SAXSdb — 4h63

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （O94646） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （Q9P6Q0） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P87306） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （O14198） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （O14010）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED6_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 4–183； UniProt 1–180

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

Schizosaccharomyces pombe

UniProt O94646

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （Q9US45） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （Q9P6Q0） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P87306） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （O14198） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （O14010）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED8_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

Schizosaccharomyces pombe

UniProt Q9P6Q0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （Q9US45） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （O94646） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P87306） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （O14198） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （O14010）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED11_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

Schizosaccharomyces pombe

UniProt P87306

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （Q9US45） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （O94646） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （Q9P6Q0） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （O14198） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （O14010）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED17_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 2–469； UniProt 78–545

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

Schizosaccharomyces pombe

UniProt O14198

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （Q9US45） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （O94646） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （Q9P6Q0） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P87306） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 × 1 （O14010）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED18_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 3–209； UniProt 1–207

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

Schizosaccharomyces pombe

UniProt O14010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 × 1 （Q9US45） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 × 1 （O94646） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 × 1 （Q9P6Q0） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 × 1 （P87306） Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 × 1 （O14198）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED22_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4h63
沉积日期 deposition_date	2012-09-19
结构标题 title	Structure of the Schizosaccharomyces pombe Mediator head module
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, MEDIATOR COMPLEX, NUCLEUS; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4h63__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4h63__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4h63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.03 Å
Rg（电子密度）	47.69 Å
总 Rg	47.59 Å
原子数	9254
残基数	1136
排除体积	165140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4h63__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
分子量 formula_weight	21163.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	9254

GSHMASGAPPSVDLTSIQWRMPEWVQSMGGLRTENVLEYFSQSPFYSHKSNNEMLKMQSQFNALDLGDLNSQLKRLTGIQFVIIHERPPFLWVIQKQNRLNENEVKPLTVYFVCNENIYMAPNAYTLLATRMLNATYCFQKALTKIEKFPQYNPQEGYTYPKLSNDNLEVDHSNTNEPADENK

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
分子量 formula_weight	23360.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MEDISTEKTVESLEAIRHRIAQIVQSLTHFLAILHQSESLSPWPTIHKNFNILLSQIHSLSNNLAAHSHTLQTTSIYPSLEFPVKEQEPLLTTLLRTKALPEVEEWEANTLQEYEASISSQPKKKEANDAYQKDQLWDQARIIFMEERENYSWFDFVTRRQESEGEFVSQRQLEIDRATEEQNANQMLTDILSFMKSGKR

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
分子量 formula_weight	12644.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MTNSDDDLFSEKSTSSDTQQVQNILELEAKIPDILSSAGKCIEAIQLNNSLEDFRKYSKEFLETVEFISTGLRRQALELEKAEVPVVSLQPKKRYASTPLSNLIFDQSSKLM

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
分子量 formula_weight	53877.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

GNVLEFATLDSKRNVNDTEVESMDSQAYKKELIEQIMIAQTECSLALDMTSLLLSKFKENSIETISPFLKSTVPPSSLQFSRSQPPESKESDATLAKCWKEKSLTSSCKFLFEAKERLTSVVETEHEYYTELVKVKEASWPLFNSQGSNHLSVQYSCLGGISLGLGLIRMKPESKSFEVQSSLLYSQAALKISILNKDRDEIGSSTWSWPSQNCNSVLLKDIYKLQEILFEMDIWNSLLQEAQSCGNQGVNFTGDEILVPISDDHVVRITLETSSKNTESGFTEDKKSNEDTSTNFVTIKQEKELLKCLCDTLNAIAHILFLKHCRKSDRRSQQPELYMAIDANAPLILRPLIFYYNLNQESLEFQRWLKQRDISFKFMPNYPWEKAKDFLELENSLSINRLSISWRIMVSNFEPAIFIQHTPTLHGTDKSVWRCKDQYSSNQFSSLKNVCQYIEHHINSLSRRSKKTE

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
分子量 formula_weight	24214.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

ASMQELYLLGVVPSRRFEAVVNSLSKTLDGPKTILEFWVVYRPKDVPPNLPRQPDSWLRLCSNIESHDETDTEWSKNTQWSMYLEGNSEPKREDKCGIRPVNRAKLTNGSVTEFVEKMGYEFSHEYIIQGLEYFFFDTTVRIYQTLIPSQQRSIKPPFHPMNEEQPWILHVYTHVADASNQVAMAKAEANLTKVKTLLSAFCDLKNVRL

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
分子量 formula_weight	15265.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

SSDSFQRQLVQRTNTLNSSIDNATLTILSRFQDILDIAINEGKDKYTVAPEVYQIECHTVSMVRAVEQLLDVSRQIKSYWLTNSLSTSFPTVDYSEPDLEKVKRTLTKLQNHLLEVSLIEPEASETTEAPTVSDT

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	4h63F02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2600 —

结构域编号 domain_id	4h63H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1710 —

结构域编号 domain_id	4h63H02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2610 —

结构域编号 domain_id	4h63H04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4h63K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3490 —

结构域编号 domain_id	4h63Q01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2620 —

结构域编号 domain_id	4h63Q02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2630 —

结构域编号 domain_id	4h63Q04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4h63R00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	320 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001

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晶胞边长 a length_a	145.600 Å
晶胞边长 b length_b	145.600 Å
晶胞边长 c length_c	241.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	126.093 Å
R 因子 r_factor	0.2332
R_work r_work	0.2319
R_free r_free	0.2579

Structure of the Schizosaccharomyces pombe Mediator head module

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4h63__assembly_1__model_1

4h63__assembly_1__model_1 | I(q)

4h63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains