4j7b

Crystal structure of polo-like kinase 1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polo-like kinase

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	205 kDa microtubule-associated protein × 1 （P23226） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	205 kDa microtubule-associated protein × 1 （P23226） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6DRK7_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–297； UniProt 18–312 作者链 D； PDB构建体 3–297； UniProt 18–312 作者链 B； PDB构建体 2–237； UniProt 360–595 作者链 E； PDB构建体 2–237； UniProt 360–595

205 kDa microtubule-associated protein

Drosophila melanogaster

UniProt P23226

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polo-like kinase × 1 （Q6DRK7） Polo-like kinase × 1 （Q6DRK7） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polo-like kinase × 1 （Q6DRK7） Polo-like kinase × 1 （Q6DRK7） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MA205_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 9–58； UniProt 276–325 作者链 F； PDB构建体 9–58； UniProt 276–325

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4j7b
沉积日期 deposition_date	2013-02-13
结构标题 title	Crystal structure of polo-like kinase 1
关键词 keywords	First complex structure of KD and PBD domain, regulator of mitosis, phosphorylated target protein, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4j7b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4j7b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4j7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.77 Å
Rg（电子密度）	25.77 Å
总 Rg	26.65 Å
原子数	4416
残基数	546
排除体积	79077 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4j7b__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4j7b__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polo-like kinase
分子量 formula_weight	34106.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.21
突变 mutation	D162N, E192F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	9170

MGPKSAPLKEIPDVLVDPRTMKRYMRGRFLGKGGFAKCYEITDMDTKEVFAGKVVPKSMLLKPHQKEKMSTEIAIHKSLDNPHVVGFHGFFEDDDFVYVVLEICRRRSLLELHKRRKAVTEPEARYFMRQTIQGVQYLHNNRVIHRNLKLGNLFLNDDMDVKIGDFGLATKIEFDGFRKKTLCGTPNYIAPEVLCKKGHSFEVDIWSLGCILYTLLVGKPPFETSCLKETYIRIKKNEYSVPRHINPVASALIRRMLHADPTLRPSVAELLTDEFFTSGYAPMRLPTSCLTVPPRFS

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	leopard danio,zebra danio,zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polo-like kinase
分子量 formula_weight	27206.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.21
突变 mutation	D384G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MQPDTHLTDMLQQLAVVNAAKPSDRGFIRQEEAEDPACIPVFWISKWVDYSDKYGLGYQLSDNSVGVLFNDSTRLIMCADGDSLQYIDRNSLESYLSVRSYPSALSKKITLLKYFRNYMSEHLLKAGANITPREGDELTRLPYLRHWFRTKSAIVLHLSNGTVQINFFQDHTKLILCPLMGAVTYINEKREFYTYKMTLIEEFGCCKELASRLRYARNMVEKLMACKSSTTAATSAR

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	leopard danio,zebra danio,zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	205 kDa microtubule-associated protein
分子量 formula_weight	6686.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MGHHHHHHLDDLVAESPRKEFARINMDGIAVPDEREFDIEADMRPHELEQESDTFGAG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	360

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4j7ba_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4j7bb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamily	d.223.1 — Polo-box domain
家族 Family family	d.223.1.2 — Polo-box duplicated region

结构域编号 domain_id	d4j7bb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamily	d.223.1 — Polo-box domain
家族 Family family	d.223.1.2 — Polo-box duplicated region

结构域编号 domain_id	d4j7bd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4j7be1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamily	d.223.1 — Polo-box domain
家族 Family family	d.223.1.2 — Polo-box duplicated region

结构域编号 domain_id	d4j7be2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamily	d.223.1 — Polo-box domain
家族 Family family	d.223.1.2 — Polo-box duplicated region

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4j7bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4j7bA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4j7bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — POLO box domain

结构域编号 domain_id	4j7bB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — POLO box domain

结构域编号 domain_id	4j7bD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4j7bD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4j7bE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — POLO box domain

结构域编号 domain_id	4j7bE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — POLO box domain

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晶胞边长 a length_a	47.681 Å
晶胞边长 b length_b	57.453 Å
晶胞边长 c length_c	125.736 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.15 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	72.38 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2077
R_work r_work	0.2048
R_free r_free	0.2635

Crystal structure of polo-like kinase 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polo-like kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

205 kDa microtubule-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4j7b__assembly_1__model_1

4j7b__assembly_1__model_1 | I(q)

4j7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of polo-like kinase 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polo-like kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

205 kDa microtubule-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4j7b__assembly_1__model_1

4j7b__assembly_1__model_1 | I(q)

4j7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)