4iqj

Structure of PolIIIalpha-Tauc-DNA complex suggests an atomic model of the replisome

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit alpha

Thermus aquaticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 8	;DNA (5'-D(PCPGPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPA)-3') ; × 3 ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPGPTPGPGPCPAPCPTPGPGPCPCPGPTPCPGPTPTPTPCPG)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PCPGPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPAP*(DOC))-3') ; × 1 DNA polymerase III subunit gamma/tau × 4 （A0A0M9ACL9） ZINC ION × 12 MAGNESIUM ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3A_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1220； UniProt 1–1220 作者链 B； PDB构建体 1–1220； UniProt 1–1220 作者链 C； PDB构建体 1–1220； UniProt 1–1220 作者链 D； PDB构建体 1–1220； UniProt 1–1220

DNA polymerase III subunit gamma/tau

Thermus aquaticus

UniProt A0A0M9ACL9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 8	;DNA (5'-D(PCPGPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPA)-3') ; × 3 ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPGPTPGPGPCPAPCPTPGPGPCPCPGPTPCPGPTPTPTPCPG)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PCPGPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPAP*(DOC))-3') ; × 1 DNA polymerase III subunit alpha × 4 （Q9XDH5） ZINC ION × 12 MAGNESIUM ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0M9ACL9_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 7–174； UniProt 373–540 作者链 N； PDB构建体 7–174； UniProt 373–540 作者链 O； PDB构建体 7–174； UniProt 373–540 作者链 P； PDB构建体 7–174； UniProt 373–540

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4iqj
沉积日期 deposition_date	2013-01-11
结构标题 title	Structure of PolIIIalpha-Tauc-DNA complex suggests an atomic model of the replisome
关键词 keywords	;Polymerase, alpha subunit, TauC subunit, DNA replication, DNA-directed DNA Polymerase, Nucleotidyltransferase, TRANSFERASE-DNA complex ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4iqj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4iqj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4iqj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	79.33 Å
Rg（电子密度）	79.89 Å
总 Rg	79.71 Å
原子数	45265
残基数	5402
排除体积	795650 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4iqj__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	6138.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G,K
原子数 atom_count	45265

CGAAACGACGGCCAGTGCCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPGPTPGPGPCPAPCPTPGPGPCPCPGPTPCPGPTPTPTPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	8591.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H,J,L

TTTTTTTGTGGCACTGGCCGTCGTTTCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPAP*(DOC))-3') ;
分子量 formula_weight	6411.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CGAAACGACGGCCAGTGCCAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA polymerase III subunit alpha
分子量 formula_weight	137579.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MGSKLKFAHLHQHTQFSLLDGAAKLQDLLKWVKETTPEDPALAMTDHGNLFGAVEFYKKATAMGVKPIIGYEAYVAAESRFDRKRGKGLDGGYFHLTLLAKDFTGYQNLVRLASRAYLEGFYEKPRIDREILREHAQGLIALSGCLGAEIPQFILQDRLDLAEARLNEDLSIFGDRFFIEIQNHGLPEQKKVNQVLKEFARKYGLGMVATNDGHYVRKEDARAHEVLLAIQSKTTLDDPERWRFPCDEFYVKTPEEMRAMLPEAEWGDEPFDNTVEIARMCDVDLPIGDKMVYRIPRFPLPEGRTEAQYLRELTFLGLLRRYPDRITEAFYREVLRLLGTMPPHGDERALAEALARVEEKAWEELRKRLPPLEGVREWTAEAILHRALYELSVIERMGFPGYFLIVQDYINWARGHGVSVGPGRGSAAGSLVAYAVGITNIDPLRFGLLFERFLNPERVSMPDIDTDFSDRERDRVIQYVRERYGEDKVAQIGTFGSLASKAALKDVARVYGIPHKKAEELAKLIPVQFGKPKPLQEAIQVVPELRAEMEKDERIRQVIEVAMRLEGLNRHASVHAAGVVIAAEPLTDLVPLMRDQEGRPVTQYDMGAVEALGLLKMDFLGLRTLTFLDEARRIVKESKGVELDYDRLPLDDPKTFELLSRGETKGVFQLESGGMTATVRGLKPRRLEDIIALVSLYRPGPMEHIPTYIRRHHGQEPVSYAEFPHAEKYLRPILDETYGIPVYQEQIMQIASQVAGYSLGEADLLRRAMGKKRVEEMQKHRERFVRGAKERGVPEEEANRLFDMLEAFANYGFNKSHAAAYSLLSYQTAYVKAHYPVEFMAALLSVERHDSDKVAEYIRDARALGIPVLPPDVNRSGFDFKVVGEEILFGLSAVKNVGEMAARAILEERERGGPFKSLGDFLKRLPEQVVNKRALESLVKAGALDAFGDRARLLASLEPLLRWAAETRERGRSGLVGLFAEVEEPPLVEASPLDEITMLRYEKEALGIYVSGHPVLRYPGLREVASCTIEELSEFVRELPGKPKVLLSGMVEEVVRKPTRSGGMMARFTLSDETGALEVVVFGRAYEGVSPKLKEDIPLLVLAEVEKGEELRVLAQAVWTLEEVLEAPKALEVEVDHALLDEKGVARLKSLLDEHPGSLPVYLRVLGPFGEALFALREVRVGEEALGLLEAEGYRAYLVPDREVFLQGNGGGPKEEVVPF

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA polymerase III subunit gamma/tau
分子量 formula_weight	19600.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P

HHHHHHKAGEAQDLAEGWRAFLEALKPTLRAFVREARPHLEGKTLVLRFPESKAFHHKKAEEQKAHLLPLARAQFGVEELAFVLEKKSLSGASPPPPTKPVPPREAPPPVAAPPPEPEPPLEDPPWEAEEGEDPSEELRRLARLLGGRLLWVRKPKAPEAEEPVSEDGIGGNGIMPP

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4iqjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4iqjA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 — Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain

结构域编号 domain_id	4iqjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4iqjB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 — Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain

结构域编号 domain_id	4iqjC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4iqjC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 — Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain

结构域编号 domain_id	4iqjD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4iqjD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 — Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain

结构域编号 domain_id	4iqjM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	4iqjN02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	4iqjO02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	4iqjP02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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晶胞边长 a length_a	188.530 Å
晶胞边长 b length_b	94.970 Å
晶胞边长 c length_c	204.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2663
R_work r_work	0.2643
R_free r_free	0.3047

Structure of PolIIIalpha-Tauc-DNA complex suggests an atomic model of the replisome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase III subunit gamma/tau

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4iqj__assembly_1__model_1

4iqj__assembly_1__model_1 | I(q)

4iqj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)

Structure of PolIIIalpha-Tauc-DNA complex suggests an atomic model of the replisome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase III subunit gamma/tau

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4iqj__assembly_1__model_1

4iqj__assembly_1__model_1 | I(q)

4iqj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)