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4h3k

Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA polymerase II CTD peptide phosphorylated at Ser-2, Ser-5 and Ser-7

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Symplekin

Homo sapiens

UniProt Q92797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 30–360 片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72 × 1 （Q9NP77） PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 30–360 片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72 × 1 （Q9NP77） Hexapeptide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 30–360 片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72 × 1 （Q9NP77） PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 30–360 片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72 × 1 （Q9NP77） Hexapeptide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4H3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3O2Q Crystal structure of the human symplekin-Ssu72-CTD phosphopeptide complex 提交 2010-07-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 30–360（331 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3O2Q Crystal structure of the human symplekin-Ssu72-CTD phosphopeptide complex 提交 2010-07-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 30–360（331 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3O2S Crystal structure of the human symplekin-Ssu72 complex 提交 2010-07-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 30–360（331 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.32M ammonium sulfate, 26% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
3O2T Crystal structure of the N-terminal domain of human Symplekin 提交 2010-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 30–395（366 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50mM Bis-Tris, 40mM ammonium sulfate, 40% (v/v) pentaerythritol ethoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.40 Å R-free 0.192
3ODR Crystal Structure of the N-terminal Domain of Human Symplekin 提交 2010-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–395（395 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50MM BIS-TRIS, 40MM AMMONIUM SULFATE, 40% (V/V) PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.229
3ODS Crystal structure of the K185A mutant of the N-terminal domain of human Symplekin 提交 2010-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–395（395 aa） 片段：N-terminal domain
突变：K185A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50MM BIS-TRIS, 40MM AMMONIUM SULFATE, 40% (V/V) PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.231
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 30–360（331 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 30–360（331 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 30–360（331 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 30–360（331 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6V4X Cryo-EM structure of an active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery at 3.2 Angstrom resolution 提交 2019-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 J 30–1101（1072 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9N96 CRYO-EM STRUCTURE OF human U7 SM RING IN COMPLEX WITH SYMPLEKIN N-TERMINAL DOMAIN 提交 2025-02-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 30–1101（1072 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9NB1 CRYO-EM STRUCTURE OF human U7 SNRNP WITH MUTANT LSM11 that disrupts contacts with CPSF73 提交 2025-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 J 30–1101（1072 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.85 Å
9NGO CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (FOCUS MAP) 提交 2025-02-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 30–1101（1072 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9NH5 CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (core region) 提交 2025-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 J 30–1101（1072 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
9NH6 CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (COMPOSITE MAP) 提交 2025-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 J 30–1101（1072 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å

共 12 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYMPK_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–351； UniProt 30–360 作者链 D； PDB构建体 21–351； UniProt 30–360

RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72

Homo sapiens

UniProt Q9NP77

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–194 突变：C12S Symplekin × 1 （Q92797） PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–194 突变：C12S Symplekin × 1 （Q92797） Hexapeptide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–194 突变：C12S Symplekin × 1 （Q92797） PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–194 突变：C12S Symplekin × 1 （Q92797） Hexapeptide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4H3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3O2Q Crystal structure of the human symplekin-Ssu72-CTD phosphopeptide complex 提交 2010-07-22 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–194（194 aa）
突变：C12S PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3O2Q Crystal structure of the human symplekin-Ssu72-CTD phosphopeptide complex 提交 2010-07-22 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–194（194 aa）
突变：C12S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3O2S Crystal structure of the human symplekin-Ssu72 complex 提交 2010-07-22 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–194（194 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.32M ammonium sulfate, 26% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–194（194 aa）
突变：C12S PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–194（194 aa）
突变：C12S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–194（194 aa）
突变：C12S PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–194（194 aa）
突变：C12S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SSU72_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 21–214； UniProt 1–194 作者链 E； PDB构建体 21–214； UniProt 1–194

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4h3k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4h3k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4h3k
沉积日期 deposition_date2012-09-13
结构标题 titleCrystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA polymerase II CTD peptide phosphorylated at Ser-2, Ser-5 and Ser-7
关键词 keywordsHeat repeat, phosphatase, RNA polymerase II, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.53 Å
零角强度 I(0) i0205657000.00
分子量 molecular_weight116030.0 kDa
排除体积 excluded_volume145360 ų
包络体积 envelope_volume193710 ų
水化壳体积 shell_volume42845 ų
包络直径 envelope_diameter142.9 Å
壳层 Rg shell_rg42.96 Å
包络 Rg envelope_rg38.37 Å
形状 Rg shape_rg38.52 Å
总 Rg total_rg38.81 Å
总原子数 total_atoms8134
残基数 n_residues1011
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.8 Å
Rg (实空间) rg_real38.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal205600000.0000
解质量估计 total_estimate0.5935
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.7 Å
偏度 Skewness skewness0.307
峰度 Kurtosis kurtosis-0.547
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19200000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.035; Positv: 1.000; Valcen: 0.932; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4h3kA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id4h3kB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4h3kB02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily550 —
结构域编号 domain_id4h3kD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id4h3kE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id4h3kE02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily550 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)