SAXSdb — 4i4h

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome P450 3A4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ;pyridin-3-ylmethyl [(2R,5S)-5-{[N-(methyl{[2-(propan-2-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}carbamoyl)-D-valyl]amino}-1,6-diphenylhexan-2-yl]carbamate ; × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ;pyridin-3-ylmethyl [(2R,5S)-5-{[N-(methyl{[2-(propan-2-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}carbamoyl)-D-valyl]amino}-1,6-diphenylhexan-2-yl]carbamate ; × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CP3A4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–483； UniProt 1–503

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4i4h
沉积日期 deposition_date	2012-11-27
结构标题 title	Crystal structure of CYP3A4 ligated to pyridine-substituted desoxyritonavir
关键词 keywords	;monooxygenase, cytochrome P450 reductase, cytochrome b5, endoplasmic reticulum, cytochrome P450, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex ;; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4i4h__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4i4h__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4i4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.38 Å
Rg（电子密度）	22.17 Å
总 Rg	23.16 Å
原子数	3771
残基数	457
排除体积	68562 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4i4h__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4i4h__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450 3A4
分子量 formula_weight	55757.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.-, 1.14.13.157, 1.14.13.32, 1.14.13.67, 1.14.13.97
突变 mutation	residues 3-22 deleted
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3771

MAYLYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYSVFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQDPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSIIFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYALHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTVSGAHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;pyridin-3-ylmethyl [(2R,5S)-5-{[N-(methyl{[2-(propan-2-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}carbamoyl)-D-valyl]amino}-1,6-diphenylhexan-2-yl]carbamate ;
分子量 formula_weight	698.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4i4ha_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4i4hA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

▶

晶胞边长 a length_a	77.760 Å
晶胞边长 b length_b	100.060 Å
晶胞边长 c length_c	131.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	65.700 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2691

Crystal structure of CYP3A4 ligated to pyridine-substituted desoxyritonavir

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome P450 3A4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4i4h__assembly_1__model_1

4i4h__assembly_1__model_1 | I(q)

4i4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of CYP3A4 ligated to pyridine-substituted desoxyritonavir

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome P450 3A4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4i4h__assembly_1__model_1

4i4h__assembly_1__model_1 | I(q)

4i4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)