SAXSdb — 4j8c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hsc70-interacting protein

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–44 链 B； UniProt 1–44	片段：UNP residues 1-44	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.52 Na-malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.10 Å R-free 0.162

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4J8C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4J8D Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form II 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–248（170 aa）片段：UNP residues 78-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.15 Na-malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.299
4J8D Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form II 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 79–248（170 aa）片段：UNP residues 78-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.15 Na-malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.299
4J8D Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form II 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 79–248（170 aa）片段：UNP residues 78-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.15 Na-malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.299
4J8D Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form II 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 79–248（170 aa）片段：UNP residues 78-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.15 Na-malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.299
4J8E Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form I 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–247（170 aa）片段：UNP residues 78-247	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；2.3 Na-malonate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
4J8E Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form I 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–247（170 aa）片段：UNP residues 78-247	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；2.3 Na-malonate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
4J8E Middle domain of Hsc70-interacting protein, crystal form I 提交 2013-02-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–247（170 aa）片段：UNP residues 78-247 链 B 78–247（170 aa）片段：UNP residues 78-247	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；2.3 Na-malonate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
4J8F Crystal structure of a fusion protein containing the NBD of Hsp70 and the middle domain of Hip 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 77–247（171 aa）片段：P08107 residues 1-382, P50503 residues 77-247	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 IOD IODIDE ION × 34	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；17 % PEG-3350 and 0.2 M NH4I, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.261
4J8F Crystal structure of a fusion protein containing the NBD of Hsp70 and the middle domain of Hip 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–247（171 aa）片段：P08107 residues 1-382, P50503 residues 77-247	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IOD IODIDE ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；17 % PEG-3350 and 0.2 M NH4I, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.261

共 3 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F10A1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–46； UniProt 1–44 作者链 B； PDB构建体 3–46； UniProt 1–44

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4j8c
沉积日期 deposition_date	2013-02-14
结构标题 title	Crystal structure of the dimerization domain of Hsc70-interacting protein
关键词 keywords	alpha helical dimer, Co-chaperone, cytosol, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.27 Å
零角强度 I(0) i0	2452420.00
分子量 molecular_weight	10427.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12952 Å³
包络体积 envelope_volume	14393 Å³
水化壳体积 shell_volume	10113 Å³
包络直径 envelope_diameter	41.0 Å
壳层 Rg shell_rg	17.86 Å
包络 Rg envelope_rg	12.46 Å
形状 Rg shape_rg	12.27 Å
总 Rg total_rg	13.59 Å
总原子数 total_atoms	726
残基数 n_residues	88
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	42.4 Å
Rg (实空间) rg_real	13.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4520e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5730e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2452000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7390
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.036
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.374
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	371300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hsc70-interacting protein
分子量 formula_weight	5341.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	972

GAMDPRKVSELRAFVKMCRQDPSVLHTEEMRFLREWVESMGGKVPP

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4j8cA00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3420 —

结构域编号 domain_id	4j8cB00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3420 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	28.775 Å
晶胞边长 b length_b	43.978 Å
晶胞边长 c length_c	32.211 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1363
R_work r_work	0.1349
R_free r_free	0.1618

fit	/app/data/saxs_computation/j8/4j8c/4j8c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j8/4j8c/4j8c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j8/4j8c/4j8c.dat

Crystal structure of the dimerization domain of Hsc70-interacting protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hsc70-interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction