4ief

Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 179.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gingipain R2 Pro-Domain

Porphyromonas gingivalis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–229 链 B； UniProt 230–662	片段：UNP residues 230-662 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 25–229 链 D； UniProt 230–662	片段：UNP residues 230-662 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 25–229 链 F； UniProt 230–662	片段：UNP residues 230-662 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 25–229 链 H； UniProt 230–662	片段：UNP residues 230-662 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4IEF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CVR Crystal structure of the Arg specific cysteine proteinase gingipain R (RGPB) 提交 1999-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–664（435 aa）	未记录	H37 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-phenylalaninamide × 1 CA CALCIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；15 % PEG 8000 100 MM ZINC ACETATE 100 MM SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
5AG8 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665I6H) OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 577–736（160 aa）片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% PEG 4000, 0.2M (NH4)2SO4, 10% PEG 300	分辨率 1.90 Å R-free 0.202
5AG8 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665I6H) OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 577–736（160 aa）片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% PEG 4000, 0.2M (NH4)2SO4, 10% PEG 300	分辨率 1.90 Å R-free 0.202
5AG9 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665sXa) C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 577–736（160 aa）片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% PEG 4000,0.2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.11 Å R-free 0.254
5AG9 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665sXa) C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 577–736（160 aa）片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% PEG 4000,0.2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.11 Å R-free 0.254
5HFS CRYSTAL STRUCTURE OF C-TERMINAL DOMAIN OF CARGO PROTEINS OF TYPE IX SECRETION SYSTEM 提交 2016-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 665–736（72 aa）链 B 665–736（72 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；PEG 3350, Lithium sulphate, Bis Tris	分辨率 1.97 Å R-free 0.247

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPG2_PORGI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–210； UniProt 25–229 作者链 C； PDB构建体 6–210； UniProt 25–229 作者链 E； PDB构建体 6–210； UniProt 25–229 作者链 G； PDB构建体 6–210； UniProt 25–229 作者链 B； PDB构建体 1–433； UniProt 230–662 作者链 D； PDB构建体 1–433； UniProt 230–662 作者链 F； PDB构建体 1–433； UniProt 230–662 作者链 H； PDB构建体 1–433； UniProt 230–662

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ief
沉积日期 deposition_date	2012-12-13
结构标题 title	Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains
关键词 keywords	alpha/beta/alpha sandwich, cysteine endopeptidase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.91 Å
零角强度 I(0) i0	1073030000.00
分子量 molecular_weight	273750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	342490 Å³
包络体积 envelope_volume	456420 Å³
水化壳体积 shell_volume	74736 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.2 Å
壳层 Rg shell_rg	54.19 Å
包络 Rg envelope_rg	51.06 Å
形状 Rg shape_rg	51.93 Å
总 Rg total_rg	51.92 Å
总原子数 total_atoms	19188
残基数 n_residues	2462
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	179.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1073000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8592
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.173
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	83560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.804

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gingipain R2 Pro-Domain
分子量 formula_weight	23226.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	20046

GPLGSQPAERGRNPQVRLLSAEQSMSKVQFRMDNLQFTGVQTSKGVAQVPTFTEGVNISEKGTPILPILSRSLAVSETRAMKVEVVSSKFIEKKDVLIAPSKGVISRAENPDQIPYVYGQSYNEDKFFPGEIATLSDPFILRDVRGQVVNFAPLQYNPVTKTLRIYTEIVVAVSETAEAGQNTISLVKNSTFTGFEDIYKSVFMNYEATR

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	242619
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Gingipain R2 Mature Domain
分子量 formula_weight	48628.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

YTPVEEKENGRMIVIVPKKYEEDIEDFVDWKNQRGLRTEVKVAEDIASPVTANAIQQFVKQEYEKEGNDLTYVLLVGDHKDIPAKITPGIKSDQVYGQIVGNDHYNEVFIGRFSCESKEDLKTQIDRTIHYERNITTEDKWLGQALCIASAEGGPSADNGESDIQHENIIANLLTQYGYTKIIKCYDPGVTPKNIIDAFNGGISLANYTGHGSETAWGTSHFGTTHVKQLTNSNQLPFIFDVACVNGDFLYNVPCFAEALMRAQKDGKPTGTVAIIASTINQSWASPMRGQDEMNEILCEKHPNNIKRTFGGVTMNGMFAMVEKYKKDGEKMLDTWTVFGDPSLLVRTLVPTKMQVTAPANISASAQTFEVACDYNGAIATLSDDGDMVGTAIVKDGKAIIKLNESIADETNLTLTVVGYNKVTVIKDVKVEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	242619
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BARIUM ION
分子量 formula_weight	137.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	858

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4iefb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.2 — Gingipain R (RgpB), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4iefb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4iefb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4iefd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.2 — Gingipain R (RgpB), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4iefd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4iefd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ieff1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.2 — Gingipain R (RgpB), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4ieff2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ieff3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4iefh1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.2 — Gingipain R (RgpB), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4iefh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4iefh3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4iefA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3800 —

结构域编号 domain_id	4iefB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10390 — Gingipain r; domain 1

结构域编号 domain_id	4iefB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	4iefB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4iefC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3800 —

结构域编号 domain_id	4iefD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10390 — Gingipain r; domain 1

结构域编号 domain_id	4iefD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	4iefD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4iefE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3800 —

结构域编号 domain_id	4iefF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10390 — Gingipain r; domain 1

结构域编号 domain_id	4iefF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	4iefF03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4iefG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3800 —

结构域编号 domain_id	4iefH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10390 — Gingipain r; domain 1

结构域编号 domain_id	4iefH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	4iefH03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	84.420 Å
晶胞边长 b length_b	133.140 Å
晶胞边长 c length_c	109.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	33.670 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1893
R_free r_free	0.2247

Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gingipain R2 Pro-Domain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/ie/4ief/4ief.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ie/4ief/4ief.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ie/4ief/4ief.dat