4hyt

Na,K-ATPase in the E2P state with bound ouabain and Mg2+ in the cation-binding site

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 3 OUABAIN × 1 CHOLESTEROL × 2 beta-D-fructofuranosyl 6-O-decanoyl-alpha-D-glucopyranoside × 1 1-O-decanoyl-beta-D-tagatofuranosyl beta-D-allopyranoside × 1 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 4 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） MAGNESIUM ION × 3 OUABAIN × 1 CHOLESTEROL × 2 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT1A1_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1021； UniProt 1–1021 作者链 C； PDB构建体 1–1021； UniProt 1–1021

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

物种未注明

UniProt P05027

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 3 OUABAIN × 1 CHOLESTEROL × 2 beta-D-fructofuranosyl 6-O-decanoyl-alpha-D-glucopyranoside × 1 1-O-decanoyl-beta-D-tagatofuranosyl beta-D-allopyranoside × 1 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 4 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） MAGNESIUM ION × 3 OUABAIN × 1 CHOLESTEROL × 2 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT1B1_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 D； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303

Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a

物种未注明

UniProt Q58K79

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 3 OUABAIN × 1 CHOLESTEROL × 2 beta-D-fructofuranosyl 6-O-decanoyl-alpha-D-glucopyranoside × 1 1-O-decanoyl-beta-D-tagatofuranosyl beta-D-allopyranoside × 1 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 4 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） MAGNESIUM ION × 3 OUABAIN × 1 CHOLESTEROL × 2 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q58K79_PIG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 G； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4hyt
沉积日期 deposition_date	2012-11-14
结构标题 title	Na,K-ATPase in the E2P state with bound ouabain and Mg2+ in the cation-binding site
关键词 keywords	membrane transporter, HYDROLASE-MEMBRANE PROTEIN complex; HYDROLASE/MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4hyt__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4hyt__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4hyt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.93 Å
Rg（电子密度）	47.27 Å
总 Rg	47.03 Å
原子数	10526
残基数	1314
排除体积	189510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4hyt__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4hyt__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
分子量 formula_weight	112877.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	21220

MGKGVGRDKYEPAAVSEHGDKKKAKKERDMDELKKEVSMDDHKLSLDELHRKYGTDLSRGLTPARAAEILARDGPNALTPPPTTPEWVKFCRQLFGGFSMLLWIGAILCFLAYGIQAATEEEPQNDNLYLGVVLSAVVIITGCFSYYQEAKSSKIMESFKNMVPQQALVIRNGEKMSINAEEVVVGDLVEVKGGDRIPADLRIISANGCKVDNSSLTGESEPQTRSPDFTNENPLETRNIAFFSTNCVEGTARGIVVYTGDRTVMGRIATLASGLEGGQTPIAAEIEHFIHIITGVAVFLGVSFFILSLILEYTWLEAVIFLIGIIVANVPEGLLATVTVCLTLTAKRMARKNCLVKNLEAVETLGSTSTICSDKTGTLTQNRMTVAHMWSDNQIHEADTTENQSGVSFDKTSATWLALSRIAGLCNRAVFQANQENLPILKRAVAGDASESALLKCIELCCGSVKEMRERYTKIVEIPFNSTNKYQLSIHKNPNTAEPRHLLVMKGAPERILDRCSSILIHGKEQPLDEELKDAFQNAYLELGGLGERVLGFCHLFLPDEQFPEGFQFDTDDVNFPLDNLCFVGLISMIDPPRAAVPDAVGKCRSAGIKVIMVTGDHPITAKAIAKGVGIISEGNETVEDIAARLNIPVSQVNPRDAKACVVHGSDLKDMTSEQLDDILKYHTEIVFARTSPQQKLIIVEGCQRQGAIVAVTGDGVNDSPASKKADIGVAMGIAGSDVSKQAADMILLDDNFASIVTGVEEGRLIFDNLKKSIAYTLTSNIPEITPFLIFIIANIPLPLGTVTILCIDLGTDMVPAISLAYEQAESDIMKRQPRNPKTDKLVNEQLISMAYGQIGMIQALGGFFTYFVILAENGFLPIHLLGLRVNWDDRWINDVEDSYGQQWTYEQRKIVEFTCHTPFFVTIVVVQWADLVICKTRRNSVFQQGMKNKILIFGLFEETALAAFLSYCPGMGVALRMYPLKPTWWFCAFPYSLLIFVYDEVRKLIIRRRPGGWVEKETYY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
分子量 formula_weight	35204.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MARGKAKEEGSWKKFIWNSEKKEFLGRTGGSWFKILLFYVIFYGCLAGIFIGTIQVMLLTISEFKPTYQDRVAPPGLTQIPQSQKTEISFRPNDPQSYESYVVSIVRFLEKYKDLAQKDDMIFEDCGNVPSELKERGEYNNERGERKVCRFRLEWLGNCSGLNDETYGYKDGKPCVIIKLNRVLGFKPKPPKNESLETYPVMKYNPYVLPVHCTGKRDEDKEKVGTMEYFGLGGYPGFPLQYYPYYGKLLQPKYLQPLMAVQFTNLTMDTEIRIECKAYGENIGYSEKDRFQGRFDVKIEVKS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
分子量 formula_weight	7094.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E

MAGLSTDDGGSPKGDVDPFYYDYETVRNGGLIFAALAFIVGLIIILSKRLRCGGKKHRPINEDEL

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	OUABAIN
分子量 formula_weight	584.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	beta-D-fructofuranosyl 6-O-decanoyl-alpha-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	496.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1-O-decanoyl-beta-D-tagatofuranosyl beta-D-allopyranoside
分子量 formula_weight	496.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
分子量 formula_weight	788.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	538.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4hytA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	4hytA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4hytA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	4hytA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

结构域编号 domain_id	4hytB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4hytB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1660 — Na, k-atpase alpha subunit.

结构域编号 domain_id	4hytC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	4hytC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4hytC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	4hytC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

结构域编号 domain_id	4hytD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4hytD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1660 — Na, k-atpase alpha subunit.

▶

晶胞边长 a length_a	117.470 Å
晶胞边长 b length_b	118.080 Å
晶胞边长 c length_c	494.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.404 Å
最低分辨率 resolution_low	49.829 Å
R 因子 r_factor	0.2265
R_work r_work	0.2255
R_free r_free	0.2444

Na,K-ATPase in the E2P state with bound ouabain and Mg2+ in the cation-binding site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4hyt__assembly_2__model_1

4hyt__assembly_2__model_1 | I(q)

4hyt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)