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4ivz

A Y37F mutant of C.Esp1396I bound to its highest affinity operator site OM

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein

Enterobacter sp.

UniProt Q8GGH0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 2 ;DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3') ; × 1 water × 2 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 2 ;DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3') ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
3fya 3g5g 3g5g 3g5g 3g5g 3g5g 3g5g 3g5g 4f8d 4f8d 4fbi 4fbi

共 22 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3clc 3s8q 3ufd 3ufd 4i8t 4ivz 4ivz 4iwr 4iwr 4x4b 4x4c 4x4d

共 17 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8GGH0_9ENTR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–82； UniProt 1–79 作者链 B； PDB构建体 4–82； UniProt 1–79 作者链 E； PDB构建体 4–82； UniProt 1–79 作者链 F； PDB构建体 4–82； UniProt 1–79

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ivz
沉积日期 deposition_date2013-01-23
结构标题 titleA Y37F mutant of C.Esp1396I bound to its highest affinity operator site OM
关键词 keywordsRestriction-modification, helix-turn-helix, transcriptional regulator, DNA, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ivz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ivz__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ivz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）20.38 Å
Rg（电子密度）19.17 Å
总 Rg20.03 Å
原子数2009
残基数190
排除体积34063 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4ivz__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4ivz__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4ivza_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4ivzb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4ivze_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4ivzf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4ivzA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id4ivzB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id4ivzE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id4ivzF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
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7. 引用文献 (5)