SAXSdb — 4ia7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor A

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nuclear receptor coactivator 2 × 2 （Q15596） 21-NOR-9,10-SECOCHOLESTA-5,7,10(19)-TRIENE-1,3,25-TRIOL, 20-(4-HYDROXY-4-METHYLPENTYL)-, (1A,3B,5Z,7E) × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VDRA_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–300； UniProt 156–453

Nuclear receptor coactivator 2

物种未注明

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vitamin D3 receptor A × 2 （Q9PTN2） 21-NOR-9,10-SECOCHOLESTA-5,7,10(19)-TRIENE-1,3,25-TRIOL, 20-(4-HYDROXY-4-METHYLPENTYL)-, (1A,3B,5Z,7E) × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCOA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–13； UniProt 686–698

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ia7
沉积日期 deposition_date	2012-12-06
结构标题 title	Diastereotopic and Deuterium Effects in Gemini
关键词 keywords	;VDR-agonist complex, alpha helical sandwich, transcription regulation, DNA, RXR, phosphorylation, nucleus, TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION ACTIVATOR complex ;; TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION ACTIVATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ia7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ia7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ia7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.78 Å
Rg（电子密度）	27.26 Å
总 Rg	28.01 Å
原子数	4042
残基数	496
排除体积	72954 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ia7__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin D3 receptor A
分子量 formula_weight	33916.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2092

HMLSDEQMQIINSLVEAHHKTYDDSYSDFVRFRPPVREGPVTRSASRAASLHSLSDASSDSFNHSPESVDTKLNFSNLLMMYQDSGSPDSSEEDQQSRLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTAEDQIALLKSSAIEIIMLRSNQSFSLEDMSWSCGGPDFKYCINDVTKAGHTLELLEPLVKFQVGLKKLKLHEEEHVLLMAICLLSPDRPGVQDHVRIEALQDRLCDVLQAYIRIQHPGGRLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRSLSFQPEHSMQLTPLVLEVFGSEVS

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	leopard danio,zebra danio,zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear receptor coactivator 2
分子量 formula_weight	1579.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KHKILHRLLQDSS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	21-NOR-9,10-SECOCHOLESTA-5,7,10(19)-TRIENE-1,3,25-TRIOL, 20-(4-HYDROXY-4-METHYLPENTYL)-, (1A,3B,5Z,7E)
分子量 formula_weight	502.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	71

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4ia7A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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晶胞边长 a length_a	66.178 Å
晶胞边长 b length_b	66.178 Å
晶胞边长 c length_c	266.412 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2550

Diastereotopic and Deuterium Effects in Gemini

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear receptor coactivator 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ia7__assembly_1__model_1

4ia7__assembly_1__model_1 | I(q)

4ia7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Diastereotopic and Deuterium Effects in Gemini

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear receptor coactivator 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ia7__assembly_1__model_1

4ia7__assembly_1__model_1 | I(q)

4ia7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)