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4gz8

Mouse Semaphorin 3A, domains Sema-PSI-IG

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Semaphorin-3A

Mus musculus

UniProt O08665

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–569 链 B； UniProt 21–569 片段：UNP RESIDUES 21-675 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M sodium cacodylate, 0.1M calcium acetate, 12% w/v PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4GZ8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1Q47 Structure of the Semaphorin 3A Receptor-Binding Module 提交 2003-08-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–520（495 aa） 片段：Sema-3A 65k (residues 26-520)
链 B 26–520（495 aa） 片段：Sema-3A 65k (residues 26-520)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；Tris, PEG 8000, heptyl-beta-D thioglucoside, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.294
4GZA Complex of mouse Plexin A2 - Semaphorin 3A - Neuropilin-1 提交 2012-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 21–555（535 aa） 片段：UNP RESIDUES 21-555
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, 1% v/v ethyl acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, 8% v/v acetonitrile , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 7.00 Å R-free 0.285
7M0R Cryo-EM structure of the Sema3A/PlexinA4/Neuropilin 1 complex 提交 2021-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 21–569（549 aa）
链 D 21–569（549 aa）
突变：A106K,551ARTRA555,731AAQAA735,758ANRA761 突变：A106K,551ARTRA555,731AAQAA735,758ANRA761 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEM3A_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–552； UniProt 21–569 作者链 B； PDB构建体 4–552； UniProt 21–569

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gz8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gz8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gz8
沉积日期 deposition_date2012-09-06
结构标题 titleMouse Semaphorin 3A, domains Sema-PSI-IG
关键词 keywordssema, multi-domain, cell-cell signaling, plexin, glycosilated, extracellular, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.37 Å
零角强度 I(0) i0252762000.00
分子量 molecular_weight126260.0 kDa
排除体积 excluded_volume156840 ų
包络体积 envelope_volume207420 ų
水化壳体积 shell_volume48133 ų
包络直径 envelope_diameter116.1 Å
壳层 Rg shell_rg42.52 Å
包络 Rg envelope_rg35.03 Å
形状 Rg shape_rg35.39 Å
总 Rg total_rg35.81 Å
总原子数 total_atoms8886
残基数 n_residues1112
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.1 Å
Rg (实空间) rg_real36.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal252800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9073
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.5 Å
偏度 Skewness skewness0.177
峰度 Kurtosis kurtosis-0.641
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35020000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.913
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4gz8A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4gz8A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1680 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
结构域编号 domain_id4gz8B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id4gz8B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1680 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)