SAXSdb — 4j0b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF receptor-associated protein 1

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COBALT (II) ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8WFV1_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–647； UniProt 73–719 作者链 B； PDB构建体 1–647； UniProt 73–719

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4j0b
沉积日期 deposition_date	2013-01-30
结构标题 title	Structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ADP-BeF3
关键词 keywords	Chaperone, ATPase, ATP binding, Mitochondria, ATPase chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4j0b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4j0b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4j0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.38 Å
Rg（电子密度）	37.71 Å
总 Rg	38.10 Å
原子数	9742
残基数	1203
排除体积	173550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4j0b__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TNF receptor-associated protein 1
分子量 formula_weight	74004.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9953

STQQHTEPAEEETLHNIITDTENVQGSFSKHEFQAETKKLLDIVARSLYSEKEVFIRELISNGSDALEKLRHRMITAGGDTAPMEIHLQTDSVKGTFTIQDTGVGMNKEDLVSNLGTIARSGSKAFLDALQNQAEASSSIIGQFGVGFYSAFMVADKVEVYSQSAEADAPGYKWSSDGSGVFEVAEASGVRQGTKIVLHLKDDCKEFSSEDRVKEVVTKYSNFVSFPIFLNGRRLNTLQALWMMEPKDISEWQHEEFYRYVAQAYDKPRYTLHYRADAPLNIRSIFYVPEMKPSMFDVSREMGSSVALYSRKILIQTKATDILPKWLRFLRGVVDSEDIPLNLSRELLQESALIRKLRDVLQQRVIRFLLDQSKKDPEKYARFFEDYGLFMREGIVTTGEQSVKEDIAKLLRFESSALPAGQQTSLMEYSSRMKAGTRNIYYLCAPNRHLAEHSPYFEAMKQKDMEVLFCFEQFDELTLLHLREFDRKKLISAETDIVVDHYKEEKFQDSKPASERLSSEQAEDLLAWMRNALVQRVTNIKVTPRLDTHPAMITVLEMGAARHFLRTQQLARSSEERAQILQPTLEINTGHDLIKKLHALKDSNPELAQLLLEQIYDNAMIAAGLNEDPRPMISRLNQLLTRALEKH

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	leopard danio,zebra danio,zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4j0bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4j0bA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	4j0bA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11260 —

结构域编号 domain_id	4j0bA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — Heat shock protein 90, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4j0bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4j0bB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	4j0bB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11260 —

结构域编号 domain_id	4j0bB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — Heat shock protein 90, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	177.779 Å
晶胞边长 b length_b	96.566 Å
晶胞边长 c length_c	124.977 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	134.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.352 Å
最低分辨率 resolution_low	29.820 Å
R 因子 r_factor	0.2065
R_work r_work	0.2051
R_free r_free	0.2477

Structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ADP-BeF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF receptor-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4j0b__assembly_1__model_1

4j0b__assembly_1__model_1 | I(q)

4j0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ADP-BeF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF receptor-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4j0b__assembly_1__model_1

4j0b__assembly_1__model_1 | I(q)

4j0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)