SAXSdb — 4iup

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 125–258	片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258) 突变：L200M, L218M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl- -D-Maltoside 7K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 125–258	片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258) 突变：L200M, L218M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl- -D-Maltoside 7K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4IUP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4IUQ crystal structure of SHH1 SAWADEE domain 提交 2013-01-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.261
4IUQ crystal structure of SHH1 SAWADEE domain 提交 2013-01-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.261
4IUR crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me3 peptide 提交 2013-01-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
4IUR crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me3 peptide 提交 2013-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
4IUT crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me2 peptide 提交 2013-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
4IUT crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me2 peptide 提交 2013-01-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
4IUU Crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me1 peptide 提交 2013-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
4IUU Crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me1 peptide 提交 2013-01-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
4IUV crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K4me1K9me1 peptide 提交 2013-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
4IUV crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K4me1K9me1 peptide 提交 2013-01-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 125–258（134 aa）片段：SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9XI47_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–135； UniProt 125–258 作者链 B； PDB构建体 2–135； UniProt 125–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4iup
沉积日期 deposition_date	2013-01-21
结构标题 title	crystal structure of Se-substituted arabidopsis thaliana SHH1 SAWADEE domain L200M/L218M mutant
关键词 keywords	tandem tudor, zinc finger, mediate interaction, histone, DNA BINDING PROTEIN, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.27 Å
零角强度 I(0) i0	19721700.00
分子量 molecular_weight	31722.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38762 Å³
包络体积 envelope_volume	50450 Å³
水化壳体积 shell_volume	19136 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.85 Å
包络 Rg envelope_rg	24.51 Å
形状 Rg shape_rg	24.25 Å
总 Rg total_rg	24.88 Å
总原子数 total_atoms	2202
残基数 n_residues	258
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7792
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.652
峰度 Kurtosis kurtosis	0.123
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2608000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.597; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.451; Smooth: 0.884

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1
分子量 formula_weight	15910.5 kDa
突变 mutation	L200M, L218M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2645

SADLAFEAKSARDYAWYDVSSFLTYRVLRTGELEVRVRFSGFDNRHDEWVNVKTSVRERSIPVEPSECGRVNVGDLMLCFQEREDQALYCDGHVMNIKRGIHDHARCNCVFLVRYELDNTEESLGLERICRRPEE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress,thale-cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CYMAL-4
分子量 formula_weight	480.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	443

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4iupA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4iupA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	4iupB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4iupB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.293 Å
晶胞边长 b length_b	56.733 Å
晶胞边长 c length_c	59.299 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	29.599 Å
R 因子 r_factor	0.1729
R_work r_work	0.1717
R_free r_free	0.1944

fit	/app/data/saxs_computation/iu/4iup/4iup.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iu/4iup/4iup.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iu/4iup/4iup.dat

crystal structure of Se-substituted arabidopsis thaliana SHH1 SAWADEE domain L200M/L218M mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction