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4h1m

Crystal structure of PYK2 with the indole 10c

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-tyrosine kinase 2-beta

Homo sapiens

UniProt Q14289

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 416–692 片段：protein kinase domain (UNP residues 416-692) 0YJ 7-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-N-(propan-2-yl)-1H-indole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M magnesium chloride, 20-27% PEG3350, 1 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K 分辨率 1.99 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 4H1M Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LK4 Structural and mechanistic insights into the interaction between PAT Pyk2 and Paxillin LD motif 提交 2011-10-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 871–1005（135 aa） 片段：Focal adhesion targeting (FAT) region residues 871-1005
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.2；305 K；离子强度（mmCIF原始值）7；压力 ambient
NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MES, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3CC6 Crystal structure of kinase domain of protein tyrosine kinase 2 beta (PTK2B) 提交 2008-02-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 414–692（279 aa） 片段：Kinase domain: Residues 414-692
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.05M Magnesium chloride, 0.1M Bis-tris, 17.5% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.219
3ET7 Crystal structure of PYK2 complexed with PF-2318841 提交 2008-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa）
未记录 349 5-{[4-{[2-(pyrrolidin-1-ylsulfonyl)benzyl]amino}-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino}-1,3-dihydro-2H-indol-2-one × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION
分辨率 2.70 Å R-free 0.328
3FZO Crystal Structure of PYK2-Apo, Proline-rich Tyrosine Kinase 提交 2009-01-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa） 片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.265
3FZP Crystal structure of PYK2 complexed with ATPgS 提交 2009-01-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa） 片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Citrate, 0.5-1.5M Lithium Sulfate, 0.2-0.4M Ammonium Sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.239
3FZR Crystal structure of PYK2 complexed with PF-431396 提交 2009-01-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa） 片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain
未记录 3JZ N-methyl-N-{2-[({2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl}amino)methyl]phenyl}methanesulfonamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；297 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.70 Å R-free 0.274
3FZS Crystal Structure of PYK2 complexed with BIRB796 提交 2009-01-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa） 片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain
未记录 B96 1-(5-TERT-BUTYL-2-P-TOLYL-2H-PYRAZOL-3-YL)-3-[4-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHOXY)-NAPHTHALEN-1-YL]-UREA × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCls, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.75 Å R-free 0.224
3FZT Crystal structure of PYK2 complexed with PF-4618433 提交 2009-01-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa） 片段：UNP residues 416-692, Protein kinase domain
未记录 4JZ 1-[5-tert-butyl-2-(4-methylphenyl)-1,2-dihydro-3H-pyrazol-3-ylidene]-3-{3-[(pyridin-3-yloxy)methyl]-1H-pyrazol-5-yl}urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.95 Å R-free 0.242
3GM1 Crystal Structure of the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of Pyk2 in Complex with Paxillin LD4 Motif-Derived Peptides 提交 2009-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 861–1009（149 aa） 片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain, UNP residues 861-1009
突变：C899A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；4.1 M NaCl, 100 mM HEPES, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.290
3GM1 Crystal Structure of the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of Pyk2 in Complex with Paxillin LD4 Motif-Derived Peptides 提交 2009-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 861–1009（149 aa） 片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain, UNP residues 861-1009
突变：C899A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；4.1 M NaCl, 100 mM HEPES, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.290
3GM2 Crystal Structure of the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of Pyk2 提交 2009-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 861–1009（149 aa） 片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain, UNP residues 861-1009
突变：C899A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；298 K；3.4 M NaCl, 100 mM HEPES, 1% glycerol, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.71 Å R-free 0.295
3GM3 Crystal Structure of the Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain of Pyk2 提交 2009-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 861–1009（149 aa） 片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) Domain, UNP residues 861-1009
突变：C899A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 8000, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.289
3H3C Crystal structure of PYK2 in complex with Sulfoximine-substituted trifluoromethylpyrimidine analog 提交 2009-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 P1E 4-{[4-{[(1R,2R)-2-(dimethylamino)cyclopentyl]amino}-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino}-N-methylbenzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.2M MgCl2, 20-27% PEG3350, 1mM TCEP, 0.1M bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.273
3U3F Structural basis for the interaction of Pyk2 PAT domain with paxillin LD motifs 提交 2011-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 871–1005（135 aa） 片段：unp residues 871-1005
突变：C899S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein-LD4 peptide mixture (20mM Mes, pH6.2, 1mM protein, 2 mM peptide) and 2 ul ML (100 mM MES pH6.3, 4.2 M NaCl, 2%(v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.2K
分辨率 3.10 Å R-free 0.266
3U3F Structural basis for the interaction of Pyk2 PAT domain with paxillin LD motifs 提交 2011-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 871–1005（135 aa） 片段：unp residues 871-1005
突变：C899S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein-LD4 peptide mixture (20mM Mes, pH6.2, 1mM protein, 2 mM peptide) and 2 ul ML (100 mM MES pH6.3, 4.2 M NaCl, 2%(v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.2K
分辨率 3.10 Å R-free 0.266
3U3F Structural basis for the interaction of Pyk2 PAT domain with paxillin LD motifs 提交 2011-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 871–1005（135 aa） 片段：unp residues 871-1005
突变：C899S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein-LD4 peptide mixture (20mM Mes, pH6.2, 1mM protein, 2 mM peptide) and 2 ul ML (100 mM MES pH6.3, 4.2 M NaCl, 2%(v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.2K
分辨率 3.10 Å R-free 0.266
3U3F Structural basis for the interaction of Pyk2 PAT domain with paxillin LD motifs 提交 2011-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 871–1005（135 aa） 片段：unp residues 871-1005
突变：C899S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein-LD4 peptide mixture (20mM Mes, pH6.2, 1mM protein, 2 mM peptide) and 2 ul ML (100 mM MES pH6.3, 4.2 M NaCl, 2%(v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.2K
分辨率 3.10 Å R-free 0.266
4EKU Crystal Structure of FERM Domain of Proline-rich Tyrosine Kinase 2 提交 2012-04-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–409（389 aa） 片段：UNP residues 21-409
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；1 M AMMONIUM CITRATE TRIBASIC, pH 7.0, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.25 Å R-free 0.212
4EKU Crystal Structure of FERM Domain of Proline-rich Tyrosine Kinase 2 提交 2012-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–409（389 aa） 片段：UNP residues 21-409
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；1 M AMMONIUM CITRATE TRIBASIC, pH 7.0, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.25 Å R-free 0.212
4H1J Crystal structure of PYK2 with the pyrazole 13a 提交 2012-09-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 416-692)
未记录 0YH 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(4-methoxy-2-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M magnesium chloride, 20-27% PEG3350, 1 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.209
4R32 Crystal Structure Analysis of Pyk2 and Paxillin LD motifs 提交 2014-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 871–1005（135 aa） 片段：Focal Adhesion Targeting (FAT) domain (UNP residues 871-1005)
突变：C899S, C972A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；THE WELL SOLUTION CONTAINED 100 mM TRIS, 2.0 M AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC. THE 4 UL DROP CONTAINED 2 uL OF WELL SOLUTION PLUS 2 uL MIXTURE OF PYK2 AND LD2 IN 20 MM MES, PH 6.0, AT 1 mM PROTEIN TO 2 mM PEPTIDE RATIO , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.240
4XEF Pyk2-FAT complexed with Leupaxin LD motif LD1 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 871–1005（135 aa） 片段：FAT domain (UNP residues 871-1005)
突变：C899S, C972A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；400 nl drop contained 200 nl protein/LD1 peptide mixture (20 mM MES, pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 200 nl well solution (100 mM Tris, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, and 30% PEG 4000).
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4XEF Pyk2-FAT complexed with Leupaxin LD motif LD1 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 871–1005（135 aa） 片段：FAT domain (UNP residues 871-1005)
突变：C899S, C972A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；400 nl drop contained 200 nl protein/LD1 peptide mixture (20 mM MES, pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 200 nl well solution (100 mM Tris, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, and 30% PEG 4000).
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4XEK Pyk2-FAT domain in complex with leupaxin LD4 motif 提交 2014-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 871–1005（135 aa） 片段：FAT domain (UNP residues 871-1005)
突变：C899S, C972A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291.2 K；4 ul drop contained 2 ul protein/LD4 peptide mixture (20 mM MES, pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 2 ul well solution (100 mM Tris pH 9.0 and 45 % PEG 600)
分辨率 1.79 Å R-free 0.231
4XEV Fusion of Pyk2-FAT domain with Leupaxin LD1 motif, complexed with Leupaxin LD4 peptide 提交 2014-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 871–1005（135 aa）
突变：C899S, C972A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein/LD4 peptide mixture (20 mM MES pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 2 ul well solution (100 mM MES pH 6.5 and 25 % PEG 3000).
分辨率 2.01 Å R-free 0.250
4XEV Fusion of Pyk2-FAT domain with Leupaxin LD1 motif, complexed with Leupaxin LD4 peptide 提交 2014-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 871–1005（135 aa）
突变：C899S, C972A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.2 K；The 4 ul drop contained 2 ul protein/LD4 peptide mixture (20 mM MES pH 6.2, 1 mM protein, and 2 mM peptide) and 2 ul well solution (100 mM MES pH 6.5 and 25 % PEG 3000).
分辨率 2.01 Å R-free 0.250
5TO8 Selectivity switch between FAK and Pyk2: Macrocyclization of FAK inhibitors improves Pyk2 potency 提交 2016-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 414–692（279 aa） 片段：UNP Residues 414-692
未记录 7FM 25-(methylsulfonyl)-8-(trifluoromethyl)-5,17,18,21,22,23,24,25-octahydro-12H-7,11-(azeno)-16,13-(metheno)pyrido[3,2-i]pyrrolo[1,2-q][1,3,7,11,17]pentaazacyclohenicosin-20(6H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；19% PEG1000, 100 mM LiSulfate, 50 mM Disodium hydrogen phosphate, 50 mM Citric Acid
分辨率 1.98 Å R-free 0.235
5TOB Selectivity switch between FAK and Pyk2: Macrocyclization of FAK inhibitors improves Pyk2 potency 提交 2016-10-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 414–692（279 aa） 片段：UNP Residues 414-692
未记录 YAM N-methyl-N-{3-[({2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl}amino)methyl]pyridin-2-yl}methanesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 100 mM MgCl2
分辨率 2.12 Å R-free 0.262
6LF3 3D domain-swapped dimer of the maltose-binding protein fused to a fragment of the protein-tyrosine kinase 2-beta 提交 2019-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 790–839（50 aa）
链 B 790–839（50 aa）
突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；298 K；30% (v/v) PEG 400, 0.1M CAPS/Sodium hydroxide
分辨率 3.20 Å R-free 0.284
6LF3 3D domain-swapped dimer of the maltose-binding protein fused to a fragment of the protein-tyrosine kinase 2-beta 提交 2019-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 790–839（50 aa）
链 D 790–839（50 aa）
突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；298 K；30% (v/v) PEG 400, 0.1M CAPS/Sodium hydroxide
分辨率 3.20 Å R-free 0.284
6LF3 3D domain-swapped dimer of the maltose-binding protein fused to a fragment of the protein-tyrosine kinase 2-beta 提交 2019-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 790–839（50 aa）
链 F 790–839（50 aa）
突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 突变：surface entropy reduction mutant, D83A,K84A,E173A,N174A,K240A,E360A,K363A,D364A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；298 K；30% (v/v) PEG 400, 0.1M CAPS/Sodium hydroxide
分辨率 3.20 Å R-free 0.284
8XOX The Crystal Structure of FAK2 from Biortus. 提交 2024-01-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa）
未记录 YAM N-methyl-N-{3-[({2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl}amino)methyl]pyridin-2-yl}methanesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M LiCl2, 0.1M Tris pH8.0, 20% PEG 6000
分辨率 1.90 Å R-free 0.230
8YGX Structure of the PYK2 from Biortus. 提交 2024-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–692（277 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH5.5-5.9, 19-29% PEG3,350,1mM TCEP
分辨率 2.00 Å R-free 0.270

共 24 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FAK2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 17–293； UniProt 416–692

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4h1m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4h1m
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4h1m
沉积日期 deposition_date2012-09-10
结构标题 titleCrystal structure of PYK2 with the indole 10c
关键词 keywordskinase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.27 Å
零角强度 I(0) i028114000.00
分子量 molecular_weight27870.0 kDa
排除体积 excluded_volume27299 ų
包络体积 envelope_volume44332 ų
水化壳体积 shell_volume19358 ų
包络直径 envelope_diameter65.4 Å
壳层 Rg shell_rg25.41 Å
包络 Rg envelope_rg19.57 Å
形状 Rg shape_rg19.26 Å
总 Rg total_rg19.95 Å
总原子数 total_atoms2108
残基数 n_residues256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.7 Å
Rg (实空间) rg_real20.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28110000.0000
解质量估计 total_estimate0.7618
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1 Å
偏度 Skewness skewness0.280
峰度 Kurtosis kurtosis-0.428
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha7322000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.406; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4h1ma_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4h1mA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4h1mA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)