4gvc

Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with phosphorylated Syndecan1 Peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 47.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1

Homo sapiens

UniProt Q13009

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 841–930 片段:PDZ domain (UNP residues 841-930) Syndecan-1 × 1 (P18827) CL CHLORIDE ION × 2 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;291 K;0.1 M sodium acetate, 25% PEG4000, 8% isopropanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.54 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIAM1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–94; UniProt 841–930

Syndecan-1

物种未注明

UniProt P18827

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 303–310 片段:UNP residues 303-310 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1 × 1 (Q13009) CL CHLORIDE ION × 2 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;291 K;0.1 M sodium acetate, 25% PEG4000, 8% isopropanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.54 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–8; UniProt 303–310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gvc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gvc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gvc
沉积日期 deposition_date2012-08-30
结构标题 titleCrystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with phosphorylated Syndecan1 Peptide
关键词 keywords;phosphorylation, peptide conformational change, new binding pocket, scaffold signaling protein for cell adhesion and cell junction, syndecan1 P1 Tyr phosphorylation, sydencan1 N-terminal Thr dansylation, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.52
零角强度 I(0) i02889060.00
分子量 molecular_weight11546.0 kDa
排除体积 excluded_volume14353 ų
包络体积 envelope_volume17035 ų
水化壳体积 shell_volume10961 ų
包络直径 envelope_diameter47.9
壳层 Rg shell_rg19.01
包络 Rg envelope_rg13.95
形状 Rg shape_rg13.45
总 Rg total_rg14.91
总原子数 total_atoms806
残基数 n_residues101
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.1
Rg (实空间) rg_real14.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real2.8890e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9600e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2889000.0000
解质量估计 total_estimate0.8138
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.1
偏度 Skewness skewness0.166
峰度 Kurtosis kurtosis-0.279
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha435800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4gvcA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)