SAXSdb — 4hg9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Basic phospholipase A2 B

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 17–138 链 D； UniProt 17–138	片段：UNP residues 17-138	CA CALCIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2 G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；287 K；18% MPEG5000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 17–138 链 C； UniProt 17–138	片段：UNP residues 17-138	CA CALCIUM ION × 2 G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；287 K；18% MPEG5000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 1.60 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4HG9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B4W BASIC PHOSPHOLIPASE A2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS-IMPLICATIONS FOR ITS ASSOCIATION AND ANTICOAGULANT ACTIVITIES BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 1998-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）链 C 1–122（122 aa）链 D 1–122（122 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；THE PROTEIN SOLUTIONS CONTAINED 0.1M LI2SO4, 9% PEG 4K AND 0.3% N-OCTYL BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE IN 0.01M TRIS-HCL BUFFER(PH 8.5) AND AN ENZYME CONCENTRATION OF 8MG/ML; THE SOLUTION IN RESERVOIR CONTAINED 18% PEG 4K IN SAME BUFFER, ROOM TEMPERATURE OF 17DEG.C.	分辨率 2.60 Å R-free 0.286
1JIA STRUCTURE OF A BASIC PHOSPHOLIPASE A2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS AT 2.13A RESOLUTION 提交 1997-06-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；THE PROTEIN SOLUTIONS CONTAINED 10MM CA2+, 0.1M NACL, 5% PEG 4K IN 0.01M CHESS BUFFER (PH 9.5) AND AN ENZYME CONCENTRATION OF 11MG/ML; THE SOLUTION IN RESERVOIR CONTAINED 10% PEG 4K IN SAME BUFFER, ROOM TEMPERATURE OF 17 DEGREES C.	分辨率 2.13 Å R-free 0.255

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA2BB_GLOHA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138 作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138 作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138 作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4hg9
沉积日期 deposition_date	2012-10-07
结构标题 title	Crystal structure of AhV_bPA, a basic PLA2 from Agkistrodon halys pallas venom
关键词 keywords	alpha-helix, glycerophospholipid, venom gland, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.43 Å
零角强度 I(0) i0	55842800.00
分子量 molecular_weight	55112.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67546 Å³
包络体积 envelope_volume	80719 Å³
水化壳体积 shell_volume	28696 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.71 Å
包络 Rg envelope_rg	23.43 Å
形状 Rg shape_rg	23.41 Å
总 Rg total_rg	24.29 Å
总原子数 total_atoms	3812
残基数 n_residues	488
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8761
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.293
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8916000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.960

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Basic phospholipase A2 B
分子量 formula_weight	13938.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4257

HLLQFRKMIKKMTGKEPVVSYAFYGCYCGSGGRGKPKDATDRCCFVHDCCYEKVTGCDPKWDDYTYSWKDGDIVCGGDDPCKKEVCECDKAAAICFRDNLKTYKKRYMAYPDILCSSKSEKC

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	172.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	393

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4hg9a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d4hg9b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d4hg9c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d4hg9d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4hg9A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	4hg9B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	4hg9C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	4hg9D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.953 Å
晶胞边长 b length_b	53.959 Å
晶胞边长 c length_c	108.433 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.000 Å
R 因子 r_factor	0.1726
R_work r_work	0.1709
R_free r_free	0.1927

fit	/app/data/saxs_computation/hg/4hg9/4hg9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hg/4hg9/4hg9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hg/4hg9/4hg9.dat

Crystal structure of AhV_bPA, a basic PLA2 from Agkistrodon halys pallas venom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Basic phospholipase A2 B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction