← 返回搜索
4haa

Structure of Ribonuclease Binase Glu43Ala/Phe81Ala Mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.1 Å Quality: SUSPICIOUS
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

Bacillus intermedius

UniProt P00649

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 54–162 片段：UNP residues 54-162 突变：E43A/F81A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；10 mg/mL protein, reservoir: 0.1 M citric acid, pH 3.5, 3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.205
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 54–162 片段：UNP residues 54-162 突变：E43A/F81A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；10 mg/mL protein, reservoir: 0.1 M citric acid, pH 3.5, 3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.205
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 54–162 片段：UNP residues 54-162 突变：E43A/F81A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；10 mg/mL protein, reservoir: 0.1 M citric acid, pH 3.5, 3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.205
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 54–162 片段：UNP residues 54-162 突变：E43A/F81A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；10 mg/mL protein, reservoir: 0.1 M citric acid, pH 3.5, 3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4HAA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BUJ STRUCTURE OF BINASE IN SOLUTION 提交 1998-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–162（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.04；压力 1
分辨率未提供
1GOU Ribonuclease Binase (G Specific Endonuclease) Unliganded Form 提交 2001-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–162（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；pH 9.00
分辨率 1.65 Å R-free 0.176
1GOU Ribonuclease Binase (G Specific Endonuclease) Unliganded Form 提交 2001-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 54–162（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；pH 9.00
分辨率 1.65 Å R-free 0.176
1GOV RIBONUCLEASE BI(G SPECIFIC ENDONUCLEASE) COMPLEXED WITH SULFATE IONS 提交 2001-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–162（109 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 2.00 Å
1GOV RIBONUCLEASE BI(G SPECIFIC ENDONUCLEASE) COMPLEXED WITH SULFATE IONS 提交 2001-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 54–162（109 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 2.00 Å
1GOY HYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE)RIBONUCLEASE BI(G SPECIFIC ENDONUCLEASE) (E.C.3.1.27.-) COMPLEXED WITH GUANOSINE-3'-PHOSPHATE (3'-GMP) 提交 2001-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–162（109 aa）
未记录 3GP GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 2.00 Å
1GOY HYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE)RIBONUCLEASE BI(G SPECIFIC ENDONUCLEASE) (E.C.3.1.27.-) COMPLEXED WITH GUANOSINE-3'-PHOSPHATE (3'-GMP) 提交 2001-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 54–162（109 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 2.00 Å
2RBI STRUCTURE OF BINASE MUTANT HIS 101 ASN 提交 1996-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–162（109 aa）
突变：H101N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, WITH 12MG/ML BINASE HIS101ASN, 40MM GLYCINE PH 7.5, 8.75% POLYETHYL- ENE GLYCOL MR 10,000 AND 2.5% SATURATED SODIUM CITRATE IN THE HANGING DROP, AND 17.5% PEG 10,000, 60MM GLYCINE PH 7.5 AND 5% SODIUM CITRATE IN WELL. LEFT FOR 2 DAYS AT 18 DEGREES CENTIGRADE., vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 2.20 Å
2RBI STRUCTURE OF BINASE MUTANT HIS 101 ASN 提交 1996-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 54–162（109 aa）
突变：H101N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；VAPOR DIFFUSION METHOD, WITH 12MG/ML BINASE HIS101ASN, 40MM GLYCINE PH 7.5, 8.75% POLYETHYL- ENE GLYCOL MR 10,000 AND 2.5% SATURATED SODIUM CITRATE IN THE HANGING DROP, AND 17.5% PEG 10,000, 60MM GLYCINE PH 7.5 AND 5% SODIUM CITRATE IN WELL. LEFT FOR 2 DAYS AT 18 DEGREES CENTIGRADE., vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 2.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RN_BACIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–109； UniProt 54–162 作者链 B； PDB构建体 1–109； UniProt 54–162 作者链 C； PDB构建体 1–109； UniProt 54–162 作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 54–162

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4haa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4haa
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4haa
沉积日期 deposition_date2012-09-26
结构标题 titleStructure of Ribonuclease Binase Glu43Ala/Phe81Ala Mutant
关键词 keywordsendoribonuclease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.65 Å
零角强度 I(0) i037151000.00
分子量 molecular_weight48330.0 kDa
排除体积 excluded_volume60258 ų
包络体积 envelope_volume87467 ų
水化壳体积 shell_volume20327 ų
包络直径 envelope_diameter123.7 Å
壳层 Rg shell_rg41.38 Å
包络 Rg envelope_rg37.01 Å
形状 Rg shape_rg38.65 Å
总 Rg total_rg38.85 Å
总原子数 total_atoms3424
残基数 n_residues436
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.1 Å
Rg (实空间) rg_real38.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37140000.0000
解质量估计 total_estimate0.4674
解质量评级 solution_quality SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.359
峰度 Kurtosis kurtosis-0.936
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1061000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.549; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.035; Positv: 1.000; Valcen: 0.298; Smooth: 0.025
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4haaa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd4haab_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd4haac_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd4haad_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4haaA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id4haaB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id4haaC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id4haaD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)