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4igg

Full-length human alpha-catenin crystal structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catenin alpha-1

Homo sapiens

UniProt P35221

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 82–906 链 B； UniProt 82–906 片段：UNP residues 82-906 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；295 K；0.9 M Na/K Phosphate, 0.3 M Na Malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K 分辨率 3.66 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4IGG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1H6G alpha-catenin M-domain 提交 2001-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 377–632（256 aa） 片段：M-FRAGMENT, RESIDUES 377-632
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；30 % (V/V) MPD, 0.1 M SODIUM ACETETE BUFFER, PH 4.6, 20 MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 2.20 Å R-free 0.257
1H6G alpha-catenin M-domain 提交 2001-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 377–632（256 aa） 片段：M-FRAGMENT, RESIDUES 377-632
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；30 % (V/V) MPD, 0.1 M SODIUM ACETETE BUFFER, PH 4.6, 20 MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 2.20 Å R-free 0.257
1L7C alpha-catenin fragment, residues 385-651 提交 2002-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 385–651（267 aa） 片段：Residues 385-651
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium acetate, dithiothreitol, urea, sodium/potassium tartrate, isopropanol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
1L7C alpha-catenin fragment, residues 385-651 提交 2002-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 385–651（267 aa） 片段：Residues 385-651
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium acetate, dithiothreitol, urea, sodium/potassium tartrate, isopropanol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
1L7C alpha-catenin fragment, residues 385-651 提交 2002-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 385–651（267 aa） 片段：Residues 385-651
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium acetate, dithiothreitol, urea, sodium/potassium tartrate, isopropanol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
1L7C alpha-catenin fragment, residues 385-651 提交 2002-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 385–651（267 aa） 片段：Residues 385-651
链 C 385–651（267 aa） 片段：Residues 385-651
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium acetate, dithiothreitol, urea, sodium/potassium tartrate, isopropanol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
4EHP Crystal Structure of human vinculin head domain (residues 1-252) in complex with alpha-catenin (residues 277-382) 提交 2012-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 277–382（106 aa） 片段：unp residues 277-382
未记录 ACT ACETATE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；PEG 3350, sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 2.66 Å R-free 0.229
6UPV Alpha-E-catenin ABD-F-actin complex 提交 2019-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 1–906（906 aa）
链 M 1–906（906 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7UTJ Cryogenic electron microscopy 3D map of F-actin bound by human dimeric alpha-catenin 提交 2022-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 22–906（885 aa）
链 H 22–906（885 aa）
链 I 22–906（885 aa）
链 K 22–906（885 aa）
链 L 22–906（885 aa）
链 Z 22–906（885 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.77 Å
9BL2 KIR3DL1*001 in complex with HLA-B*57:03 presenting the AW10 peptide 提交 2024-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 850–859（10 aa） 片段：residues 850-859 (Uniprot numbering)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；18% PEG-3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.10 Å R-free 0.231
9BL3 KIR3DL1*114 in complex with HLA-B*57:03 presenting the AW10 peptide 提交 2024-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 850–859（10 aa） 片段：residues 850-859 (Uniprot numbering)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.00 Å R-free 0.229
9BL4 KIR3DL1*086 in complex with HLA-B*57:03 presenting the AW10 peptide 提交 2024-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 850–859（10 aa） 片段：residues 850-859 (Uniprot numbering)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6
分辨率 1.75 Å R-free 0.227

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTNA1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–825； UniProt 82–906 作者链 B； PDB构建体 1–825； UniProt 82–906

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4igg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4igg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4igg
沉积日期 deposition_date2012-12-17
结构标题 titleFull-length human alpha-catenin crystal structure
关键词 keywordsAsymmetric dimer, adherens junctions, F-actin binding, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.23 Å
零角强度 I(0) i0449597000.00
分子量 molecular_weight167590.0 kDa
排除体积 excluded_volume208340 ų
包络体积 envelope_volume278430 ų
水化壳体积 shell_volume60688 ų
包络直径 envelope_diameter138.4 Å
壳层 Rg shell_rg44.21 Å
包络 Rg envelope_rg37.88 Å
形状 Rg shape_rg38.25 Å
总 Rg total_rg38.51 Å
总原子数 total_atoms11714
残基数 n_residues1521
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.1 Å
Rg (实空间) rg_real38.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal449600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8735
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.0 Å
偏度 Skewness skewness0.330
峰度 Kurtosis kurtosis-0.184
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha64830000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.843
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id4iggA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily160 — HR1 repeat
结构域编号 domain_id4iggA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4iggA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4iggA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4iggA06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4iggB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily160 — HR1 repeat
结构域编号 domain_id4iggB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4iggB04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4iggB05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4iggB06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)