4hx2

Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with Bacillus licheniformis subtilisin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KerA

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 37–310 链 C； UniProt 37–310	片段：Mature protease	Neutral proteinase inhibitor ScNPI × 2 （Q9FDS0） CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 1AX (2R,2'R)-3,3'-oxydipropane-1,2-diol × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3 K POTASSIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M cacodylate, 0.2 M zinc acetate dihydrate, 10% (v/v) 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4HX2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GI3 Crystal structure of Greglin in complex with subtilisin 提交 2012-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–310（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.68M sodium citrate, 0.36M sodium formate, 0.066M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.201
6DWQ Subtilisin serine protease modified with the protease inhibitor cyanobenzylsulfonylfluoride 提交 2018-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–310（274 aa）片段：residues 37-310	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 NO3 NITRATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；26% PEG 3350, 0.350 M NH4NO3	分辨率 1.27 Å R-free 0.148

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9FDF2_BACLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–274； UniProt 37–310 作者链 C； PDB构建体 1–274； UniProt 37–310

Neutral proteinase inhibitor ScNPI

Streptomyces caespitosus

UniProt Q9FDS0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 29–141 链 D； UniProt 29–141	未记录	KerA × 2 （Q9FDF2） CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 1AX (2R,2'R)-3,3'-oxydipropane-1,2-diol × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3 K POTASSIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M cacodylate, 0.2 M zinc acetate dihydrate, 10% (v/v) 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4HX2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4HWX Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin 提交 2012-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–141（113 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium citrate dihydrate, 0.2 M ammonium acetate, 10% (w/v) PEG3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.214
4HWX Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin 提交 2012-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–141（113 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium citrate dihydrate, 0.2 M ammonium acetate, 10% (w/v) PEG3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.214
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 29–141（113 aa）链 D 29–141（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 29–141（113 aa）链 H 29–141（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4HX3 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin 提交 2012-11-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 29–141（113 aa）链 L 29–141（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9FDS0_STRCS
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141 作者链 D； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4hx2
沉积日期 deposition_date	2012-11-09
结构标题 title	Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with Bacillus licheniformis subtilisin
关键词 keywords	Streptomyces subtilisin inhibitor fold, Subtilisin Carlsberg, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.04 Å
零角强度 I(0) i0	102409000.00
分子量 molecular_weight	79272.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97997 Å³
包络体积 envelope_volume	125580 Å³
水化壳体积 shell_volume	29750 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.90 Å
包络 Rg envelope_rg	36.87 Å
形状 Rg shape_rg	38.05 Å
总 Rg total_rg	38.20 Å
总原子数 total_atoms	5541
残基数 n_residues	772
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7277
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.823
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.532; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.447; Smooth: 0.413

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KerA
分子量 formula_weight	27306.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.62
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5900

AQTVPYGIPLIKADKVQAQGFKGANVKVAVLDTGIQASHPDLNVVGGASFVAGEAYNTDGNGHGTHVAGTVAALDNTTGVLGVAPSVSLYAVKVLNSSGSGSYSGIVSGIEWATTNGMDVINMSLGGASGSTAMKQAVDNAYARGVVVVAAAGNSGSSGNTNTIGYPAKYDSVIAVGAVDSNSNRASFSSVGAELEVMAPGAGVYSTYPTNTYATLNGTSMASPHVAGAAALILSKHPNLSASQVRNRLSSTATYLGSSFYYGKGLINVEAAAQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neutral proteinase inhibitor ScNPI
分子量 formula_weight	11923.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSAHGPSAMVFTVIQGSGEPTDTVLRATTLSCAYTAEGTHPAPRAACDALNATDGELNRLLAAPDPSLVCPMYFDPVTVTADGVLNGRRVAWKHTFSNTCVMSANLNSNPVYAF

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces caespitosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2R,2'R)-3,3'-oxydipropane-1,2-diol
分子量 formula_weight	166.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d4hx2a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.1 — Subtilases

结构域编号 domain_id	d4hx2b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamily	d.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family family	d.84.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4hx2b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hx2c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.1 — Subtilases

结构域编号 domain_id	d4hx2d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamily	d.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family family	d.84.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4hx2A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

结构域编号 domain_id	4hx2B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Subtilisin inhibitor-like

结构域编号 domain_id	4hx2C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

结构域编号 domain_id	4hx2D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Subtilisin inhibitor-like

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	183.969 Å
晶胞边长 b length_b	83.624 Å
晶胞边长 c length_c	77.617 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	32.940 Å
R 因子 r_factor	0.1772
R_work r_work	0.1767
R_free r_free	0.2167

fit	/app/data/saxs_computation/hx/4hx2/4hx2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hx/4hx2/4hx2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hx/4hx2/4hx2.dat

Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with Bacillus licheniformis subtilisin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KerA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neutral proteinase inhibitor ScNPI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)