SAXSdb — 4icv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin-specific chaperone E

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 443–527	片段：Ubiquitin-like domain, UNP residues 443-527	PR PRASEODYMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM Bis Tris pH 6.5 and 43 % (v/v) PEG 400 and 10 mM praseodymium (III) acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.45 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ICV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ICU Ubiquitin-like domain of human tubulin folding cofactor E - crystal from A 提交 2012-12-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 443–527（85 aa）片段：Ubiquitin-like domain, UNP residues 443-527	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM sodium acetate and 26% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4ICU Ubiquitin-like domain of human tubulin folding cofactor E - crystal from A 提交 2012-12-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 443–527（85 aa）片段：Ubiquitin-like domain, UNP residues 443-527	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM sodium acetate and 26% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4ICU Ubiquitin-like domain of human tubulin folding cofactor E - crystal from A 提交 2012-12-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 443–527（85 aa）片段：Ubiquitin-like domain, UNP residues 443-527	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM sodium acetate and 26% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4ICU Ubiquitin-like domain of human tubulin folding cofactor E - crystal from A 提交 2012-12-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 443–527（85 aa）片段：Ubiquitin-like domain, UNP residues 443-527	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM sodium acetate and 26% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
9M1J Cryo-EM structure of the TBC-DE-Arl2-beta-tubulin complex 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 129–527（399 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.14 Å
9M1K Cryo-EM structure of the TBC-DE-Arl2-beta-tubulin complex with GTP 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–527（527 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.45 Å
9M1L Cryo-EM structure of the TBC-DE-Arl2-alpha-beta-tubulin complex with GTP 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–527（527 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
9M1M Cryo-EM structure of the TBC-DEC-Arl2-alpha-beta-tubulin complex with GDP-AlFx 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–527（527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.21 Å

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBCE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–85； UniProt 443–527

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4icv
沉积日期 deposition_date	2012-12-11
结构标题 title	Ubiquitin-like domain of human tubulin folding cofactor E - crystal form B
关键词 keywords	Ubiquitin-like domain, tubulin folding cofactor, alpha tubulin, tubulin folding cofactor B, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.35 Å
零角强度 I(0) i0	2175890.00
分子量 molecular_weight	10117.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12656 Å³
包络体积 envelope_volume	14362 Å³
水化壳体积 shell_volume	10085 Å³
包络直径 envelope_diameter	41.3 Å
壳层 Rg shell_rg	17.81 Å
包络 Rg envelope_rg	12.53 Å
形状 Rg shape_rg	12.22 Å
总 Rg total_rg	14.04 Å
总原子数 total_atoms	685
残基数 n_residues	84
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	42.0 Å
Rg (实空间) rg_real	13.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1760e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3090e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2176000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8121
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.007
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	306500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin-specific chaperone E
分子量 formula_weight	9819.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	892

NQLLTLKIKYPHQLDQKVLEKQLPGSMTIQKVKGLLSRLLKVPVSDLLLSYESPKKPGREIELENDLKSLQFYSVENGDCLLVRW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PRASEODYMIUM ION
分子量 formula_weight	140.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	120

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4icva_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4icvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.270 Å
晶胞边长 b length_b	65.830 Å
晶胞边长 c length_c	73.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1632
R_work r_work	0.1619
R_free r_free	0.1888

fit	/app/data/saxs_computation/ic/4icv/4icv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ic/4icv/4icv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ic/4icv/4icv.dat

Ubiquitin-like domain of human tubulin folding cofactor E - crystal form B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin-specific chaperone E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction