyf.10.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4gt0b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4gt0A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1
结构域编号 domain_id4gt0A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2
结构域编号 domain_id4gt0A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3
结构域编号 domain_id4gt0A04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 —
结构域编号 domain_id4gt0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1
结构域编号 domain_id4gt0B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2
结构域编号 domain_id4gt0B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3
结构域编号 domain_id4gt0B04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)