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4icb

PROLINE CIS-TRANS ISOMERS IN CALBINDIN D9K OBSERVED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 39.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CALBINDIN D9K

Bos taurus

UniProt P02633

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 4–78 未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4ICB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B1G SOLVATED REFINEMENT OF CA-LOADED CALBINDIN D9K 提交 1998-11-20 突变/修饰不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
突变：P43G CA CALCIUM ION × 2 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1BOC THE SOLUTION STRUCTURES OF MUTANT CALBINDIN D9K'S, AS DETERMINED BY NMR, SHOW THAT THE CALCIUM BINDING SITE CAN ADOPT DIFFERENT FOLDS 提交 1993-04-23 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1BOD THE SOLUTION STRUCTURES OF MUTANT CALBINDIN D9K'S, AS DETERMINED BY NMR, SHOW THAT THE CALCIUM BINDING SITE CAN ADOPT DIFFERENT FOLDS 提交 1993-04-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
突变：A15D,P20G,P43M 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CDN Solution structure of (CD2+)1-calbindin D9K reveals details of the stepwise structural changes along the apo--> (CA2+)II1--> (CA2+)I,II2 binding pathway 提交 1995-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
突变：INS(MET 1), P43G 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CLB Determination of the solution structure of apo calbindin D9K by nmr spectroscopy 提交 1995-02-08 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1D1O COOPERATIVITY IN EF-HAND CA2+-BINDING PROTEINS: EVIDENCE OF SITE-SITE COMMUNICATION FROM BINDING-INDUCED CHANGES IN STRUCTURE AND DYNAMICS OF N56A CALBINDIN D9K 提交 1999-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 5–79（75 aa） 片段：CALBINDIN D9K
突变：P43M, N56A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR样品组成 4 MM N56A-CALBINDIN D9K
NMR样品组成 4 MM 15N-LABELED N56A-CALBINDIN D9K;
分辨率未提供
1HT9 DOMAIN SWAPPING EF-HANDS 提交 2000-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–78（75 aa）
链 B 4–78（75 aa）
突变：YES 突变：YES CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；ammonium sulphate, calcium chloride, magnesium chloride, EVAPORATION, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.192
1IG5 BOVINE CALBINDIN D9K BINDING MG2+ 提交 2001-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.4；298 K；3M ammonium sulphate, 100 mM magnesium chloride, pH 6.4, EVAPORATION, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.285
1IGV BOVINE CALBINDIN D9K BINDING MN2+ 提交 2001-04-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；295 K；65 % ammonium sulphate, 600 mM MnCl2, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 1.85 Å R-free 0.272
1KCY NMR solution structure of apo calbindin D9k (F36G + P43M mutant) 提交 2001-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa） 片段：contains EF-HAND 1 (LOW AFFINITY) and EF-HAND 2 (HIGH AFFINITY)
突变：F36G, P43M 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）no added salts；压力 ambient
NMR样品组成 2.5 mM calbindin; 95% H2O; 5% D2O | 95% H20; 5% D2O
NMR样品组成 2.5 mM calbindin D9k U-15N; 95% H2O; 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 2.5 mM calbindin D9k; 100% D20 | 100% D2O
分辨率未提供
1KQV Family of NMR Solution Structures of Ca Ln Calbindin D9K 提交 2002-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–78（79 aa）
突变：P43M LA LANTHANUM (III) ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）water solution；压力 1
NMR测量条件 pH 6；283 K；离子强度（mmCIF原始值）water solution；压力 1
NMR样品组成 2.0 mM Ca Ln Cb | H2O/D2O 10:1
分辨率未提供
1KSM AVERAGE NMR SOLUTION STRUCTURE OF CA LN CALBINDIN D9K 提交 2002-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–78（79 aa）
突变：P43M LA LANTHANUM (III) ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）WATER SOLUTION；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.5 MM [15N, 13C] - CA LN CALBINDIN, PH 6.0 | H20:D2O 90:10
分辨率未提供
1N65 FAMILY OF NMR SOLUTION STRUCTURES OF CA CE CALBINDIN D9K IN DENATURATING CONDITIONS 提交 2002-11-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
突变：P43M CE CERIUM (III) ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）2M Guanidinium Chloride (GmdHCl)；压力 1
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）pure water；压力 1
NMR样品组成 Uniform labeling with 15N, H2O/D20 90/10 | H2O/D20 90/10 Denaturating Conditions
NMR样品组成 Uniform labeling with 15N, H2O/D20 90/10 | H2O/D20 90/10
分辨率未提供
1QX2 X-ray Structure of Calcium-loaded Calbindomodulin (A Calbindin D9k Re-engineered to Undergo a Conformational Opening) at 1.44 A Resolution 提交 2003-09-04 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
突变：L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 550 MME, MES, zinc sulfate, Tris-HCl, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.44 Å R-free 0.194
1QX2 X-ray Structure of Calcium-loaded Calbindomodulin (A Calbindin D9k Re-engineered to Undergo a Conformational Opening) at 1.44 A Resolution 提交 2003-09-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 4–78（75 aa）
突变：L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 550 MME, MES, zinc sulfate, Tris-HCl, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.44 Å R-free 0.194
1QX2 X-ray Structure of Calcium-loaded Calbindomodulin (A Calbindin D9k Re-engineered to Undergo a Conformational Opening) at 1.44 A Resolution 提交 2003-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–78（75 aa）
链 B 4–78（75 aa）
突变：L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 550 MME, MES, zinc sulfate, Tris-HCl, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.44 Å R-free 0.194
1QX2 X-ray Structure of Calcium-loaded Calbindomodulin (A Calbindin D9k Re-engineered to Undergo a Conformational Opening) at 1.44 A Resolution 提交 2003-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–78（75 aa）
链 B 4–78（75 aa）
突变：L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 550 MME, MES, zinc sulfate, Tris-HCl, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.44 Å R-free 0.194
1QX2 X-ray Structure of Calcium-loaded Calbindomodulin (A Calbindin D9k Re-engineered to Undergo a Conformational Opening) at 1.44 A Resolution 提交 2003-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–78（75 aa）
链 B 4–78（75 aa）
突变：L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L6I, I9A, K12V, Y13F, L23I, L31V, L32M, E35L, F36G, L49M, F50I, L53V, Q67L, L69M, V70M, P43M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 550 MME, MES, zinc sulfate, Tris-HCl, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.44 Å R-free 0.194
1RT0 12-mer from site II calbindin D9K (DKNGDGEVSFEE) coordinating Zn(II) 提交 2003-12-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 57–68（12 aa） 片段：residues 57-68 (SWS P02632)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）aprox 0；压力 ambient
NMR样品组成 3mM Peptide and Zn(NO3)2. NaOH and HNO3 added for pH fixing to 7; 80% H2O, 20% D2O | 80% H2O, 20% D2O
分辨率未提供
2BCA HIGH-RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF CALCIUM-LOADED CALBINDIN D9K 提交 1993-08-18 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2BCB HIGH-RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF CALCIUM-LOADED CALBINDIN D9K 提交 1993-08-18 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2MAZ Backbone 1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments for Bovine Apo Calbindin 提交 2013-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 5–79（75 aa） 片段：UNP residues 5-79
突变：P43M 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D2O-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3ICB THE REFINED STRUCTURE OF VITAMIN D-DEPENDENT CALCIUM-BINDING PROTEIN FROM BOVINE INTESTINE. MOLECULAR DETAILS, ION BINDING, AND IMPLICATIONS FOR THE STRUCTURE OF OTHER CALCIUM-BINDING PROTEINS 提交 1986-09-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–78（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å

共 19 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S100G_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–76； UniProt 4–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4icb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4icb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4icb
沉积日期 deposition_date1991-08-27
结构标题 titlePROLINE CIS-TRANS ISOMERS IN CALBINDIN D9K OBSERVED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
关键词 keywordsCALCIUM-BINDING PROTEIN; CALCIUM-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.39 Å
零角强度 I(0) i01515480.00
分子量 molecular_weight8644.0 kDa
排除体积 excluded_volume10967 ų
包络体积 envelope_volume11856 ų
水化壳体积 shell_volume9039 ų
包络直径 envelope_diameter35.3 Å
壳层 Rg shell_rg16.87 Å
包络 Rg envelope_rg11.59 Å
形状 Rg shape_rg11.37 Å
总 Rg total_rg12.87 Å
总原子数 total_atoms607
残基数 n_residues76
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax39.2 Å
Rg (实空间) rg_real12.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5300e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1515000.0000
解质量估计 total_estimate0.9007
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.4 Å
偏度 Skewness skewness-0.042
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha141000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4icba_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.1 — Calbindin D9K

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4icbA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)