SAXSdb — 4ilw

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Metalloproteinase inhibitor 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–220	片段：Tissue inhibitor of metalloproteinases-2	Stromelysin-2 × 1 （P09238） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % (w/v) PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.263
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 27–220	片段：Tissue inhibitor of metalloproteinases-2	Stromelysin-2 × 1 （P09238） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % (w/v) PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ILW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BR9 HUMAN TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASE-2 提交 1998-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–220（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
1GXD proMMP-2/TIMP-2 complex 提交 2002-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 27–220（194 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.50	分辨率 3.10 Å R-free 0.333
1GXD proMMP-2/TIMP-2 complex 提交 2002-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 27–220（194 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.50	分辨率 3.10 Å R-free 0.333
2TMP N-TERMINAL DOMAIN OF TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASE-2 (N-TIMP-2), NMR, 49 STRUCTURES 提交 1998-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–153（127 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-127	突变：A21T	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）125 mM；压力 1 NMR样品组成 AQUEOUS	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–194； UniProt 27–220 作者链 B； PDB构建体 1–194； UniProt 27–220

Stromelysin-2

Homo sapiens

UniProt P09238

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 99–263	片段：Matrix metalloproteinase-10 catalytic domain	Metalloproteinase inhibitor 2 × 1 （P16035） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % (w/v) PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.263
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 99–263	片段：Matrix metalloproteinase-10 catalytic domain	Metalloproteinase inhibitor 2 × 1 （P16035） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % (w/v) PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ILW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Q3A Crystal structure of the catalytic domain of human matrix metalloproteinase 10 提交 2003-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 99–263（165 aa）片段：catalytic domain 链 B 99–263（165 aa）片段：catalytic domain	突变：F170N 突变：F170N	ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 NGH N-ISOBUTYL-N-[4-METHOXYPHENYLSULFONYL]GLYCYL HYDROXAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；Tris-HCl, PEG 6000, Acetohydroxamic acid, NNGH, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.298
1Q3A Crystal structure of the catalytic domain of human matrix metalloproteinase 10 提交 2003-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 99–263（165 aa）片段：catalytic domain 链 C 99–263（165 aa）片段：catalytic domain	突变：F170N 突变：F170N	ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 NGH N-ISOBUTYL-N-[4-METHOXYPHENYLSULFONYL]GLYCYL HYDROXAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；Tris-HCl, PEG 6000, Acetohydroxamic acid, NNGH, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.298
1Q3A Crystal structure of the catalytic domain of human matrix metalloproteinase 10 提交 2003-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 99–263（165 aa）片段：catalytic domain	突变：F170N	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 NGH N-ISOBUTYL-N-[4-METHOXYPHENYLSULFONYL]GLYCYL HYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；Tris-HCl, PEG 6000, Acetohydroxamic acid, NNGH, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.298
3V96 Complex of matrix metalloproteinase-10 catalytic domain (MMP-10cd) with tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) 提交 2011-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 99–263（165 aa）片段：unp residues 99-263	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；0.1 M sodium dihydrogen phosphate solution, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.266
9CSX matrix metalloproteinase-10 proenzyme 提交 2024-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–291（274 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 ACY ACETIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M zinc acetate, 0.1 M imidazole, pH 7.5 and 17 % (w/v)PEG 3000, 4.0 % (v/v) acetonitrile	分辨率 1.67 Å R-free 0.213

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMP10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–165； UniProt 99–263 作者链 F； PDB构建体 1–165； UniProt 99–263

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ilw
沉积日期 deposition_date	2013-01-01
结构标题 title	Complex of matrix metalloproteinase-10 catalytic domain (MMP-10cd) with tissue inhibitor of metalloproteinases-2 (TIMP-2)
关键词 keywords	Metzincin, OB-fold, Metalloproteinase, Protease inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.72 Å
零角强度 I(0) i0	96923300.00
分子量 molecular_weight	76961.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95763 Å³
包络体积 envelope_volume	120870 Å³
水化壳体积 shell_volume	34193 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.62 Å
包络 Rg envelope_rg	29.45 Å
形状 Rg shape_rg	29.71 Å
总 Rg total_rg	30.38 Å
总原子数 total_atoms	5388
残基数 n_residues	682
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	96920000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9046
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.579
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.934

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Metalloproteinase inhibitor 2
分子量 formula_weight	21783.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5564

CSCSPVHPQQAFCNADVVIRAKAVSEKEVDSGNDIYGNPIKRIQYEIKQIKMFKGPEKDIEFIYTAPSSAVCGVSLDVGGKKEYLIAGKAEGDGKMHITLCDFIVPWDTLSTTQKKSLNHRYQMGCECKITRCPMIPCYISSPDECLWMDWVTEKNINGHQAKFFACIKRSDGSCAWYRGAAPPKQEFLDIEDP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Stromelysin-2
分子量 formula_weight	18570.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

FSSFPGMPKWRKTHLTYRIVNYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPGHSLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYPLYNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	160

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4ilwa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

结构域编号 domain_id	d4ilwb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

结构域编号 domain_id	d4ilwd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d4ilwf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4ilwA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	370 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4ilwA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4ilwB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	370 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tissue inhibitor of metalloproteinase-1. Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4ilwB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4ilwD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	4ilwF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.687 Å
晶胞边长 b length_b	56.934 Å
晶胞边长 c length_c	82.592 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	76.14 °
晶胞夹角 β angle_beta	79.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	71.25 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.103 Å
最低分辨率 resolution_low	40.580 Å
R 因子 r_factor	0.2187
R_work r_work	0.2163
R_free r_free	0.2631

fit	/app/data/saxs_computation/il/4ilw/4ilw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/il/4ilw/4ilw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/il/4ilw/4ilw.dat

Complex of matrix metalloproteinase-10 catalytic domain (MMP-10cd) with tissue inhibitor of metalloproteinases-2 (TIMP-2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Metalloproteinase inhibitor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Stromelysin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)