SAXSdb — 4hj0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gastric inhibitory polypeptide receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–138	片段：Extra-cellular Domain, UNP residues 24-138	Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain × 1 Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；0.02 M TAPS, 30% (w/v) PEG 10,000, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.311
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–138	片段：Extra-cellular Domain, UNP residues 24-138	Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain × 1 Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；0.02 M TAPS, 30% (w/v) PEG 10,000, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.311

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4HJ0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QKH Crystal structure of the extracellular domain of human GIP receptor in complex with the hormone GIP 提交 2007-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–138（115 aa）片段：Extracellular domain, residues 29-138	未记录	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；288 K；100 mM HEPES, 1 M potassium-sodium tartrate, 9% Methyl-beta-cyclodextrin, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.90 Å R-free 0.183
6DKJ human GIPR ECD and Fab complex 提交 2018-05-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 22–138（117 aa）片段：residues 22-138	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000 and 20% isopropanol	分辨率 1.95 Å R-free 0.238
6DKJ human GIPR ECD and Fab complex 提交 2018-05-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 22–138（117 aa）片段：residues 22-138	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000 and 20% isopropanol	分辨率 1.95 Å R-free 0.238
7FIN Cryo-EM structure of the GIPR/GLP-1R/GCGR triagonist peptide 20-bound human GIPR-Gs complex 提交 2021-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 22–421（400 aa）	突变：T345F	CLR CHOLESTEROL × 7 GGL GAMMA-L-GLUTAMIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7FIY Cryo-EM structure of the tirzepatide-bound human GIPR-Gs complex 提交 2021-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 22–421（400 aa）	突变：T345F	CLR CHOLESTEROL × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7RA3 cryo-EM of human Gastric inhibitory polypeptide receptor GIPR bound to GIP 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 R 22–466（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
7RBT cryo-EM structure of human Gastric inhibitory polypeptide receptor GIPR bound to tirzepatide 提交 2021-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 R 22–466（445 aa）	未记录	41Y 2-fluoro-4-[(1R)-6-methoxy-1-methyl-2-{(1S)-1-[4-(propan-2-yl)phenyl]ethyl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-5-yl]-6-[(2-methylpropyl)amino]phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
7VAB Cryo-EM structure of the non-acylated tirzepatide (LY3298176)-bound human GIPR-Gs complex 提交 2021-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 22–421（400 aa）	突变：T345F	CLR CHOLESTEROL × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8ITL Cryo-EM structure of GIPR splice variant 1 (SV1) in complex with Gs protein 提交 2023-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 22–385（364 aa）	突变：T309F	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
8ITM Cryo-EM structure of GIPR splice variant 2 (SV2) in complex with Gs protein 提交 2023-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 58–385（328 aa）	突变：T284F	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
8WA3 Cryo-EM structure of peptide free and Gs-coupled GIPR 提交 2023-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 22–421（400 aa）	突变：T345F	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
8YW4 Cryo-EM structure of the retatrutide-bound human GIPR-Gs complex 提交 2024-03-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 22–421（400 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GIPR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–136； UniProt 24–138 作者链 B； PDB构建体 22–136； UniProt 24–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4hj0
沉积日期 deposition_date	2012-10-12
结构标题 title	Crystal structure of the human GIPr ECD in complex with Gipg013 Fab at 3-A resolution
关键词 keywords	Glucagon receptor sub-family recognition fold, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.01 Å
零角强度 I(0) i0	191539000.00
分子量 molecular_weight	108380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134270 Å³
包络体积 envelope_volume	188050 Å³
水化壳体积 shell_volume	44294 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.78 Å
包络 Rg envelope_rg	35.10 Å
形状 Rg shape_rg	36.03 Å
总 Rg total_rg	36.35 Å
总原子数 total_atoms	7635
残基数 n_residues	1015
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	191500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8288
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.269
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.572
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	18280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gastric inhibitory polypeptide receptor
分子量 formula_weight	15764.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7635

MGSSHHHHHHSDYKDDDDKHMETGSKGQTAGELYQRWERYRRECQETLAAAEPPSGLACNGSFDMYVCWDYAAPNATARASCPWYLPWHHHVAAGFVLRQCGSDGQWGLWRDHTQCENPEKNEAFLDQRLILERLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain
分子量 formula_weight	23758.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,C

QVQLQQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPTFGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCAQGPIVGAPTDYWGKGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain
分子量 formula_weight	22691.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,D

SYVLTQPPSASGTPGQRVAISCSGSNSNIGSNTVHWYQQLPGAAPKLLIYSNNQRPSGVPDRFSGSNSGTSASLAISRLQSEDEADYYCAAWDDSLNGVVFGGGTKVTVLQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4hj0c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4hj0c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hj0p1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4hj0p2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4hj0A00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1240 — Hormone receptor fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain

结构域编号 domain_id	4hj0B00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1240 — Hormone receptor fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain

结构域编号 domain_id	4hj0C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4hj0C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4hj0D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4hj0D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4hj0P01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4hj0P02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4hj0Q01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4hj0Q02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.266 Å
晶胞边长 b length_b	109.850 Å
晶胞边长 c length_c	105.935 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.665 Å
R 因子 r_factor	0.2603
R_work r_work	0.2553
R_free r_free	0.3107

fit	/app/data/saxs_computation/hj/4hj0/4hj0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hj/4hj0/4hj0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hj/4hj0/4hj0.dat

Crystal structure of the human GIPr ECD in complex with Gipg013 Fab at 3-A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gastric inhibitory polypeptide receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)