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4hwx

Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neutral proteinase inhibitor ScNPI

Streptomyces caespitosus

UniProt Q9FDS0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 29–141 未记录 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium citrate dihydrate, 0.2 M ammonium acetate, 10% (w/v) PEG3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.90 Å R-free 0.214
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 29–141 未记录 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium citrate dihydrate, 0.2 M ammonium acetate, 10% (w/v) PEG3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.90 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4HWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4HX2 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with Bacillus licheniformis subtilisin 提交 2012-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 29–141（113 aa）
链 D 29–141（113 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 1AX (2R,2'R)-3,3'-oxydipropane-1,2-diol × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3 K POTASSIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M cacodylate, 0.2 M zinc acetate dihydrate, 10% (v/v) 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.217
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 29–141（113 aa）
链 D 29–141（113 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 29–141（113 aa）
链 H 29–141（113 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 29–141（113 aa）
链 L 29–141（113 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.242

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9FDS0_STRCS
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4hwx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4hwx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4hwx
沉积日期 deposition_date2012-11-09
结构标题 titleCrystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin
关键词 keywordsStreptomyces subtilisin inhibitor fold, Hydrolase Inhibitor; Hydrolase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.38 Å
零角强度 I(0) i03268890.00
分子量 molecular_weight12181.0 kDa
排除体积 excluded_volume14989 ų
包络体积 envelope_volume17541 ų
水化壳体积 shell_volume10904 ų
包络直径 envelope_diameter51.3 Å
壳层 Rg shell_rg19.34 Å
包络 Rg envelope_rg14.74 Å
形状 Rg shape_rg14.37 Å
总 Rg total_rg15.40 Å
总原子数 total_atoms852
残基数 n_residues113
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.8 Å
Rg (实空间) rg_real15.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real3.2690e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8020e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3269000.0000
解质量估计 total_estimate0.8879
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.2 Å
偏度 Skewness skewness0.277
峰度 Kurtosis kurtosis-0.339
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha490800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.953
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4hwxa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamilyd.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family familyd.84.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4hwxa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4hwxA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Subtilisin inhibitor-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)